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疑難排解指南

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以下是使用 Microsoft Genomics 服務 (MSGEN) 時，可能發生之一些常見問題的疑難排解祕訣。

如需與疑難排解不相關的常見問題集，請參閱常見問題。

步驟 1：尋找與工作流程相關聯的錯誤碼

您可以透過下列方式，找到與工作流程相關聯的錯誤訊息：

  1. 使用命令列並輸入 msgen status
  2. 檢查 standardoutput.txt 的內容。

1.使用命令列 msgen status

msgen status -u URL -k KEY -w ID

有三個必要引數：

  • URL - API 的基底 URI

  • KEY - Genomics 帳戶的存取金鑰

    • 若要尋找您的 URL 和 KEY，請前往 Azure 入口網站，然後開啟您的 Microsoft Genomics 帳戶頁面。 在 [管理] 標題之下，選擇 [存取金鑰]。 您可以看到 API URL 以及存取金鑰。

  • ID - 工作流程識別碼

    • 若要尋找您的工作流程識別碼，請輸入 msgen list 命令。 假設您的設定檔包含 URL 和存取金鑰，且與 msgen exe 位在相同的位置，則命令看起來會像這樣：

      msgen list -f "config.txt"

      此命令的輸出看起來會像這樣：

          Microsoft Genomics command-line client v0.7.4
        Copyright (c) 2018 Microsoft. All rights reserved.

        Workflow List
        -------------
        Total Count  : 1

        Workflow ID     : 10001
        Status          : Completed successfully
        Message         :
        Process         : snapgatk-20180730_1
        Description     :
        Created Date    : Mon, 27 Aug 2018 20:27:24 GMT
        End Date        : Mon, 27 Aug 2018 20:55:12 GMT
        Wall Clock Time : 0h 27m 48s
        Bases Processed : 1,348,613,600 (1 GBase)

    注意

    您也可以包含設定檔的路徑，而非直接輸入 URL 和 KEY。 如果您在命令列和設定檔中包含這些引數，命令列引數將具有優先權。

若工作識別碼為 1001，且 config.txt 檔案放在與 msgen 可執行檔相同的路徑中，則命令看起來會像這樣：

msgen status -w 1001 -f "config.txt"

2.檢查 standardoutput.txt 的內容

找出有問題之工作流程的輸出容器。 MSGEN 會在每個工作流程執行之後建立 [workflowfilename].logs.zip 資料夾。 將資料夾解壓縮以檢視其內容：

  • outputFileList.txt - 工作流程期間所產生輸出檔案的清單
  • standarderror.txt - 此檔案是空白的。
  • standardoutput.txt - 記錄執行工作流程時的所有最上層狀態，包括錯誤。
  • GATK 記錄檔 - logs 資料夾中的其他所有檔案

若要進行疑難排解，請檢查 standardoutput.txt 的內容，並記下出現的任何錯誤訊息。

本節簡短說明 Microsoft Genomics 服務 (msgen) 輸出的常見錯誤，以及您可以用來解決那些錯誤的策略。

Microsoft Genomics 服務 (msgen) 可能擲出下列兩種錯誤：

  1. 內部服務錯誤：發生在服務內部，無法藉由修正參數或輸入檔案來解決的錯誤。 有時候重新提交工作流程，可能可以修正這些錯誤。
  2. 輸入錯誤：可藉由使用正確的引數或修正檔案格式來解決的錯誤。

1.內部服務錯誤

內部服務錯誤不是使用者可採取動作的錯誤。 您可以重新提交工作流程，但如果沒有用，請連絡 Microsoft Genomics 支援服務

錯誤訊息 建議的疑難排解步驟
發生內部錯誤。 請嘗試重新提交工作流程。 如果您再次看到此錯誤，請連絡 Microsoft Genomics 支援服務以取得協助 再次提交工作流程。 如果問題持續發生，請建立支援票證來連絡 Microsoft Genomics 支援服務以取得協助。

