Wdrażanie i konfigurowanie przekształceń danych DICOM w rozwiązaniach do obsługi danych medycznych
Transformacja danych DICOM umożliwia korzystanie z potoku pozyskiwania danych obrazowania i przenoszenie danych obrazowania cyfrowego i komunikacji w medycynie (DICOM) do usługi OneLake. Możliwość można skonfigurować po wdrożeniu rozwiązań do obsługi danych medycznych i funkcji podstawy danych medycznych w obszarze roboczym Fabric.
Przekształcanie danych DICOM jest opcjonalną możliwością w rozwiązaniach do obsługi danych medycznych w Microsoft Fabric. Masz swobodę decydowania, czy chcesz go używać, w zależności od konkretnych potrzeb lub scenariuszy.
Wymagania wstępne
Wdrażanie rozwiązań do obsługi danych medycznych w programie w Microsoft Fabric
Zainstaluj podstawowe notesy i potoki w temacie Wdrażanie podstaw danych medycznych.
Wdróż przykładowe dane obrazowania DICOM zgodnie z opisem w temacie Wdrażanie przykładowych danych.
Wdrażanie i konfigurowanie OMOP potoku przekształceń (opcjonalnie). Aby uzyskać szczegółowe wskazówki, zobacz:
Wdrażanie przekształcania danych DICOM
Funkcję można wdrożyć i skojarzyć przykładowe dane przy użyciu modułu konfiguracji opisanego w temacie Rozwiązania do obsługi danych medycznych: wdrażanie podstaw danych opieki zdrowotnej. Alternatywnie możesz również wdrożyć przykładowe dane później, wykonując kroki opisane w temacie Wdrażanie przykładowych danych. Ta funkcja korzysta z przykładowego zestawu danych 340ImagingStudies.
Jeśli moduł instalacyjny nie został użyty do wdrożenia funkcji, a zamiast tego chcesz użyć kafelka funkcji, wykonaj następujące kroki:
Przejdź do strony głównej rozwiązań w zakresie danych opieki zdrowotnej w usłudze Fabric.
Wybierz kafelek Przekształcanie danych DICOM.
Na stronie funkcji wybierz pozycję Wdróż w obszarze roboczym.
Zakończenie wdrożenia może potrwać kilka minut. Nie zamykaj karty ani przeglądarki, gdy wdrażanie jest w toku. Czekając, możesz pracować na innej karcie.
Po zakończeniu wdrażania na pasku komunikatów będzie widoczne powiadomienie.
Wybierz pozycję Zarządzaj możliwościami na pasku komunikatów, aby przejść do strony Zarządzanie możliwościami.
W tym miejscu można wyświetlać i konfigurować artefakty wdrożone za pomocą tej funkcji oraz zarządzać nimi.
Artefakty
Ta funkcja instaluje następujące dwa notesy i potok danych w środowisku rozwiązań do obsługi danych medycznych:
| Artefakt | Type | Podpis |
|---|---|---|
| healthcare#_msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion | Notes | Używa modułu MetadataExtractionOrchestrator w bibliotece rozwiązań do obsługi danych medycznych do wyodrębniania z plików DCM. Metadane są następnie przechowywane w tabeli delta ImagingDicom w brązie magazyn lakehouse. |
| healthcare#_msft_imaging_dicom_fhir_conversion | Notes | Używa modułu MetadataToFhirConvertor w bibliotece rozwiązań do obsługi danych medycznych do konwertowania metadanych DICOM w brązowej tabeli delta. Proces konwersji obejmuje przekształcanie metadanych z tabeli ImagingDicom do zasobu FHIR ImagingStudy w formacie FHIR R4.3. Dane wyjściowe są zapisywane jako pliki NDJSON. |
| healthcare#_msft_imaging_with_clinical_foundation_ingestion | Potok danych | Sekwencyjnie uruchamia następujące notesy w celu pozyskiwania klinicznych danych FHIR NDJSON i obrazowania danych DICOM do tabel różnicowych w brązie magazyn lakehouse, a następnie spłaszcza dane do srebrnego magazyn lakehouse: • msft_raw_process_movement: Organizuje przenoszenie plików z folderu Pozyskiwanie do folderu Proces i zapewnia obecność wszystkich nazw plików w folderze Proces . • msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion: Wyodrębnia metadane (tagi DICOM) z pozyskanych plików DICOM DCM. • msft_imaging_dicom_fhir_conversion: Konwertuje metadane na reprezentację FHIR ImagingStudy w formacie NDJSON. • msft_fhir_ndjson_bronze_ingestion: Ułatwia pozyskiwanie danych NDJSON FHIR i ImagingStudy do tabel delta w brązie magazyn lakehouse. • msft_bronze_silver_flatten: Przekształca i spłaszcza dane z brązu magazyn lakehouse i pozyskuje dane do brązu magazyn lakehouse. |
Wdrażanie notesów przekształceń danych DICOM ze wstępnie skonfigurowanymi wartościami wymaganymi do uruchomienia skojarzonego potoku danych. Niektóre parametry konfiguracji dziedziczą z konfiguracji globalnej. Domyślnie nie trzeba wprowadzać żadnych zmian w plikach konfiguracji notesu. W razie potrzeby możesz otworzyć notes i przejrzeć konfigurację.
