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使用醫療保健資料解決方案中的 OMOP 轉換

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醫療保健資料解決方案中的 OMOP 轉換功能透過觀察性醫療結果研究聯盟 (OMOP) 開放社群標準為標準化分析準備資料。 若要了解此功能的詳細資訊並了解如何部署和設定它，請參閱：

OMOP 轉換是附在 Microsoft Fabric 中的醫療保健資料解決方案的一項選用功能。

先決條件

在執行 OMOP 轉換管線之前，請務必完成以下步驟：

OMOP擷取服務

當您執行 OMOP 擷取服務資料管線時，它會建立可以使用 SQL 終點查看的增量表輸出。

OMOP CDM 增量表輸出

此部分描述執行服務時您可以預期的 OMOP common data model (CDM) 增量表輸出。

  • 該服務轉換了壓平合併化的快速健康照護互通資源 (FHIR) 資料和保留在銀牌湖倉中的 FHIR DocumentReference (非結構化臨床筆記) 擷取。 轉換後的資料將作為 OMOP 增量表寫入 Azure Data Lake.

  • 選用的Text Analytics for health 服務支援從 DocumentReference 內容中擷取自然語言處理 (NLP) 輸出以對應到 OMOP NOTE_NLP 表格。 有關此服務的詳細資訊，請參閱非結構化臨床筆記擴充：OMOP 轉換。

  • 該服務使用 OMOP 詞彙表將參考資料從 FHIR 程式碼系統、程式碼和可編碼概念轉換為 OMOP 概念。

  • 以開放增量格式儲存 OMOP 資料可維護更新歷史記錄、啟用時間旅行，並透過檢索 last_updated_date 記錄上最新的內容來提供篩選時的查詢效能。

樣本查詢

您可以執行以下樣本查詢來查看對所選 person_id 所做的全部更新。 查詢應從人員表檢索在一段時間內更新的前 10 列 (或更少)。 根據環境中金牌 omop_database_name 的名稱調整查詢。 此外，請記住將 person.id 參數替換或更新為從銀牌轉換為金牌的資料集中可用的有效值。

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

FHIR 到 OMOP 對應

最初的 FHIR 到 OMOP 對應是根據 HL7 國際指南，如下所示：

FHIR 網域資源 OMOP 資料表 注意事項
病患 個人
組織 CARE_SITE
條件 CONDITION_OCCURRENCE
病患 死亡 如果 patient.deceased 已填滿
程序 DEVICE_EXPOSURE 如果 procedure.focaldevice 不是 null
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
位址 位置 patient.address 和 organization.address
觀測 MEASUREMENT 如果 observation.category 是實驗室
Documentreference 附註
Documentreference NOTE_NLP 來自 documentreference 非結構化筆記的 Text Analytics for health 輸出
觀測 觀察 如果 observation.category 不是實驗室
程序 PROCEDURE_OCCURRENCE 如果procedure.focaldevice 為 null
從業人員 提供者
看診 VISIT_OCCURRENCE

OMOP社群參考