Implantar e configurar Transformação de dados DICOM nas soluções de dados de serviços de saúde
Transformação de dados DICOM permite que você traga seus dados DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) para o OneLake. Você pode configurar esse recurso depois de implantar soluções de dados de serviços de saúde e o recurso Bases de dados de serviços de saúde em seu espaço de trabalho do Fabric.
A Transformação de dados DICOM é um recurso opcional nas soluções de dados de serviços de saúde no Microsoft Fabric. Você tem a flexibilidade de decidir se deseja usá-lo ou não, dependendo de suas necessidades ou cenários específicos.
Pré-requisitos
Implantar soluções de dados de serviços de saúde no Microsoft Fabric
Instale os notebooks e pipelines fundamentais em Implantar Bases de dados de serviços de saúde.
Implante os dados clínicos de exemplo de imagens DICOM conforme explicado em Implantar dados de exemplo.
Implante e configure o OMOP pipeline de transformações (opcional). Para obter orientações detalhadas, consulte:
Implantar a Transformação de dados DICOM
Você pode implantar o recurso e os dados de exemplo associados usando o módulo de configuração explicado em Soluções de dados de serviços de saúde: Implantar Bases de dados de serviços de saúde. Como alternativa, você também pode implantar os dados de exemplo posteriormente usando as etapas em Implantar dados de exemplo. Esse recurso usa o conjunto de dados de exemplo 340ImagingStudies.
Se você não usou o módulo de configuração para implantar o recurso e deseja usar o bloco de recursos, siga estas etapas:
Acesse a home page de soluções de dados de serviços de saúde no Fabric.
Selecione o bloco Transformação de dados DICOM.
Na página do recurso, selecione Implantar no espaço de trabalho.
A implantação pode levar alguns minutos para ser concluída. Não feche a guia ou o navegador enquanto a implantação estiver em andamento. Enquanto espera, você pode trabalhar em outra guia.
Após a conclusão da implantação, você poderá ver uma notificação na barra de mensagens.
Selecione Gerenciar recurso na barra de mensagens para acessar a página Gerenciamento do recurso.
Aqui, você pode exibir, configurar e gerenciar os artefatos implantados com o recurso.
Artefatos
O recurso instala dois notebooks a seguir, um pipeline de dados e o pipeline de dados em seu ambiente de soluções de dados de serviços de saúde.
| Artefato | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
| healthcare#_msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion | Notebook | Osa o módulo MetadataExtractionOrchestrator na biblioteca de soluções de dados de serviços de saúde para extrair metadados DICOM de arquivos DCM. Os metadados são então armazenados na tabela delta ImagingDicom no bronze lakehouse. |
| healthcare#_msft_imaging_dicom_fhir_conversion | Notebook | Usa o módulo MetadataToFhirConvertor na biblioteca de soluções de dados de serviços de saúde para converter os metadados DICOM na tabela delta bronze. O processo de conversão envolve a transformação de metadados da tabela ImagingDicom no recurso FHIR ImagingStudy no formato FHIR R4.3. A saída é salva como arquivos NDJSON. |
| healthcare#_msft_imaging_with_clinical_foundation_ingestion | Pipeline de dados | Executa sequencialmente os seguintes notebooks para ingerir dados clínicos FHIR NDJSON e dados de imagem DICOM em tabelas delta no bronze lakehouse e, em seguida, nivela os dados no prata lakehouse: • msft_raw_process_movement: orquestra a movimentação de arquivos da pasta Ingest para a pasta Process e garante a presença de todos os nomes de arquivos na pasta Process . • msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion: Extrai metadados (tags DICOM) dos arquivos DICOM DCM ingeridos. • msft_imaging_dicom_fhir_conversion: converte os metadados na representação FHIR do ImagingStudy no formato NDJSON. • msft_fhir_ndjson_bronze_ingestion: facilita a ingestão de dados FHIR e ImagingStudy NDJSON em tabelas delta no bronze lakehouse. • msft_bronze_silver_flatten: Transforma e achata os dados do bronze lakehouse e ingere os dados no prata lakehouse. |
Os notebooks da Transformação de dados DICOM são implantados com valores pré-configurados necessários para executar o pipeline de dados associado. Alguns parâmetros de configuração herdam da configuração global. Por padrão, você não precisa fazer alterações nos arquivos de configuração do notebook. Se necessário, você pode abrir o notebook e revisar a configuração.
Dados de exemplo de imagens
Os dados de exemplo fornecidos com as soluções de dados de serviços de saúde incluem os conjuntos de dados de exemplo de imagens que você pode usar para executar o pipeline de Transformação de dados DICOM. Você também pode explorar a transformação e a progressão de dados por meio dos lakehouses medallion bronze, prata e ouro. Os dados de exemplo de imagens fornecidos podem não ser clinicamente significativos, mas são tecnicamente completos e abrangentes para demonstrar os recursos de imagem da solução. Para acessar as pastas de dados de exemplo, certifique-se de baixar o conjunto de dados de exemplo de imagens 340ImagingStudies conforme explicado em Implantar dados de exemplo.
Implantar a API DICOM nos Serviços de Dados de Saúde do Azure
Importante
Siga esta seção de implantação somente se estiver usando o serviço DICOM nos Serviços de Dados de Saúde do Azure.
Serviços de Dados de Saúde do Azure é uma solução baseada em nuvem que ajuda você a coletar, armazenar e analisar dados de saúde de diferentes fontes e formatos. Ela oferece suporte a vários padrões de saúde, como DICOM. O serviço DICOM (parte dos Serviços de Dados de Saúde do Azure) é uma solução baseada em nuvem que permite que as organizações de saúde armazenem, gerenciem e troquem dados de imagens médicas de forma segura e eficiente com quaisquer sistemas ou aplicativos DICOM habilitados para a Web.
A Transformação de dados DICOM nas soluções de dados de serviços de saúde tem uma integração nativa com o serviço DICOM. Se já estiver usando o serviço DICOM, você também poderá usar os recursos analíticos de geração de imagens nas soluções de dados de serviços de saúde. Essa integração nativa elimina a necessidade de integração manual de conjuntos de dados entre os dois serviços. Você não precisa copiar ou mover os arquivos DICOM para as pastas de ingestão do OneLake. Em vez disso, você pode criar um atalho OneLake para Azure Data Lake Storage Gen2 para o serviço DICOM do Health Data Services Azure. Para saber mais sobre como configurar a integração do data lake, consulte:
- Gerencie dados de imagens médicas com o serviço DICOM e Azure Data Lake Storage
- Implante o serviço DICOM com Azure Data Lake Storage.
Para obter mais informações sobre esse pipeline de ingestão, acesse Opção 2: Integração com o serviço DICOM. Como alternativa, você pode ingerir arquivos DICOM armazenados no seu armazenamento Gen2 sem usar o serviço DICOM do Health Data Services Azure. Azure Data Lake Storage