Implementar y configurar Transformación de datos DICOM en soluciones de datos sanitarios
Nota
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La transformación de datos DICOM le permite usar la canalización de ingesta de datos de imágenes y llevar los datos de Imágenes y comunicaciones digitales en medicina (DICOM) a OneLake. Puede configurar la capacidad después de implementar soluciones de datos de atención sanitaria y la funcionalidad de bases de datos de atención sanitaria en su área de trabajo de Fabric.
La transformación de datos DICOM es una capacidad opcional bajo soluciones de datos de atención sanitaria en Microsoft Fabric. Tiene la flexibilidad de decidir si usarla o no, según sus necesidades o escenarios específicos.
Requisitos previos
Implementar soluciones de datos de atención sanitaria en Microsoft Fabric
Instale los cuadernos básicos y las canalizaciones en Implementar fundamentos de datos de atención sanitaria.
Implemente los datos de ejemplo de imágenes DICOM como se explica en Implementar datos de ejemplo.
Implemente, configure y ejecute las canalizaciones de transformaciones OMOP (opcional). Para obtener instrucciones detalladas, consulte:
Implementar transformación de datos DICOM
Puede implementar la capacidad y los datos de ejemplo asociados mediante el módulo de configuración que se explica en Soluciones de datos de atención sanitaria: Implementar fundamentos de datos de atención sanitaria. También puede implementar los datos de ejemplo más adelante siguiendo los pasos descritos en Implementar datos de ejemplo. Esta capacidad utiliza el conjunto de datos de ejemplo 340ImagingStudies.
Si no usó el módulo de configuración para implementar la capacidad y desea usar el icono de capacidad en su lugar, siga estos pasos:
Vaya a la página principal de soluciones de datos de atención sanitaria en Fabric.
Seleccione el icono de transformación de datos DICOM.
En la página de la capacidad, seleccione Implementar en espacio de trabajo.
La implementación puede tardar unos minutos en completarse. No cierre la pestaña ni el explorador mientras la implementación esté en curso. Mientras espera, puedes trabajar en otra pestaña.
Una vez completada la implementación, puede ver una notificación en la barra de mensajes.
Seleccione Administrar capacidad en la barra de mensajes para ir a la página Administración de capacidades.
Aquí puede ver, configurar y administrar los artefactos implementados con la capacidad.
Artefactos
La capacidad instala los siguientes dos cuadernos y la canalización de datos en el entorno de soluciones de datos de atención sanitaria:
| Artefacto | Tipo | Descripción |
|---|---|---|
| healthcare#_msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion | Bloc de notas | Usa el módulo MetadataExtractionOrchestrator de la biblioteca de soluciones de datos de atención sanitaria para extraer los metadatos DICOM de los archivos DCM. A continuación, los metadatos se almacenan en la tabla delta dicomimagingmetastore en el almacén de lago bronce. |
| healthcare#_msft_imaging_dicom_fhir_conversion | Bloc de notas | Utiliza el módulo MetadataToFhirConvertor de la biblioteca de soluciones de datos de atención sanitaria para convertir los metadatos DICOM de la tabla delta bronce. El proceso de conversión implica transformar los metadatos de la tabla dicomimagingmetastore en el recursos ImagingStudy de FHIR en el formato FHIR R4.3. El resultado se guarda como archivos NDJSON. |
| healthcare#_msft_imaging_with_clinical_foundation_ingestion | Canalización de datos | Ejecuta secuencialmente los siguientes cuadernos para ingerir datos clínicos NDJSON de FHIR y datos DICOM de imágenes en tablas delta en el almacén de lago bronce y, a continuación, acoplar los datos en el almacén de lago plata: • healthcare#_msft_raw_process_movement: organiza el movimiento de archivos desde la carpeta Ingesta a la carpeta Proceso y garantiza la presencia de todos los nombres de archivo en la carpeta Proceso. • healthcare#_msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion: extrae metadatos (etiquetas DICOM) de los archivos DCM DICOM ingeridos. • healthcare#_msft_imaging_dicom_fhir_conversion: Convierte los metadatos a la presentación FHIR de ImagingStudy en formato NDJSON. • healthcare#_msft_fhir_ndjson_bronze_ingestion: Facilita la ingesta de datos FHIR y NDJSON ImagingStudy en tablas delta dentro del almacén de lago bronce. • healthcare#_msft_bronze_silver_flatten: transforma y acopla los datos del almacén de lago bronce e ingiere los datos en el almacén de lago plata. |
Los cuadernos de Transformación de datos DICOM se implementan con los valores preconfigurados necesarios para ejecutar la canalización de datos asociada. Algunos parámetros de configuración heredan de la configuración global. De manera predeterminada, no es necesario que realice cambio en los archivos de configuración del cuaderno. Si es necesario, puede abrir el cuaderno y revisar la configuración.
Datos de ejemplo de imágenes
Los datos de ejemplo que se envían con las soluciones de datos de atención sanitaria incluyen los conjuntos de datos de ejemplo de imágenes que puede usar para ejecutar la canalización de transformación de datos DICOM. También puede explorar la transformación y el progreso de los datos a través de los almacenes de lago bronce, plata y oro de medallón. Es posible que los datos de ejemplo de imágenes proporcionados no sean clínicamente significativos, pero son técnicamente completos y exhaustivos para demostrar las capacidades de imágenes de la solución. Para acceder a las carpetas de datos de ejemplo, asegúrese de descargar el conjunto de datos de imágenes 340ImagingStudies, tal como se explica en Implementar datos de ejemplo.
Implementar la API de DICOM en Azure Health Data Services
Importante
Siga esta sección de implementación solo si está usando el servicio DICOM en Azure Health Data Services.
Azure Health Data Services es una solución basada en la nube que le ayuda a recopilar, almacenar y analizar datos de salud de diferentes orígenes y formatos. Es compatible con varios estándares de atención médica, como DICOM. El servicio DICOM (parte de Azure Health Data Services) es una solución basada en la nube que permite a las organizaciones de atención médica almacenar, administrar e intercambiar datos de imágenes médicas de manera segura y eficiente con cualquier aplicación o sistema habilitado para web DICOM.
La transformación de datos DICOM en soluciones de datos de atención médica tiene una integración nativa con el servicio DICOM. Si ya está utilizando el servicio DICOM, también puede usar las capacidades analíticas de imágenes en soluciones de datos de atención médica. Esta integración nativa elimina la necesidad de integrar manualmente los conjuntos de datos entre los dos servicios. La integración se basa en proporcionar un acceso directo de OneLake a Azure Data Lake Storage Gen2 para el servicio DICOM de Azure Health Data Services. Para configurar la integración del lago de datos, siga los pasos descritos en Implementar el servicio DICOM con Azure Data Lake Storage. Para obtener más información sobre esta canalización de ingesta, vaya a Opción 2: Integración de un extremo a otro con el servicio DICOM.
Configurar la ingesta de Azure Data Lake Storage
Siga esta opción de configuración Bring Your Own Storage (BYOS) si desea utilizar archivos DICOM desde su ubicación de almacenamiento Azure Data Lake Storage Gen2. Con esta opción, no es necesario copiar ni mover los archivos DICOM a las carpetas de ingesta de OneLake. En su lugar, puede crear un acceso directo de OneLake a Data Lake Storage Gen2 y acceder a los archivos DICOM desde su ubicación de almacenamiento original.