医療データ ソリューションで OMOP 変換を使用する
注意
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医療データ ソリューションの OMOP 変換機能は、Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) のオープン コミュニティ標準を通じて、標準化された分析用のデータを準備します。 この機能の詳細と、その展開と構成の方法については、以下を参照してください:
OMOP 変換は、Microsoft Fabric の医療データ ソリューションで使用するオプション機能です。
前提条件
OMOP 変換パイプラインを実行する前に、次の手順を必ず完了してください。
- 医療データ ファンデーションの展開 で、基盤となるノートブックとパイプラインをインストールする。
- OMOP 変換を展開および構成する
OMOP インジェスト サービス
OMOP インジェスト サービス データ パイプラインを実行すると、SQL エンドポイントを使用して表示できるデルタ テーブル出力が作成されます。
OMOP CDM デルタ テーブル出力
このセクションでは、サービスの実行から期待できる OMOP Common Data Model (CDM) デルタ テーブル出力について説明します。
このサービスは、フラット化された Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR) データと、シルバー レイクハウスに保持されている FHIR DocumentReference (非構造化臨床メモ) 抽出の両方を変換します。 変換されたデータは、OMOP デルタ テーブルとして Azure Data Lake に書き込まれます。
オプションの Text Analytics for Health サービスでは、DocumentReference コンテンツからの自然言語処理 (NLP) 出力の抽出がサポートされており、OMOP NOTE_NLP テーブルにマップできます。 このサービスの詳細については、非構造化臨床メモのエンリッチメント: OMOP 変換 を参照してください。
このサービスは、OMOP ボキャブラリ テーブルを使用して、FHIR コード システム、コード、codeable concept から OMOP 概念に参照データを変換します。
OMOP データをオープンのデルタ形式で保存すると更新履歴が保持され、タイム トラベルが可能になり、レコードの最新の
last_updated_dateを取得することでフィルター処理のクエリ パフォーマンスが提供されます。
サンプル クエリ
次のサンプル クエリを実行して、選択した person_id に対して行われたすべての更新を表示できます。 クエリでは、一定期間に更新された上位 10 行 (またはそれ以下) を Person テーブルから取得する必要があります。 環境内のゴールド omop_database_name の名前に従ってクエリを調整します。 また、person.id パラメーターを、シルバーからゴールドに変換されたデータセットで使用可能な有効な値に置き換えるか、更新することを忘れないでください。
SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'
FHIR から OMOP へのマッピング
最初の FHIR から OMOP へのマッピングは、次のように HL7 International のガイダンス に基づいています。
| FHIR ドメイン リソース | OMOP テーブル | ノート/メモ |
|---|---|---|
| patient | PERSON | |
| Organization | CARE_SITE | |
| condition | CONDITION_OCCURRENCE | |
| Patient | 死亡 | patient.deceased が入力されている場合 |
| Procedure | DEVICE_EXPOSURE | procedure.focaldevice がnull 値ではない場合 |
| Medicationrequest | DRUG_EXPOSURE | |
| address | LOCATION | patient.addressおよびorganization.address |
| Observation | 計測 | observation.category がラボの場合 |
| Documentreference | メモ | |
| Documentreference | NOTE_NLP | documentreference 非構造化メモからの Text Analytics for Health 出力 |
| Observation | 観察 | observation.category がラボではない場合 |
| Procedure | PROCEDURE_OCCURRENCE | procedure.focaldevice が null 値の場合 |
| Practitioner | 提供者 | |
| Encounter | VISIT_OCCURRENCE |
OMOP コミュニティ リファレンス
- OMOP CDM version 5.4 のテーブル、フィールド定義、および規則: OMOP CDM v5.4 (ohdsi.github.io)
- Athena データセットの標準 OMOP ボキャブラリ: Athena (ohdsi.org)
- OMOP バージョン 5.3 からバージョン 5.4 までの主な変更点: テーブルごとの変更点 (ohdsi.github.io)