医療データ ソリューションの DICOM データ変換を展開および構成する
DICOM データ変換 を使用すると、イメージングデータ いインジェスト パイプラインと医療 (DICOM) データのデジタルイメージングとコミュニケーションを Fabric OneLake に取り込むことができるようになります。 医療データ ソリューションを自分の Fabric ワークスペースと医療データ ファンデーション機能に展開したあとに、この機能を設定してください。
DICOM データ変換は、Microsoft Fabric の医療データ ソリューションで使用するオプション機能です。 特定のニーズやシナリオに応じて、使用するかどうかを柔軟に決定できます。
前提条件
医療データ ファンデーションの展開 で、基盤となるノートブックとパイプラインをインストールする。
サンプル データの展開 に説明がある通り、DICOM サンプル データを展開します。
OMOP 変換パイプラインをデプロイして構成します (オプション)。 詳細なガイダンスについては、以下を参照してください。
DICOM データ変換を展開する
この機能を展開し、医療データ ソリューション: 医療データ ファンデーションの展開 で説明されている設定モジュールを使用して展開できます。 または、サンプル データの展開の手順を使用して、後でサンプル データをデプロイすることもできます。 この機能では、340ImagingStudies サンプル データセットを使用します。
機能の展開にセットアップ モジュールを使用せず、代わりに機能タイルを使用する場合は、次の手順に従います。
Fabric の医療データ ソリューションのホーム ページに移動します。
DICOM データ変換タイルを選択します。
機能ページで、ワークスペースに展開 を選択します。
展開の完了には数分かかる場合があります。 展開の進行中は、タブやブラウザーを閉じないでください。 待っている間、別のタブで作業することができます。
展開が完了すると、メッセージ バーに通知が表示されます。
メッセージ バーから 機能の管理 を選択し、機能の管理 ページに移動します。
そこでは、機能を使用して展開されたアーティファクトを表示、構成、および管理できます。
アーティファクト
この機能により、次の 2 つのノートブックとデータ パイプラインを自分の医療データ ソリューション環境にインストールされます。
| アーティファクト | タイプ | プロパティ |
|---|---|---|
| healthcare#_msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion | ノートブック | 医療データ ソリューション ライブラリの MetadataExtractionOrchestrator モジュールを使用して、DCM ファイルから DICOM メタデータを抽出します。 その後、メタデータはブロンズ レイクハウス の ImagingDicom デルタ テーブルに保存されます。 |
| healthcare#_msft_imaging_dicom_fhir_conversion | ノートブック | 医療データ ソリューション ライブラリの MetadataToFhirConvertor モジュールを使用して、ブロンズ デルタ テーブル内の DICOM メタデータを変換します。 変換プロセスでは、 ImagingDicom テーブルのメタデータをFHIR R4.3形式のFHIR ImagingStudy リソースに変換します。 出力は NDJSON ファイルとして保存されます。 |
| healthcare#_msft_imaging_with_clinical_foundation_ingestion | データ パイプライン | 次のノートブックを順番に実行して、臨床FHIR NDJSONデータとイメージングDICOMデータをブロンズ レイクハウス のデルタ テーブルに取り込み、データをシルバー レイクハウス にフラット化します。 • msft_raw_process_movement: Ingest フォルダーから Process フォルダーへのファイルの移動を調整し、 Process フォルダー内のすべてのファイル名が存在することを確認します。 • msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion: 取り込まれたDICOM DCMファイルからメタデータ (DICOMタグ) を抽出します。 • msft_imaging_dicom_fhir_conversion: メタデータをNDJSON形式の ImagingStudy のFHIR表現に変換します。 • msft_fhir_ndjson_bronze_ingestion: FHIRおよび ImagingStudy NDJSONデータをBronzeレイクハウス 内のデルタ テーブルに取り込みやすくします。 • msft_bronze_silver_flatten: ブロンズ レイクハウス からのデータを変換およびフラット化し、シルバー レイクハウス にデータを取り込みます。 |
この DICOM データ変換ノートブックは、関連するデータ パイプラインの実行に必要な事前構成済みの値を使用して展開されます。 一部の構成パラメーターは、グローバル構成 から継承します。 既定では、ノートブックの構成ファイルを変更することは期待されません。 必要に応じて、ノートブックを開いて構成を確認できます。
イメージング サンプル データ
医療データ ソリューションに付属するサンプル データには、DICOM データ変換パイプラインを実行するために使用するイメージング サンプル データセットが含まれています。 また、メダリオン ブロンズ、シルバー、ゴールドのレイクハウスでデータの変換と進行状況を調べることもできます。 提供されたイメージング サンプルデータは、臨床的には意味がないかもしれませんが、技術的に完全で包括的であり、ソリューションのイメージング機能を実証することができます。 サンプル データ フォルダーにアクセスするには、サンプル データの展開 で説明されているように、イメージング サンプル データセット 340ImagingStudies をダウンロードしてください。
Azure Health Data Services の DICOM API を展開する
重要
この展開セクションは、Azure Health Data Services の DICOM サービスを使用している場合にのみ実行してください。
Azure Health Data Services は、さまざまなソースや形式から健康データを収集、保存、分析するのに役立つクラウドベースのソリューションです。 DICOM など、さまざまな医療規格をサポートしています。 DICOM サービス (Azure Health Data Services の一部)は、医療機関が DICOM Web 対応システムまたはアプリケーションと安全かつ効率的に医用画像データを保存、管理、交換できるようにするクラウドベースのソリューションです。
医療データ ソリューションでの DICOM データ変換は、DICOM サービスとネイティブに統合されています。 既に DICOM サービスを使用している場合は、医療データ ソリューションの画像分析機能を使用することもできます。 このネイティブ統合により、2 つのサービス間でデータセットを手動で統合する必要がなくなります。 DICOMファイルをOneLake取り込みフォルダーにコピーまたは移動する必要はありません。 代わりに、Azure Health Data Services DICOMサービス用のGen2への OneLakeショートカット を作成できます。 Azure Data Lake Storage データ レイク統合の設定の詳細については、以下を参照してください。
- DICOMサービスで医療画像データを管理し、 Azure Data Lake Storage
- Azure Data Lake Storageを使用してDICOMサービスを展開します。
この取り込みパイプラインの詳細については、 「オプション2: DICOMサービスとの統合」を参照してください。 あるいは、Azure Health Data Services DICOMサービスを使用せずに、 Azure Data Lake Storage Gen2ストレージに保存されているDICOMファイルを取り込むこともできます。