Sdílet prostřednictvím

Použití transformací OMOP v řešení pro zdravotní data

  • Článek

Poznámka:

Tento obsah je v současné době aktualizován.

Schopnost transformace OMOP v Řešeních pro zdravotní data připravuje data pro standardizovanou analýzu prostřednictvím otevřených komunitních standardů Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP). Další informace o této funkci a pochopení toho, jak ji nasadit a nakonfigurovat, najdete tady:

Transformace OMOP je volitelnou schopností v rámci řešení pro zdravotní data v Microsoft Fabric.

Předpoklady

Než spustíte kanál transformací OMOP, proveďte následující kroky:

Služba příjmu dat OMOP

Když spustíte datový kanál služby příjmu dat OMOP, vytvoří se výstupy rozdílových tabulek, které můžete zobrazit pomocí koncových bodů SQL.

Výstupy rozdílové tabulky CDM OMOP

Tato část popisuje výstupy rozdílové tabulky CDM (Common Data Model) OMOP, které můžete očekávat od spuštění služby.

  • Služba transformuje jak zploštělá data FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources), tak extrakci FHIR DocumentReference (nestrukturované klinické poznámky), která je ve stříbrném transakčním jezeře. Transformovaná data se zapisují jako rozdílové tabulky OMOP do Azure Data Lake.

  • Volitelná služba Text Analytics for Health podporuje extrakci výstupu zpracování přirozeného jazyka (NLP) z obsahu DocumentReference pro mapování na tabulku OMOP NOTE_NLP. Další informace o této službě najdete v tématu Rozšíření nestrukturovaných klinických poznámek: transformace OMOP.

  • Služba transformuje referenční data ze systému kódů FHIR, kódů a kódovatelných konceptů na koncepty OMOP pomocí tabulek slovníku OMOP.

  • Ukládání dat OMOP v otevřeném rozdílovém formátu udržuje historii aktualizací, umožňuje cestování v čase a poskytuje výkon dotazů při filtrování načtením nejnovějšího last_updated_date v záznamu.

Ukázkový dotaz

Spuštěním následujícího ukázkového dotazu můžete zobrazit všechny aktualizace provedené ve vybraném person_id. Dotaz by měl načíst prvních 10 řádků (nebo méně) z tabulky Osoba, která byla aktualizována v průběhu období. Upravte dotaz podle názvu zlaté omop_database_name ve vašem prostředí. Nezapomeňte také nahradit nebo aktualizovat parametr person.id platnou hodnotou, která je k dispozici v datové sadě transformované ze stříbrné na zlatou.

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

Mapování FHIR na OMOP

Počáteční FHIR pro mapování OMOP jsou založené na mezinárodních pokynech HL7 následujícím způsobem:

Prostředek domény FHIR Tabulka OMOP Netes
pacient OSOBA
Organization (Organizace) CARE_SITE
podmínka CONDITION_OCCURRENCE
Pacient ÚMRTÍ Pokud je naplněno patient.deceased
Postup DEVICE_EXPOSURE Pokud procedure.focaldevice není null
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
adresa UMÍSTĚNÍ patient.address a organization.address
Pozorování MĚŘENÍ Pokud observation.category je laboratorní
Documentreference POZNÁMKA
Documentreference NOTE_NLP Text Analytics for Health z nestrukturované poznámky documentreference
Pozorování POZOROVÁNÍ Pokud observation.category není laboratorní
Postup PROCEDURE_OCCURRENCE Pokud je procedure.focaldevice null
Lékař POSKYTOVATEL
Setkání VISIT_OCCURRENCE

Komunitní zdroje OMOP