Obrazowanie przykładowych danych
Przykładowe dane wysyłane z rozwiązaniami do obsługi danych medycznych obejmują obrazowane zestawy danych oświadczeń w celu uruchomienia potoku przekształcania danych oświadczeń DICOM. Możesz także eksplorować transformację i postęp danych za pomocą medalionu, brązowego, srebrnego i złotego magazynu lakehouse. Dostarczone przykładowe dane obrazowania oświadczeń mogą nie mieć znaczenia klinicznego, ale są technicznie kompletne i kompleksowe, aby zademonstrować możliwości obrazowania rozwiązania. Aby uzyskać dostęp do folderów przykładowych danych, upewnij się, że pobrano przykładowy zestaw danych obrazowania 340ImagingStudies, jak wyjaśniono w temacie Wdrażanie przykładowych danych.
Wdrożenie interfejsu API DICOM w Azure Health Data Services
Ważne
Postępuj zgodnie z tą sekcją wdrażania tylko wtedy, gdy używasz usługi DICOM w Azure Health Data Services.
Azure Health Data Services to rozwiązanie oparte na chmurze, które pomaga gromadzić, przechowywać i analizować dane dotyczące zdrowia z różnych źródeł i formatów. Obsługuje różne standardy opieki zdrowotnej, takie jak DICOM. Usługa DICOM (część Azure Health Data Services) to rozwiązanie oparte na chmurze, które umożliwia organizacjom opieki zdrowotnej bezpieczne i wydajne przechowywanie, zarządzanie i wymianę danych obrazowania medycznego z dowolnymi systemami lub aplikacjami DICOM z dostępem do Internetu.
Transformacja danych DICOM w rozwiązaniach do obsługi danych medycznych ma natywną integrację z usługą DICOM. Jeśli korzystasz już z usługi DICOM, możesz również korzystać z możliwości analizy obrazowania w rozwiązaniach do obsługi danych medycznych. Ta natywna integracja eliminuje potrzebę ręcznej integracji zestawów danych między dwiema usługami. Nie musisz kopiować ani przenosić plików DICOM do folderów pozyskiwania OneLake. Zamiast tego możesz utworzyć skrót OneLake do Azure Data Lake Storage Gen2 dla usługi DICOM Azure Health Data Services. Aby dowiedzieć się więcej na temat konfigurowania integracji z usługą Data Lake, zobacz:
- Zarządzanie danymi obrazowania medycznego za pomocą usługi DICOM i Azure Data Lake Storage
- Wdróż usługę DICOM za pomocą Azure Data Lake Storage.
Aby uzyskać więcej informacji na temat tego potoku pozyskiwania, przejdź do opcji 2: Integracja z usługą DICOM. Alternatywnie możesz pozyskać pliki DICOM przechowywane w magazynie Azure Data Lake Storage Gen2 bez korzystania z usługi DICOM Azure Health Data Services.