DICOM-gegevenstransformatie in oplossingen voor gezondheidszorggegevens implementeren en configureren
Met DICOM-gegevenstransformatie kunt u de pijplijn voor het opnemen van beeldgegevens gebruiken en uw DICOM-gegevens (Digital Imaging and Communications in Medicine) naar OneLake overbrengen. U kunt de mogelijkheid instellen nadat u oplossingen voor gezondheidszorggegevens en de mogelijkheid van fundamenten voor gezondheidszorggegevens hebt geïmplementeerd in uw Fabric-werkruimte.
DICOM-gegevenstransformatie is een optionele mogelijkheid onder oplossingen voor gezondheidszorggegevens in Microsoft Fabric. U kunt zelf bepalen of u deze mogelijkheid wel of niet wilt gebruiken, afhankelijk van uw specifieke behoeften of scenario's.
Vereisten
Oplossingen voor gezondheidszorggegevens in Microsoft Fabric implementeren
Installeer de fundamentele notitieblokken en pijplijnen in Fundamenten voor gezondheidszorggegevens implementeren.
Implementeer de voorbeeldgegevens van DICOM-beelden zoals uitgelegd in Voorbeeldgegevens implementeren.
Implementeer en configureer de OMOP transformatiepijplijn (optioneel). Voor gedetailleerde richtlijnen, zie:
DICOM-gegevenstransformatie implementeren
U kunt de mogelijkheid en de bijbehorende voorbeeldgegevens implementeren met behulp van de installatiemodule die wordt beschreven in Oplossingen voor gezondheidszorggegevens: Fundamenten voor gezondheidszorggegevens. U kunt de voorbeeldgegevens ook later implementeren met behulp van de stappen in Voorbeeldgegevens implementeren. Bij deze mogelijkheid wordt gebruikgemaakt van de voorbeeldgegevensset 340ImagingStudies.
Als u de installatiemodule niet hebt gebruikt om de mogelijkheid te implementeren en in plaats daarvan de mogelijkheidstegel wilt gebruiken, volgt u deze stappen:
Ga naar de startpagina van oplossingen voor gezondheidszorggegevens in Fabric.
Selecteer de tegel DICOM-gegevenstransformatie.
Selecteer op de pagina Mogelijkheid de optie Implementeren in werkruimte.
Het kan enkele minuten duren voordat de implementatie is voltooid. Sluit het tabblad of de browser niet terwijl de implementatie bezig is. Terwijl u wacht, kunt u in een ander tabblad werken.
Zodra de implementatie is voltooid, ziet u een melding in de berichtenbalk.
Selecteer Mogelijkheid beheren in de berichtenbalk om naar de pagina Mogelijkheidsbeheer te gaan.
Hier kunt u de artefacten bekijken, configureren en beheren die met de mogelijkheid zijn geïmplementeerd.
Artefacten
Met deze mogelijkheid worden de volgende twee notebooks en een gegevenspijplijn geïnstalleerd in uw omgeving met oplossingen voor gezondheidszorggegevens:
| Artefact | Type | Omschrijving |
|---|---|---|
| healthcare#_msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion | Notitieblok | Hiermee wordt de module MetadataExtractionOrchestrator in de bibliotheek met oplossingen voor gezondheidszorggegevens gebruikt om de DICOM-metagegevens uit DCM-bestanden te extraheren. De metagegevens worden vervolgens opgeslagen in de ImagingDicom deltatabel in de bronzen lakehouse. |
| healthcare#_msft_imaging_dicom_fhir_conversion | Notitieblok | Hiermee wordt de module MetadataToFhirConvertor in de bibliotheek met oplossingen voor gezondheidszorggegevens gebruikt om de DICOM-metagegevens in de bronzen deltatabel te converteren. Het conversieproces omvat het transformeren van metagegevens uit de ImagingDicom tabel naar de FHIR ImagingStudy resource in de FHIR R4.3-indeling. De uitvoer wordt opgeslagen als NDJSON-bestanden. |
