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使用医疗保健数据解决方案中的 OMOP 转换

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医疗保健数据解决方案中的 OMOP 转换功能通过观察性医疗结果伙伴关系 (OMOP) 开放社区标准为标准化分析准备数据。 若要了解有关该功能的详细信息并了解如何部署和配置它，请参阅：

OMOP 转换是 Microsoft Fabric 中医疗保健数据解决方案的一项可选功能。

先决条件

在运行 OMOP 转换管道之前，请确保完成以下步骤：

OMOP 引入服务

运行 OMOP 引入服务数据管道时，它会创建增量表输出，您可以使用 SQL 终结点查看这些输出。

OMOP CDM 增量表输出

本部分介绍可以通过运行服务预期的 OMOP Common Data Model (CDM) 增量表输出。

  • 该服务转换平展的快速医疗保健互操作性资源 (FHIR) 数据和保留在银牌湖屋中的 FHIR DocumentReference（非结构化临床笔记）提取内容。 转换后的数据作为 OMOP 增量表写入 Azure Data Lake 中。

  • 可选的 Text Analytics for Health 服务支持从 DocumentReference 内容中提取自然语言处理 (NLP) 输出以映射到 OMOP NOTE_NLP 表。 有关此服务的详细信息，请参阅非结构化临床笔记扩充： OMOP 转换。

  • 该服务使用 OMOP 词汇表将引用数据从 FHIR 代码系统、代码和可编码概念转换为 OMOP 概念。

  • 以开放增量格式存储 OMOP 数据可维护更新历史记录，启用时间旅行，并对通过检索记录中的最新 last_updated_date 的筛选提供查询性能。

示例查询

您可以运行以下示例查询来查看对所选 person_id 所做的所有更新。 查询应检索一段时间内更新的 Person 表中的前 10 行（或更少） 根据环境中金牌 omop_database_name 的名称调整查询。 另请记住，将 person.id 参数替换或更新为从银牌转换为金牌的数据集中可用的有效值。

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

FHIR 到 OMOP 映射

初始 FHIR 到 OMOP 映射基于 HL7 国际指南，如下所示：

FHIR 域资源 OMOP 表 注释
患者 PERSON
组织 CARE_SITE
条件 CONDITION_OCCURRENCE
患者 DEATH 如果填充 patient.deceased
过程 DEVICE_EXPOSURE 如果 procedure.focaldevice 不为 null
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
地址 位置 patient.address 和 organization.address
观察结果 MEASUREMENT 如果 observation.category 是实验室
Documentreference 注释
Documentreference NOTE_NLP documentreference 非结构化笔记中的 Text Analytics for Health 输出
观察结果 OBSERVATION 如果 observation.category 不是实验室
过程 PROCEDURE_OCCURRENCE 如果 procedure.focaldevice 为 null
医护人员 PROVIDER
就诊 VISIT_OCCURRENCE

OMOP 社区参考