Dela via

Använd OMOP-omvandlingar i vårddatalösningar

  • Artikel

Obs

Detta innehåll uppdateras för närvarande.

Funktionen OMOP-omvandlingar i vårddatalösningar förbereder data för standardiserad analys via öppna communitystandarder för Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP). Mer information om funktionen och hur du distribuerar och konfigurerar den finns i:

OMOP-omvandlingar är en valfri funktion under vårddatalösningar i Microsoft Fabric.

Förutsättningar

Innan du kör pipeline för OMOP-omvandlingar kontrollerar du att du utför följande steg:

OMOP inmatningstjänst

När du kör datapipelinen för OMOP inmatningstjänsten skapas deltatabellutdata som du kan visa med SQL slutpunkter.

OMOP CDM-delta tabellutdata

I det här avsnittet beskrivs de deltatabeller OMOP Common Data Model (CDM) som du kan förvänta dig av att köra tjänsten.

  • Tjänsten förvandlar både det platta Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR) data och FHIR DocumentReference (ostrukturerade kliniska anteckningar) som finns kvar i silversjöhus. Omvandlade data skrivs som OMOP deltatabeller till Azure Data Lake.

  • Den valfria Text Analytics for Health stöder extrahering av den naturliga språkbehandlingen (NLP) från DocumentReference innehåll för att mappa till tabellen OMOP NOTE_NLP. Mer information om den här tjänsten finns i Berikande av ostrukturerade kliniska anteckningar: OMOP-omvandling.

  • Tjänsten omvandlar referensdata från FHIR-kodsystem, koder och kodbara begrepp till OMOP-begrepp med hjälp av vokabulärtabellerna OMOP.

  • Lagring av OMOP data i öppet deltaformat upprätthåller uppdateringshistorik, möjliggör tidsresor och ger frågeprestanda vid filtrering genom att hämta det senaste last_updated_date på en post.

Exempelfråga

Du kan köra följande exempelfråga för att visa alla uppdateringar som gjorts för den valda person_id. Frågan bör hämta de översta 10 raderna (eller mindre) från tabellen Person som uppdaterades under en period. Justera frågan enligt namnet på guldet omop_database_name i din miljö. Kom också ihåg att ersätta eller uppdatera person.id parametern med ett giltigt värde som är tillgängligt i datauppsättningen transformerad från silver till guld.

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

FHIR till OMOP-mappning

De första FHIR OMOP-mappningarna baseras HL7 internationell rådgivning enligt följande:

FHIR-domänresurs OMOP-tabell Anteckningar
patient PERSON
Organisation CARE_SITE
villkor CONDITION_OCCURRENCE
Patient DÖDSFALL Om patient.deceased är ifylld
Procedur DEVICE_EXPOSURE Om procedure.focaldevice inte är null
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
adress PLATS patient.address och organization.address
Observation MÅTT Om observation.category är laboratorium
Documentreference Obs!
Documentreference NOTE_NLP Text Analytics for Health utdata från documentreference ostrukturerad anteckning
Observation OBSERVATION Om observation.category inte är laboratorium
Procedur PROCEDURE_OCCURRENCE Om procedure.focaldevice är null
Vårdutövare LEVERANTÖR
Kontakttillfälle VISIT_OCCURRENCE

OMOP communityresurser