2.輸入錯誤

這些錯誤是使用者可採取動作的錯誤。 根據檔案類型和錯誤碼，Microsoft Genomics 服務輸出不同的錯誤碼。 請遵循以下列出的建議疑難排解步驟。

檔案的類型 錯誤碼 錯誤訊息 建議的疑難排解步驟
任意 701 讀取 [readId] 有 [numberOfBases] 個基底，但限制為 [maxReadLength] 此錯誤最常見的原因是檔案毀損而造成兩次讀取串連。 請檢查輸入檔。
BAM 200 無法讀取檔案 '[yourFileName]'。 請檢查 BAM 檔案的格式。 使用正確格式的檔案，再次提交工作流程。
BAM 201 無法讀取 BAM 檔案 [File_name]。 請檢查 BAM 檔案的格式。 使用正確格式的檔案提交工作流程。
BAM 202 無法讀取 BAM 檔案 [File_name]。 檔案太小，且遺漏標頭。 請檢查 BAM 檔案的格式。 使用正確格式的檔案提交工作流程。
BAM 203 無法讀取 BAM 檔案 [File_name]。 檔案的標頭已損毀。 請檢查 BAM 檔案的格式。 使用正確格式的檔案提交工作流程。
BAM 204 無法讀取 BAM 檔案 [File_name]。 檔案的標頭已損毀。 請檢查 BAM 檔案的格式。 使用正確格式的檔案提交工作流程。
BAM 205 無法讀取 BAM 檔案 [File_name]。 檔案的標頭已損毀。 請檢查 BAM 檔案的格式。 使用正確格式的檔案提交工作流程。
BAM 206 無法讀取 BAM 檔案 [File_name]。 檔案的標頭已損毀。 請檢查 BAM 檔案的格式。 使用正確格式的檔案提交工作流程。
BAM 207 無法讀取 BAM 檔案 [File_name]。 檔案在靠近位移 [offset] 的地方被截斷。 請檢查 BAM 檔案的格式。 使用正確格式的檔案提交工作流程。
BAM 208 無效的 BAM 檔案。 讀取識別碼 [Read_Id] 在檔案 [File_name] 中沒有序列。 請檢查 BAM 檔案的格式。 使用正確格式的檔案提交工作流程。
FASTQ 300 無法讀取 FASTQ 檔案。 [File_name] 結尾不是新行字元。 請修正 FASTQ 檔案的格式，然後再次提交工作流程。
FASTQ 301 無法讀取 FASTQ 檔案 [File_name]。 FASTQ 記錄大於緩衝區大小，位移: [_offset] 請修正 FASTQ 檔案的格式，然後再次提交工作流程。
FASTQ 302 FASTQ 語法錯誤。 檔案 [File_name] 具有空白行。 請修正 FASTQ 檔案的格式，然後再次提交工作流程。
FASTQ 303 FASTQ 語法錯誤。 檔案 [File_name] 有無效的起始字元，位移: [_offset]，行類型: [line_type]，字元: [_char] 請修正 FASTQ 檔案的格式，然後再次提交工作流程。
FASTQ 304 讀取識別碼 [_ReadID] 中有 FASTQ 語法錯誤。 檔案 [File_name] 中第一讀取批次沒有以 /1 結尾的讀取識別碼 請修正 FASTQ 檔案的格式，然後再次提交工作流程。
FASTQ 305 讀取識別碼 [_ReadID] 中有 FASTQ 語法錯誤。 檔案 [File_name] 中第二讀取批次沒有以 /2 結尾的讀取識別碼 請修正 FASTQ 檔案的格式，然後再次提交工作流程。
FASTQ 306 讀取識別碼 [_ReadID] 中有 FASTQ 語法錯誤。 檔案 [File_name] 中第一讀取組沒有以 /1 結尾的讀取識別碼 請修正 FASTQ 檔案的格式，然後再次提交工作流程。
FASTQ 307 讀取識別碼 [_ReadID] 中有 FASTQ 語法錯誤。 讀取識別碼結尾不是 /1 或 /2。 檔案 [File_name] 不能作為配對的 FASTQ 檔案。 請修正 FASTQ 檔案的格式，然後再次提交工作流程。
FASTQ 308 FASTQ 讀取錯誤。 兩個讀取都以不同方式回應。 您是否選擇了正確的 FASTQ 檔案？ 請修正 FASTQ 檔案的格式，然後再次提交工作流程。

步驟 3：連絡 Microsoft Genomics 支援服務

如果持續發生作業失敗，或是有任何其他問題，請從 Azure 入口網站連絡 Microsoft Genomics 支援服務。 您可以在此處找到如何提交支援要求的其他資訊。

下一步

在本文中，您已學會如何對 Microsoft Genomics 服務的常見問題進行疑難排解並嘗試解決。 如需詳細資訊和更多一般常見問題集，請參閱常見問題。