| healthcare#_msft_imaging_with_clinical_foundation_ingestion | Gegevenspijplijn | Voert de volgende notebooks sequentieel uit om klinische FHIR NDJSON-gegevens en DICOM-beeldgegevens op te nemen in deltatabellen in de bronzen lakehouse en de gegevens vervolgens samen te voegen in de zilveren lakehouse: • msft_raw_process_movement: Orchestreert bestandsverplaatsing van de map Ingest naar de map Process en zorgt ervoor dat alle bestandsnamen aanwezig zijn in de map Process . • msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion: Extraheert metagegevens (DICOM-tags) uit de opgenomen DICOM DCM-bestanden. • msft_imaging_dicom_fhir_conversion: Converteert de metagegevens naar de FHIR-weergave van ImagingStudy in NDJSON-indeling. • msft_fhir_ndjson_bronze_ingestion: Vergemakkelijkt de opname van FHIR- en ImagingStudy NDJSON-gegevens in deltatabellen binnen de bronzen lakehouse. • msft_bronze_silver_flatten: Transformeert en vlakt de gegevens uit de bronzen lakehouse af en neemt de gegevens op in de zilveren lakehouse. |
De notitieblokken voor DICOM-gegevenstransformatie worden geïmplementeerd met vooraf geconfigureerde waarden die nodig zijn om de bijbehorende gegevenspijplijn uit te voeren. Sommige configuratieparameters nemen gegevens over van de algemene configuratie. Standaard wordt er niet van u verwacht dat u wijzigingen aanbrengt in de configuratiebestanden van het notitieblok. Indien nodig kunt u het notitieblok openen en de configuratie bekijken.
Voorbeeldgegevens voor beelden
De voorbeeldgegevens die met oplossingen voor gezondheidszorggegevens worden verstrekt, omvatten de voorbeeldgegevenssets voor beelden om de pijplijn voor de DICOM-gegevenstransformatie uit te voeren. U kunt ook de gegevenstransformatie en -voortgang verkennen via de medallion, bronzen, zilveren en gouden lakehouses. De verstrekte voorbeeldgegevens voor beelden zijn mogelijk niet klinisch relevant, maar ze zijn technisch gezien compleet en uitgebreid om de mogelijkheden voor beelden van de oplossing te laten zien. Om toegang te krijgen tot de mappen met voorbeeldgegevens, moet u ervoor zorgen dat u de voorbeeldgegevensset voor beelden 340ImagingStudies downloadt, zoals uitgelegd in Voorbeeldgegevens implementeren.
De DCOM API implementeren in Azure Health Data Services
Belangrijk
Volg deze implementatiesectie alleen als u de DICOM-service in Azure Health Data Services gebruikt.
Azure Health Data Services is een cloudoplossing waarmee u gezondheidsgegevens uit verschillende bronnen en indelingen kunt verzamelen, opslaan en analyseren. De oplossing ondersteunt verschillende gezondheidszorgstandaarden, zoals DICOM. De DICOM-service (onderdeel van Azure Health Data Services) is een cloudoplossing waarmee zorginstellingen medische beeldgegevens veilig en efficiënt kunnen opslaan, beheren en uitwisselen met alle DICOM-websystemen of -toepassingen.
DICOM-gegevenstransformatie in oplossingen voor gezondheidszorggegevens heeft een systeemeigen integratie met de DICOM-service. Als u de DICOM-service al gebruikt, kunt u ook de analytische mogelijkheden voor beelden in oplossingen voor gezondheidszorggegevens gebruiken. Dankzij deze systeemeigen integratie is handmatige integratie van gegevenssets tussen de twee services niet meer nodig. U hoeft de DICOM-bestanden niet naar de OneLake-opnamemappen te kopiëren of te verplaatsen. In plaats daarvan kunt u een OneLake-snelkoppeling naar Azure Data Lake Storage Gen2 maken voor de Azure Health Data Services DICOM-service. Voor meer informatie over het instellen van de data lake-integratie, zie:
- Beheer medische beeldgegevens met de DICOM-service en Azure Data Lake Storage
- Implementeer de DICOM-service met Azure Data Lake Storage.
Ga naar Optie 2: Integratie met de DICOM-service voor meer informatie over deze opnamepijplijn. U kunt ook DICOM-bestanden die zijn opgeslagen in uw Azure Data Lake Storage Gen2-opslag opnemen zonder de DICOM-service Azure Health Data Services te gebruiken.