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Utiliser les transformations OMOP dans les solutions de données de santé

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Note

Ce contenu est en cours de mise à jour.

La fonctionnalité des transformations OMOP dans les solutions de données de santé prépare les données pour des analyses standardisées via les normes communautaires ouvertes de l’Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP). Pour en savoir plus sur la fonctionnalité et comprendre comment la déployer et la configurer, consultez :

Les transformation OMOP est une fonctionnalité facultative avec les solutions de données de santé dans Microsoft Fabric.

Conditions préalables

Avant d’exécuter le pipeline de transformation OMOP, assurez-vous d’effectuer les étapes suivantes :

OMOP service d’ingestion

Lorsque vous exécutez le pipeline de données du service d’ingestion OMOP, celui-ci crée des sorties de table delta que vous pouvez visualiser à l’aide des points de terminaison SQL.

OMOP Sorties du tableau delta MDP

Cette section décrit les sorties de OMOP table delta du Common Data Model (CDM) que vous pouvez attendre de l’exécution du service.

  • Le service transforme à la fois les données aplaties des ressources d’interopérabilité rapide des soins de santé (FHIR) et l’extraction FHIR DocumentReference (notes cliniques non structurées) persistantes dans le lac d’argent. Les données transformées sont écrites sous forme de OMOP tables delta dans Azure Data Lake.

  • Le service facultatif Text Analytics for Health prend en charge l’extraction du résultat du traitement du langage naturel (NLP) du contenu DocumentReference pour le mapper au OMOP NOTE_NLP tableau. Pour plus d’informations sur ce service, voir Enrichissement des notes cliniques non structurées : OMOP transformation.

  • Le service transforme les données de référence du système de codes FHIR, des codes et des concepts codables en OMOP concepts utilisant les tables de OMOP vocabulaire.

  • Le stockage OMOP des données au format delta ouvert conserve l’historique des mises à jour, permet de voyager dans le temps et offre des performances de requête en matière de filtrage en récupérant le last_updated_date le plus récent d’un enregistrement.

Exemple de requête

Vous pouvez exécuter l’exemple de requête suivant pour afficher toutes les mises à jour apportées au person_id sélectionné. La requête doit récupérer les 10 premières lignes (ou moins) de la table Person qui a été mise à jour sur une période donnée. Ajustez la requête en fonction du nom du gold omop_database_name dans votre environnement. Pensez également à remplacer ou mettre à jour le person.id paramètre par une valeur valide disponible dans le jeu de données transformé d’argent en or.

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

Mappage OMOP FHIR

Les mappages FHIR initiaux avec OMOP sont basés sur les lignes directrices internationales HL7 comme suit :

Ressource de domaine FHIR Table OMOP Remarques
patient PERSONNE
Organisation CARE_SITE
condition CONDITION_OCCURRENCE
Patient MORT Si patient.deceased est renseigné
Procédure DEVICE_EXPOSURE Si procedure.focaldevice n’est pas nul
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
adresse EMPLACEMENT patient.address et organization.address
Observation MESURE Si observation.category est un laboratoire
Documentreference NOTE
Documentreference NOTE_NLP Résultat de Text Analytics for Health provenant de documentreference note non structurée
Observation OBSERVATION Si observation.category n'est pas un laboratoire
Procédure PROCEDURE_OCCURRENCE Si procedure.focaldevice est null
Praticien PRESTATAIRE
Consultation VISIT_OCCURRENCE

OMOP références communautaires