Delen via

OMOP-transformaties in oplossingen voor gezondheidszorggegevens gebruiken

  • Artikel

Notitie

Deze inhoud wordt momenteel bijgewerkt.

Met de mogelijkheid voor OMOP-transformaties in oplossingen voor gezondheidszorggegevens worden gegevens voorbereid voor gestandaardiseerde analyses via de open communitystandaarden van OMOP (Observational Medical Outcomes Partnership). Voor meer informatie over de mogelijkheid en hoe u deze kunt implementeren en configureren, zie:

OMOP-transformatie is een optionele mogelijkheid voor oplossingen voor gezondheidszorggegevens in Microsoft Fabric.

Vereisten

Voordat u de pijplijn voor OMOP-transformaties uitvoert, moet u ervoor zorgen dat u de volgende stappen voltooit:

OMOP-opnameservice

Wanneer u de gegevenspijplijn van de OMOP-opnameservice uitvoert, wordt er deltatabeluitvoer gegenereerd die u kunt bekijken met behulp van SQL-eindpunten.

Uitvoer van OMOP CDM-deltatabellen

In dit gedeelte wordt de uitvoer van OMOP CDM-deltatabellen (Common Data Model) beschreven die u kunt verwachten als u de service uitvoert.

  • De service transformeert zowel afgevlakte FHIR-gegevens (Fast Healthcare Interoperability Resources) als de FHIR-extractie documentReference (ongestructureerde klinische notities) die in het zilveren lakehouse zijn bewaard. De getransformeerde gegevens worden als OMOP-deltabellen geschreven naar Azure Data Lake.

  • De optionele service Text Analytics for Health ondersteunt het extraheren van de uitvoer van natuurlijke taalverwerking (NLP) van de inhoud DocumentReference om deze toe te wijzen aan de tabel OMOP NOTE_NLP. Zie voor meer informatie over deze service Verrijking van ongestructureerde klinische notities: OMOP-transformatie.

  • De service transformeert referentiegegevens van het FHIR-codesysteem, codes en codeerbare concepten naar OMOP-concepten met behulp van de OMOP-tabellen voor vocabulaire.

  • Door OMOP-gegevens op te slaan in de open delta-indeling, blijft de updategeschiedenis behouden, is tijdreizen mogelijk en worden queryprestaties bij het filteren verbeterd door de meest recente last_updated_date van een record op te halen.

Voorbeeldquery

U kunt de volgende voorbeeldquery uitvoeren om alle updates te bekijken die zijn aangebracht in de geselecteerde person_id. De query moet de bovenste 10 rijen (of lager) uit de tabel Peroson ophalen die gedurende een bepaalde periode zijn bijgewerkt. Pas de query aan op basis van de naam van de gouden omop_database_name in uw omgeving. Vergeet ook niet om de person.id-parameter te vervangen of bij te werken met een geldige waarde die beschikbaar is in de gegevensset die is getransformeerd van zilver naar goud.

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

Toewijzing van FHIR aan OMOP

De initiële toewijzingen van FHIR aan OMOP zijn als volgt gebaseerd op de HL7 International-richtlijn:

FHIR-domeinresource OMOP-tabel Aantekeningen
patiënt PERSOON
Organisatie CARE_SITE
voorwaarde CONDITION_OCCURRENCE
Patiënt OVERLIJDEN Als patient.deceased is ingevuld
Procedure DEVICE_EXPOSURE Als procedure.focaldevice niet nul is
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
adres LOCATIE patient.address en organization.address
Observatie METING Als observation.category Laboratorium is
Documentreference NOTITIE
Documentreference NOTE_NLP De uitvoer van Text Analytics for Health van de ongestructureerde notitie documentreference
Observatie OBSERVATIE Als observation.category niet Laboratorium is
Procedure PROCEDURE_OCCURRENCE Als procedure.focaldevice null is
Behandelaar VERLENER
Zorgcontact VISIT_OCCURRENCE

OMOP-communityverwijzingen