OMOP-transformaties in oplossingen voor gezondheidszorggegevens implementeren en configureren
Notitie
Deze inhoud wordt momenteel bijgewerkt.
OMOP-transformaties maken gegevensvoorbereiding mogelijk voor gestandaardiseerde analyses via de open communitystandaarden van OMOP (Observational Medical Outcomes Partnership). U kunt deze mogelijkheid gebruiken nadat u oplossingen voor gezondheidszorggegevens en de mogelijkheid van fundamenten voor gezondheidszorggegevens hebt geïmplementeerd in uw Fabric-werkruimte.
OMOP-transformatie is een optionele mogelijkheid onder oplossingen voor gezondheidszorggegevens in Microsoft Fabric. U kunt zelf bepalen of u deze mogelijkheid wel of niet wilt gebruiken, afhankelijk van uw specifieke behoeften of scenario's.
Vereisten
- Implementeer oplossingen voor gezondheidszorggegevens in Microsoft Fabric.
- Installeer de fundamentele notitieblokken en pijplijnen in Fundamenten voor gezondheidszorggegevens implementeren.
OMOP-transformaties implementeren
U kunt de mogelijkheid implementeren met de installatiemodule die wordt beschreven in Oplossingen voor gezondheidszorggegevens: Fundamenten voor gezondheidszorggegevens implementeren. Met de stap voor het selecteren van voorbeeldgegevens in deze module worden echter geen voorbeeldgegevens voor deze mogelijkheid geïmplementeerd. De voorbeeldgegevens van OMOP-transformaties worden uitsluitend in uw omgeving met oplossingen voor gezondheidszorggegevens geïnstalleerd nadat u de mogelijkheid hebt geïmplementeerd.
Als u de installatiemodule niet hebt gebruikt om de mogelijkheid te implementeren en in plaats daarvan de mogelijkheidstegel wilt gebruiken, volgt u deze stappen:
Ga naar de startpagina van oplossingen voor gezondheidszorggegevens in Fabric.
Selecteer de tegel OMOP-transformaties.
Selecteer op de pagina Mogelijkheid de optie Implementeren in werkruimte.
Het kan enkele minuten duren voordat de implementatie is voltooid. Sluit het tabblad of de browser niet terwijl de implementatie bezig is. Terwijl u wacht, kunt u in een ander tabblad werken.
Zodra de implementatie is voltooid, ziet u een melding in de berichtenbalk.
Selecteer Mogelijkheid beheren in de berichtenbalk om naar de pagina Mogelijkheidsbeheer te gaan.
Hier kunt u de artefacten bekijken, configureren en beheren die met de mogelijkheid zijn geïmplementeerd.
Artefacten
Met deze mogelijkheid worden de volgende artefacten in uw omgeving met oplossingen voor gezondheidszorggegevens geïnstalleerd:
| Artefact | Type |
|---|---|
| healthcare#_msft_gold_omop | Lakehouse |
| healthcare#_msft_omop_silver_gold_transformation | Notitieblok |
| healthcare#_msft_omop_drug_exposure_era_sample | Notitieblok |
| healthcare#_msft_omop_drug_exposure_insights_sample | Notitieblok |
| healthcare#_msft_omop_analytics | Gegevenspijplijn |
| healthcare#_msft_omop_semantic_model | Semantisch model |
| Vocab-HDS | Voorbeeldgegevens |
Het zilveren notitieblok van OMOP bekijken
Het notitieblok healthcare#_msft_omop_silver_gold_transformation maakt gebruik van de OMOP API's die worden meegeleverd als onderdeel van de bibliotheek met oplossingen voor gezondheidszorggegevens voor gegevenstransformatie. Het notitieblok transformeert bronnen in het lakehouse healthcare#_msft_silver naar een algemeen OMOP-gegevensmodel. De getransformeerde gegevens worden vervolgens in het OMOP lakehouse ingevoegd.
Het notitieblok wordt geïmplementeerd met vooraf geconfigureerde waarden die nodig zijn om de bijbehorende OMOP-gegevenspijplijn uit te voeren. Sommige configuratieparameters erven van de algemene configuratie en kunnen op notitieblokniveau worden overschreven. Standaard wordt er niet van u verwacht dat u wijzigingen aanbrengt in de configuratiebestanden van het notitieblok. Indien nodig kunt u de configuratie bekijken of wijzigen door de betreffende notitieblokken en configuratiebestanden in uw omgeving te selecteren.
Zie OMOP-transformaties gebruiken voor meer informatie over de uitvoering van notitieblokken.
Het semantische OMOP-model beoordelen
Het semantische OMOP-model healthcare#_msft_omop_semantic_model is een op maat gemaakt semantisch model gebaseerd op het gouden lakehouse van OMOP. Het bevat een aantal belangrijke OMOP CDM versie 5.4-relaties tussen de volgende OMOP-tabellen:
- Locatie
- Persoon
- Observatie
- Procedure_Occurrence
- Condition_Occurrence
- Notitie
- Drug_Exposure
- Visit_Ocurrence
- Image_Occurrence
- Meting
Deze relaties vormen de minimale set die nodig is om Power BI-rapporten te genereren in de mogelijkheid Cohorts ontdekken en maken (preview) in oplossingen voor gezondheidszorggegevens. U kunt dit semantische model als fundament gebruiken en meer OMOP-tabellen en relaties uit het OMOP-lakehouse toevoegen om aangepaste Power BI-rapporten te maken op basis van uw standaard OMOP-lakehousegegevens.
