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의료 데이터 솔루션에서 OMOP 변환 사용

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참고

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의료 데이터 솔루션의 OMOP 변환 기능은 OMOP(Observational Medical Outcomes Partnership) 개방형 커뮤니티 표준을 통해 표준화된 분석을 위해 데이터를 준비합니다. 기능에 대해 자세히 알아보고 배포 및 구성하는 방법을 이해하려면 다음을 참조하세요.

OMOP 변환은 Microsoft Fabric의 의료 데이터 솔루션에 포함된 선택적 기능입니다.

사전 요구 사항

OMOP 변환 파이프라인을 실행하기 전에 다음 단계를 완료해야 합니다.

OMOP 수집 서비스

OMOP 수집 서비스 데이터 파이프라인을 실행하면 SQL 엔드포인트를 사용하여 볼 수 있는 델타 테이블 출력이 만들어집니다.

OMOP CDM 델타 테이블 출력

이 섹션에서는 서비스 실행에서 예상할 수 있는 OMOP CDM(Common Data Model) 델타 테이블 출력에 대해 설명합니다.

  • 이 서비스는 실버 레이크하우스에 유지되는 병합된 FHIR(전자 의료 기록 교환) 데이터와 FHIR DocumentReference(구조화되지 않은 임상 노트) 추출을 모두 변환합니다. 변환된 데이터는 Azure Data Lake에 OMOP 델타 테이블로 작성됩니다.

  • 옵션 Text Analytics for Health 서비스는 DocumentReference 콘텐츠에서 자연어 처리(NLP) 출력을 추출하여 OMOP NOTE_NLP 테이블에 매핑하는 것을 지원합니다. 이 서비스에 대한 자세한 내용은 구조화되지 않은 임상 기록 강화: OMOP 변환을 참조하세요.

  • 이 서비스는 OMOP 어휘 테이블을 사용하여 FHIR 코드 시스템, 코드 및 코딩 가능한 개념의 참조 데이터를 OMOP 개념으로 변환합니다.

  • OMOP 데이터를 개방형 델타 형식으로 저장하면 업데이트 기록이 유지되고, 시간 이동이 가능하며, 레코드에서 가장 최근의 last_updated_date를 검색하여 필터링에 대한 쿼리 성능이 제공됩니다.

샘플 쿼리

다음 샘플 쿼리를 실행하여 선택한 person_id에 대한 모든 업데이트를 볼 수 있습니다. 쿼리는 일정 기간 동안 업데이트된 Person 테이블에서 상위 10개 행(또는 그 이하)을 검색해야 합니다. 사용자 환경에서 골드 omop_database_name의 이름에 따라 쿼리를 조정합니다. 또한 person.id 매개 변수를 은색에서 금색으로 변환된 데이터 세트에서 사용할 수 있는 유효한 값으로 바꾸거나 업데이트해야 합니다.

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

FHIR에서 OMOP로 매핑

초기 FHIR에서 OMOP 매핑은 다음과 같이 HL7 국제 지침을 기반으로 합니다.

FHIR 도메인 리소스 OMOP 테이블 노트
환자 PERSON
조직 CARE_SITE
조건 CONDITION_OCCURRENCE
환자 DEATH patient.deceased가 채워져 있는 경우
절차 DEVICE_EXPOSURE procedure.focaldevice가 null이 아닌 경우
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
주소 LOCATION patient.address 및 organization.address
관찰 MEASUREMENT observation.category가 실험실인 경우
Documentreference 메모
Documentreference NOTE_NLP documentreference 구조화되지 않은 메모의 Text Analytics for health 출력
관찰 OBSERVATION observation.category가 실험실이 아닌 경우
절차 PROCEDURE_OCCURRENCE procedure.focaldevice가 null인 경우
의료진 PROVIDER
접촉 VISIT_OCCURRENCE

OMOP 커뮤니티 참조