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Utilize os blocos de notas de exemplo de transformações do OMOP em soluções de dados de cuidados de saúde

  • Artigo

Nota

Este conteúdo está atualmente a ser atualizado.

Esta secção mostra dois cenários de amostra da Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP). Esses cenários refletem investigações comuns de pesquisa clínica conduzidas pela comunidade OMOP em relação à exposição a medicamentos primários e secundários em populações de pacientes. De uma perspetiva de tempo para valor, demonstra a rapidez com que pode visualizar os resultados analíticos na sua área de trabalho do Fabric. Pode obter essa visualização executando os blocos de notas de exemplo depois de os pipelines de dados preencherem os dados clínicos do Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR) nos lakehouses de prata e ouro, respetivamente.

Pré-requisitos

Antes de executar os blocos de notas de exemplo healthcare#_msft_omop_drug_exposure_era_sample e healthcare#_msft_omop_drug_exposure_insights_sample, certifique-se de que tem os seguintes requisitos:

Cenário de exemplo

Os cenários da amostra visam identificar coortes de doentes estratificadas por sexo e idade que são expostos a um medicamento secundário durante um determinado período enquanto tomam o mesmo medicamento primário. O processo inclui os seguintes passos:

  • Estratificar a população de doentes por sexo e idade.

  • Identificar o medicamento (por exemplo, insulina esófana, humana 70 UNT/ML/insulina, regular, humana 30 unidades) tomado pela população de pacientes durante um período de um ano, pelo menos uma vez.

    Se não houver dados suficientes, considere um período de cinco anos.

  • Identificar outro medicamento (o segundo medicamento) a que a mesma população de doentes está exposta durante o mesmo período.

  • Traçar a distribuição da exposição secundária ao consumo de medicamentos pelos estratos de género.

  • Gere os registos e visualize a distribuição como um gráfico de histograma.

Sugestão

Os cenários de exemplo fazem referência aos scripts de exemplo de eras de medicamentos OHDSI e às consultas de exposição a medicamentos OMOP. Pode rever estes recursos para saber mais sobre exemplos semelhantes publicados pela comunidade OMOP.

Exemplos de entradas de execução do bloco de notas

O objetivo principal do projeto de desenvolvimento é gerar os registos de eras de medicamentos, representados pela tabela derivada padronizada OMOP drug_era. Esta tabela armazena as eras de medicamentos calculadas, contendo informações agregadas sobre exposições a medicamentos agrupados por pessoa, ingrediente do medicamento e janela de persistência. Representa períodos contínuos de exposição presumida a um princípio ativo específico, distintos dos registos individuais de exposição ao medicamento.

A tabela contém as seguintes colunas:

  • drug_era_id: identificador exclusivo para cada era de medicamento.

  • person_id: Chave externa referente à pessoa exposta ao medicamento, com detalhes demográficos na tabela Pessoa.

  • drug_concept_id: Chave externa referente a um identificador de conceito padronizado para o ingrediente ativo.

  • drug_era_start_date: Data de início da era do medicamento, derivada da primeira exposição ao medicamento.

  • drug_era_end_date: Data de fim da era do medicamento, com base na última exposição ao medicamento.

  • drug_exposure_count: Número total de exposições a medicamentos durante a era do medicamento.

  • gap_days: Número de dias não cobertos pelos registos de exposição a medicamentos que contribuíram para a era do medicamento.

Para gerar os registos da era dos medicamentos, utilizamos as seguintes tabelas clínicas padronizadas OMOP:

  • Exposição a medicamentos: Esta tabela contém os dados de exposição a medicamentos, incluindo drug_exposure_id, person_id, drug_concept_id, drug_exposure_start_date, drug_exposure_end_date e days_supply.

  • Conceito Ancestral: Esta tabela armazena relações hierárquicas entre conceitos em vários vocabulários, como RxNorm. Inclui o ancestor_concept_id (uma referência a um conceito de nível superior) e o descendant_concept_id (uma referência a um conceito de nível inferior), representando as ligações de conceito mais amplo a mais restrito.

  • Conceito: Esta tabela contém os dados do conceito, incluindo concept_id, concept_name, domain_id, vocabulary_id e concept_class_id.

Parâmetros de entrada de amostra

  • primary_drug = 1596977 - insulin
  • secondary_drug = 1308216 - lisinopril
  • year = 2022

Saídas do bloco de notas de amostra

Quando executa os dois blocos de notas de amostra, geram um histograma com uma distribuição da exposição secundária ao medicamento pelos estratos de género e idade da população de pacientes identificados durante um período específico a partir da tabela OMOP derivada omop.drug_era. Neste exemplo, consideramos um período de um ano.

Uma imagem que apresenta um histograma de exposição ao medicamento de amostra.

Pode usar a distribuição para analisar os seguintes aspetos:

  • Impacto da exposição por sexo e idade.
  • Distribuição mediana da população afetada.
  • Estatísticas descritivas para descrever as características da população.

Coisas para lembrar

  • Para testar os cenários personalizados, faça uma cópia dos blocos de notas de exemplo. Não atualize os blocos de notas diretamente.

  • O bloco de notas de visualização usa os seguintes parâmetros que pode configurar para executar análises diferentes:

    • primary_drug: O medicamento primário a analisar.
    • secondary_drug: O medicamento secundário a analisar.
    • year: O ano com que a análise deve ser executada.

  • Executar o bloco de notas da era da exposição a medicamentos várias vezes primeiro elimina todos os registos de drug_era de OMOP existentes e, em seguida, recria os registros com base nos dados de OMOP mais recentes.