Het voorbeeldnotitieblok voor het tijdperk van blootstelling aan geneesmiddelen configureren
Het voorbeeldnotitieblok healthcare#_msft_omop_drug_exposure_era_sample laat zien hoe u de tabelrecords drug_era in OMOP kunt genereren met de PySpark-taal (Python) in een Azure Synapse Analytics notitieblok, voornamelijk voor verkennende doeleinden. De generatie van de drug_era-tabelrecords volgt het OHDSI-voorbeeldscript voor drug era, dat is aangepast om te werken met PySpark in Azure Synapse Analytics. De code voor de generator van het medicijntijdperk is opgenomen in de aangepaste Python-bibliotheek, die is verpakt als een wheel-bestand (WHL) en geüpload naar een Apache Spark-pool voor eenvoudige toegang.
Voordat u het notitieblok gebruikt, moet u rekening houden met de volgende vereisten:
Zorg ervoor dat de OMOP-database geldige gegevens bevat in de volgende tabellen:
- drug_exposure
- concept
- concept_ancestor
U kunt deze gegevens genereren met behulp van de voorbeeldgegevens of uw eigen gegevens door de FHIR-naar OMOP-gegevenspijplijn uit te voeren.
Zorg ervoor dat het aangepaste wheel-pakket van de bibliotheek is gekoppeld aan de Spark-pool die u gebruikt om dit notitieblok uit te voeren.
De belangrijkste configuratieparameter voor dit notitieblok is de omop_database_name. Deze parameter identificeert de naam van de OMOP-database die de gegevens bevat voor het genereren van de drug_era-tabel. Werk deze waarde alleen bij als uw OMOP-database afwijkt van de standaardwaarde in het algemene configuratiebestand.
Als de OMOP-tabel drug_exposure wordt gevuld met geldige gegevens, roept dit notitieboek de module DrugEraGenerator op die de tijdsperioden waarin een persoon aan een actief ingrediënt van een geneesmiddel wordt blootgesteld, koppelt met een tussenpoos van 30 dagen. De DrugEraGenerator-module verwijdert alle bestaande drug_era-records en registreert en genereert nieuwe records op basis van de laatste OMOP-gegevens.
Zie De voorbeeldnotitieblokken van OMOP-transformaties gebruiken voor meer informatie over de uitvoering van notitieblokken.
Het voorbeeldnotitieblok voor inzichten in de blootstelling aan geneesmiddelen configureren
Het voorbeeldnotitieboek healthcare#_msft_omop_drug_exposure_insights_sample toont een verkennende analyse van de tabel drug_era met behulp van PySpark in een Azure Synapse Analytics- notitieblok. De analyse genereert een histogram waarin de secundaire blootstellingen aan medicijnen aan actieve ingrediënten van patiënten wordt weergegeven, gestratificeerd naar geslacht en leeftijd gedurende een specifiek jaar. De drug_era-tabel wordt gegenereerd met behulp van een aangepaste bibliotheek DrugEraGenerator die het vorige notitieblok healthcare#_msft_omop_drug_exposure_era_sample aanroept. Deze analyse breidt de Vraag over blootstelling aan geneesmiddelen DEX03: Leeftijdsverdeling, gestratificeerd naar geneesmiddel uit door stratificatie op basis van zowel geslacht als leeftijd op te nemen.
Voordat u het notitieblok gebruikt, moet u rekening houden met de volgende vereisten:
- Als u de notitieblokconfiguratie wilt bewerken, zorgt u ervoor dat u een kopie van het notitieblok maakt. Werk het notitieboek niet rechtstreeks bij.
- Zorg ervoor dat de drug_era-tabel gegevens bevat door het notitieblok met het tijdperk van blootstelling aan geneesmiddelen uit te voeren. Als u dit notitieblok uitvoert, worden alle bestaande drug_era-records vervangen door nieuwe records, op basis van de nieuwste OMOP-gegevens.
- Gebruik dit notitieboek zoals het is voor verkennende analyses en maak een kopie om aangepaste analyses uit te voeren.
Hieronder staan de belangrijkste parameters voor de configuratie van notitieblokken. U kunt deze parameters aanpassen voor alternatieve verkennende analyses van de blootstelling van patiënten aan medicijnen:
primary_drug_concept_id: Het primaire werkzame ingrediënt waaraan patiënten worden blootgesteld.secondary_drug_concept_id: Het secundaire werkzame ingrediënt waaraan patiënten worden blootgesteld.year: Het doeljaar waarin patiënten actief werden blootgesteld aan zowel de primaire als secundaire geneesmiddelen.
Zie De voorbeeldnotitieblokken van OMOP-transformaties gebruiken voor meer informatie over de uitvoering van notitieblokken.