Udostępnij za pośrednictwem

Używanie przekształcania OMOP w rozwiązaniach do obsługi danych medycznych

  • Artykuł

Uwaga

Za wartość jest obecnie aktualizowana.

Możliwość przekształceń OMOP w rozwiązaniach do obsługi danych medycznych przygotowują dane do ustandaryzowanej analizy za pomocą otwartych standardów społeczności Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP). Aby dowiedzieć się więcej o tej funkcji oraz dowiedzieć się, jak ją wdrożyć i skonfigurować, zobacz:

Przekształcanie OMOP jest opcjonalną możliwością w rozwiązaniach do obsługi danych medycznych w Microsoft Fabric.

Wymagania wstępne

Przed uruchomieniem potoku przekształceń OMOP upewnij się, że wykonano następujące kroki:

Usługa pozyskiwania OMOP

Po uruchomieniu potoku danych OMOP usługi pozyskiwania tworzone są dane wyjściowe tabeli różnicowej, które można wyświetlić przy użyciu SQL punktów końcowych.

Dane wyjściowe tabeli delta CDM OMOP

W tej sekcji opisano dane wyjściowe tabeli delta Common Data Model (CDM) OMOP, których można oczekiwać po uruchomieniu usługi.

  • Usługa przekształca zarówno spłaszczone dane FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources), jak i wyodrębnienie FHIR DocumentReference (nieustrukturyzowane notatki kliniczne) utrwalone w srebrnym magazynie lakehouse. Przekształcone dane są zapisywane jako tabele delta OMOP w usłudze Azure Data Lake.

  • Opcjonalna usługi Text Analytics for Health obsługuje wyodrębnianie danych wyjściowych przetwarzania języka naturalnego (NLP) z zawartości DocumentReference w celu mapowania na tabelę OMOP NOTE_NLP. Aby uzyskać więcej informacji na temat tej usługi, zobacz Wzbogacanie nieustrukturyzowanych notatek klinicznych: transformacja OMOP.

  • Usługa przekształca dane referencyjne z systemu kodu FHIR, kodów i pojęć, które można zakodować, na pojęcia OMOP przy użyciu tabel słownictwa OMOP.

  • Przechowywanie danych OMOP w otwartym formacie delta zachowuje historię aktualizacji, umożliwia podróże w czasie i zapewnia wydajność zapytań podczas filtrowania przez pobieranie najnowszych danych last_updated_date z rekordu.

Przykładowe zapytanie

Możesz uruchomić następujące przykładowe zapytanie, aby wyświetlić wszystkie aktualizacje wprowadzone w wybranych person_id. Zapytanie powinno pobrać 10 pierwszych wierszy (lub mniej) z tabeli Osoba, która została zaktualizowana w danym okresie. Dostosuj zapytanie zgodnie z nazwą złotego omop_database_name w swoim środowisku. Pamiętaj również o zastąpieniu lub zaktualizowaniu parametru person.id poprawną wartością dostępną w zbiorze danych przekształconą ze srebrnej na złotą.

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

Mapowanie FHIR na OMOP

Początkowe mapowanie FHIR do OMOP jest oparte na międzynarodowych wytycznych HL7 w następujący sposób:

Zasób domeny FHIR Tabela usługi OMOP Uwagi
patient OSOBA
Organizacja CARE_SITE
choroba CONDITION_OCCURRENCE
Pacjent ŚMIERĆ Jeśli patient.deceased jest wypełnione
Procedura DEVICE_EXPOSURE Jeśli procedure.focaldevice nie ma wartości null
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
adres LOCATION patient.address i organization.address
Obserwacja POMAR Jeśli observation.category jest laboratorium
Documentreference UWAGA
Documentreference NOTE_NLP Dane wyjściowe Text Analytics for Health z notatki bez struktury documentreference
Obserwacja OBSERVACJA Jeśli observation.category nie jest laboratorium
Procedura PROCEDURE_OCCURRENCE Jeśli procedure.focaldevice ma wartość null
Lekarz DOSTAWCA
Napotkanie VISIT_OCCURRENCE

Zasoby społeczności OMOP