Nasazení a konfigurace transformací OMOP v Řešeních pro zdravotní data
Poznámka:
Tento obsah je v současné době aktualizován.
Schopnost transformace OMOP v Řešeních pro zdravotní data umožňují přípravu dat pro standardizovanou analýzu prostřednictvím otevřených komunitních standardů Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP). Tuto schopnost můžete použít po nasazení Řešení pro zdravotní data a schopnosti Základy zdravotních dat do pracovního prostoru prostředků infrastruktury.
Transformace OMOP je volitelnou schopností v řešení pro zdravotní data v Microsoft Fabric. Můžete se flexibilně rozhodnout, zda jej použijete nebo ne, v závislosti na vašich konkrétních potřebách nebo scénářích.
Předpoklady
- Nasazení datových řešení Healthcare ve službě Microsoft Fabric.
- Nainstalujte základní poznámkové bloky a kanály v Nasazení zdravotnických datových základů.
Nasazení transformací OMOP
Tuto funkci můžete nasadit pomocí instalačního modulu, který je vysvětlený v tématu Řešení pro zdravotní data: Nasazení Základů zdravotních dat. Krok výběru ukázkových dat v tomto modulu ale nenasadí ukázková data pro tuto funkci. Ukázková data transformací OMOP se po dokončení nasazení funkce nainstalují výhradně do prostředí řešení pro data ve zdravotnictví.
Pokud jste k nasazení funkce nepoužili instalační modul a chcete místo toho použít dlaždici schopností, postupujte takto:
Přejděte na domovskou stránku datových řešení pro zdravotnictví na platformě Fabric.
Vyberte dlaždici transformace OMOP.
Na stránce schopnosti vyberte Nasadit do pracovního prostoru.
Dokončování nasazení může trvat několik minut. Během nasazování nezavírejte kartu ani prohlížeč. Během čekání můžete pracovat na jiné kartě.
Po dokončení nasazení se na panelu zpráv zobrazí oznámení.
Na panelu zpráv vyberte Spravovat schopnosti a přejděte na stránku Správa schopností.
Tady můžete zobrazit, konfigurovat a spravovat artefakty nasazené s touto funkcí.
Artefakty
Tato funkce nainstaluje následující artefakty, datový kanál a ukázkové datové sady SDOH do prostředí datových řešení pro zdravotnictví:
| Artefakt | Type |
|---|---|
| healthcare#_msft_gold_omop | Transakční jezero |
| healthcare#_msft_omop_silver_gold_transformation | Poznámkový blok |
| healthcare#_msft_omop_drug_exposure_era_sample | Poznámkový blok |
| healthcare#_msft_omop_drug_exposure_insights_sample | Poznámkový blok |
| healthcare#_msft_omop_analytics | Kanál dat |
| healthcare#_msft_omop_semantic_model | Sémantický model |
| Vocab-HDS | Vzorkování dat |
Kontrola konfigurace stříbrného poznámkového bloku OMOP
Poznámkový blok healthcare#_msft_omop_silver_gold_transformation používá OMOP k transformaci dat rozhraní API dodávaná jako součást knihovny řešení dat pro zdravotnictví. Poznámkový blok transformuje prostředky v lakehouse healthcare#_msft_silver na společný datový model OMOP. Transformovaná data se pak vloží do transakčního jezera OMOP.
Tento poznámkový blok se nasadí s předem nakonfigurovanými hodnotami potřebnými ke spuštění datového kanálu transformací OMOP. Některé konfigurační parametry dědí z globální konfigurace a je možné je přepsat na úrovni poznámkového bloku. Ve výchozím nastavení se neočekává, že budete v konfiguračních souborech poznámkového bloku provádět žádné změny. V případě potřeby můžete konfiguraci zkontrolovat nebo upravit tak, že vyberete příslušné poznámkové bloky a konfigurační soubory ve vašem prostředí.
Další informace o spuštění poznámkového bloku najdete v tématu Použití transformací OMOP.
Zkontrolujte sémantický model OMOP
Sémantický model OMOP healthcare#_msft_omop_semantic_model je sémantický model vytvořený na zakázku založený na zlatém transakčním jezeře OMOP. Obsahuje několik klíčových relací OMOP CDM verze 5.4 mezi následujícími tabulkami OMOP:
- Umístění
- Osoba
- Pozorování
- Procedure_Occurrence
- Condition_Occurrence
- Poznámka:
- Drug_Exposure
- Visit_Ocurrence
- Image_Occurrence
- Měření
Tyto vztahy z minimální sady potřebné ke generování sestav Power BI ve schopnosti Zjišťování a sestavování kohort (Preview) v Řešeních pro zdravotní data. Tento sémantický model můžete použít jako základ, přidat další tabulky OMOP a relace z transakčního jezera OMOP a vytvořit vlastní sestavy Power BI ze standardních dat transakčního jezera OMOP.
