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Usar Transformações OMOP nas soluções de dados de serviços de saúde

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Observação

Esse conteúdo está sendo atualizado no momento.

O recurso Transformações OMOP nas soluções de dados de serviços de saúde prepara os dados para análises padronizadas por meio dos padrões abertos OMOP (Observational Medical Outcomes Partnership) da comunidade. Para saber mais sobre o recurso e entender como implantá-lo e configurá-lo, consulte:

Transformações OMOP é um recurso opcional com as soluções de dados de serviços de saúde no Microsoft Fabric.

Pré-requisitos

Antes de executar o pipeline de Transformações OMOP, conclua as seguintes etapas:

Serviço de ingestão OMOP

Quando você executa o pipeline de dados do serviço de ingestão OMOP, ele cria saídas de tabela delta que você pode exibir usando pontos de extremidade SQL.

Saídas da tabela delta do OMOP CDM

Esta seção descreve as saídas da tabela delta do OMOP CDM (Common Data Model) que você pode esperar da execução do serviço.

  • O serviço transforma os dados FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources) nivelados e a extração FHIR DocumentReference (anotações clínicas não estruturadas) persistida no lakehouse prata. Os dados transformados são gravados como tabelas delta OMOP no Azure Data Lake.

  • O serviço opcional Text Analytics for Health oferece suporte à extração da saída de processamento de linguagem natural (NLP) do conteúdo de DocumentReference a ser mapeado para a tabela OMOP NOTE_NLP. Para obter mais informações sobre esse serviço, consulte Enriquecimento de anotações clínicas não estruturadas: Transformação OMOP.

  • O serviço transforma dados de referência do sistema de códigos FHIR, códigos e codeable concepts em conceitos OMOP usando as tabelas de vocabulário OMOP.

  • O armazenamento de dados OMOP no formato delta aberto mantém o histórico de atualizações, permite viagens no tempo e fornece desempenho de consulta na filtragem, recuperando a last_updated_date mais recente em um registro.

Consulta de exemplo

Você pode executar a seguinte consulta de exemplo para exibir todas as atualizações feitas na person_id selecionada. A consulta deve recuperar as 10 linhas principais (ou menos) da tabela Pessoa que foi atualizada durante um período. Ajuste a consulta de acordo com o nome do omop_database_name ouro no seu ambiente. Lembre-se também de substituir ou atualizar o parâmetro person.id por um valor válido disponível no conjunto de dados transformado de prata para ouro.

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

Mapeamento FHIR para OMOP

Os mapeamentos iniciais FHIR para OMOP são baseados nas Orientações internacionais HL7 da seguinte forma:

Recurso Domínio FHIR Tabela do OMOP Anotações
paciente PESSOA
Organização CARE_SITE
condição CONDITION_OCCURRENCE
Paciente MORTE Se patient.deceased estiver preenchido
Procedimento DEVICE_EXPOSURE Se procedure.focaldevice não for nulo
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
endereço LOCAL patient.address e organization.address
Observação MEDIDA Se observation.category for laboratório
Documentreference ANOTAÇÃO
Documentreference NOTE_NLP A saída d e Text Analytics for Health da anotação não estruturada documentreference
Observação OBSERVAÇÃO Se observation.category não for laboratório
Procedimento PROCEDURE_OCCURRENCE Se procedure.focaldevice for nulo
Profissional PRESTADOR
Consulta VISIT_OCCURRENCE

Referências da comunidade OMOP