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Utilize transformações de OMOP em soluções de dados de cuidados de saúde

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Nota

Este conteúdo está atualmente a ser atualizado.

A capacidade de transformações OMOP em soluções de dados de cuidados de saúde prepara os dados para análises padronizadas através de padrões abertos da comunidade Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP). Para saber mais sobre a capacidade e entender como implementá-la e configurá-la, consulte:

Transformações de OMOP é uma capacidade opcional com soluções de dados de cuidados de saúde no Microsoft Fabric.

Pré-requisitos

Antes de executar o pipeline de transformações de OMOP, conclua os seguintes passos:

Serviço de ingestão OMOP

Quando executa o pipeline de dados do serviço de ingestão OMOP, cria saídas de tabela delta que pode ver usando pontos finais SQL.

Saídas de tabela delta CDM OMOP

Esta secção descreve as saídas de tabela delta do Common Data Model (CDM) de OMOP que pode esperar da execução do serviço.

  • O serviço transforma os dados achatados do Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR) e a extração FHIR DocumentReference (notas clínicas não estruturadas) persistentes no lakehouse de prata. Os dados transformados são gravados como tabelas delta OMOP no Azure Data Lake.

  • O serviço Text Analytics for Health opcional oferece suporte à extração da saída NLP (processamento de linguagem natural) do conteúdo DocumentReference para mapear para a tabela NOTE_NLP do OMOP. Para obter mais informações sobre este serviço, consulte Melhoramento de notas clínicas não estruturadas: Transformação de OMOP.

  • O serviço transforma dados de referência do sistema de código FHIR, códigos e conceitos codificáveis em conceitos OMOP utilizando as tabelas de vocabulário de OMOP.

  • O armazenamento de dados OMOP no formato delta aberto mantém o histórico de atualizações, permite viagens no tempo e fornece desempenho de consulta na filtragem recuperando o mais recente last_updated_date num registo.

Consulta de amostra

Pode executar a seguinte consulta de exemplo para ver todas as atualizações feitas no person_id selecionado. A consulta deve obter as 10 primeiras linhas (ou menos) da tabela Pessoa que foi atualizada ao longo de um período. Ajuste a consulta de acordo com o nome do ouro omop_database_name no seu ambiente. Lembre-se também de substituir ou atualizar o parâmetro person.id por um valor válido disponível no conjunto de dados transformado de prata para ouro.

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

Mapeamento de FHIR para OMOP

Os mapeamentos iniciais de FHIR para OMOP são baseados na orientação HL7 International da seguinte forma:

Recurso de domínio FHIR Tabela do OMOP Notas
paciente PESSOA
Organização CARE_SITE
condição CONDITION_OCCURRENCE
Paciente DEATH Se patient.deceased for preenchido
Procedimento DEVICE_EXPOSURE Se procedure.focaldevice não for nulo
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
endereço LOCATION patient.address e organization.address
Observação MEDIÇÃO Se observation.category for laboratorial
Documentreference NOTA
Documentreference NOTE_NLP A saída Text Analytics for Health da nota não estruturada documentreference
Observação OBSERVAÇÃO Se observation.category não for laboratorial
Procedimento PROCEDURE_OCCURRENCE Se procedure.focaldevice é nulo
Profissional de Saúde FORNECEDOR
Encontro VISIT_OCCURRENCE

Referências da comunidade OMOP