Konfigurace ukázkového poznámkového bloku drug exposure era
Ukázkový poznámkový blok healthcare#_msft_omop_drug_exposure_era_sample ukazuje, jak vygenerovat záznamy tabulky drug_era v OMOP pomocí jazyka PySpark (Python) v Azure Synapse Analytics poznámkovém bloku, především pro účely průzkumu Generování záznamů tabulky drug_era se řídí ukázkovým skriptem OHDSI drug era, který je přizpůsoben práci s PySpark v Azure Synapse Analytics. Kód generátoru drug era je součástí vlastní knihovny Pythonu, která je zabalena jako soubor kola (WHL) a nahrána Apache Spark do fondu pro snadný přístup.
Před spuštěním poznámkového bloku mějte na paměti následující požadavky:
Ujistěte se, že databáze OMOP obsahuje platná data v následujících tabulkách:
- drug_exposure
- Pojem v
- concept_ancestor
Tato data můžete vygenerovat pomocí ukázkových dat nebo vlastních dat spuštěním datového kanálu FHIR do datového kanálu OMOP.
Ujistěte se, že je vlastní balíček typu wheel knihovny připojený k fondu Spark, který používáte ke spuštění tohoto poznámkového bloku.
Klíčovým konfiguračním parametrem pro tento poznámkový blok je omop_database_name. Tento parametr identifikuje název databáze OMOP, která obsahuje data pro generování tabulky drug_era. Tuto hodnotu aktualizujte pouze v případě, že se vaše databáze OMOP liší od výchozí hodnoty v globálním konfiguračním souboru.
Pokud se tabulka OMOP drug_exposure naplní platnými daty, vyvolá tento poznámkový blok vyvolá modul DrugEraGenerator, který spojuje časová období, po která je osoba vystavena aktivní složce léku, což umožňuje mezeru 30 dnů. Modul DrugEraGenerator odstraní všechny existující záznamy drug_era a vygeneruje nové záznamy na základě nejnovějších dat OMOP.
Další informace o spuštění poznámkového bloku najdete v tématu Použití ukázkových poznámkových bloků transformací OMOP.
Konfigurace ukázkového poznámkového bloku drug exposure
Ukázkový poznámkový blok healthcare#_msft_omop_drug_exposure_insights_sample ukazuje průzkumnou analýzu tabulky drug_era pomocí PySpark v poznámkovém bloku Azure Synapse Analytics. Analýza generuje histogram zobrazující sekundární lékové expozice pacientů účinným látkám, stratifikované podle pohlaví a věku pro konkrétní rok. Tabulka drug_era se generuje pomocí vlastní knihovny DrugEraGenerator, kterou vyvolá předchozí poznámkový blok healthcare#_msft_omop_drug_exposure_era_sample. Tato analýza rozšiřuje dotaz na expozici lékům DEX03: Distribuce věku, stratifikovaný podle léku začleněním stratifikace založené na pohlaví i věku.
Před spuštěním poznámkového bloku mějte na paměti následující požadavky:
- Pokud chcete upravit konfiguraci poznámkového bloku, ujistěte se, že jste vytvořili kopii tohoto poznámkového bloku. Neaktualizujte poznámkový blok přímo.
- Ujistěte se, že tabulka drug_era obsahuje data, a to tak, že spustíte poznámkový blok éry expozice drogám. Spuštěním tohoto poznámkového bloku se nahradí všechny existující záznamy drug_era novými záznamy založenými na nejnovějších datech OMOP.
- Použijte tento poznámkový blok tak, jak je, pro průzkumnou analýzu a vytvořte kopii pro provedení vlastní analýzy.
Níže jsou uvedeny klíčové parametry konfigurace poznámkového bloku. Tyto parametry můžete upravit pro alternativní průzkumnou analýzu lékových expozic pacientů:
primary_drug_concept_id: Primární expozice účinné látky pro pacienty.secondary_drug_concept_id: Sekundární expozice účinné látky pro pacienty.year: Cílový rok, během kterého byli pacienti aktivně vystaveni jak primárním, tak sekundárním lékům.
Další informace o spuštění poznámkového bloku najdete v tématu Použití ukázkových poznámkových bloků transformací OMOP.