部署和配置医疗保健数据解决方案中的 Azure Health Data Services - 数据导出

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Azure Health Data Services - 数据导出功能支持将您的快速医疗保健互操作性资源 (FHIR) 数据从 Azure Health Data Services FHIR 服务导入到 OneLake。 本文概述了此功能的完整部署流程。 它还包括部署相关预生成 Microsoft Azure 组件的步骤,这些组件有助于从 FHIR 服务器导出数据。

部署由以下步骤组成:

  1. 查看必备条件
  2. 设置 Azure Health Data Services FHIR 服务
  3. 部署 Azure 市场产品/服务并设置资源
  4. 部署 Azure Health Data Services - 数据导出
  5. 查看项目
  6. 创建 OneLake 快捷方式

查看必备条件

设置 Azure Health Data Services FHIR 服务

先决条件:必须具有与 Fabric 工作区的租户关联的有效 Azure 订阅。

设置 Azure Health Data Services FHIR 服务,以用作此功能的数据引入管道的 FHIR 数据源。 若要了解如何设置 Azure Health Data Services FHIR 服务,请参阅:

部署 Azure 市场产品/服务并设置资源

医疗保健数据解决方案的 Azure 市场产品/服务包括一组预生成的 Azure 资源和组件,可促进从 Azure Health Data Services FHIR 服务到 OneLake 的 FHIR 数据导出。 按照以下步骤部署 Microsoft Fabric 中的医疗保健数据解决方案的 Azure 市场产品/服务并设置相关资源:

  1. Azure 门户主页上,选择创建资源,或在顶部搜索框中搜索市场

  2. 在搜索栏中,搜索 Microsoft Fabric 中的医疗保健数据解决方案

    显示医疗保健数据解决方案的 Azure 市场产品/服务的屏幕截图。

  3. 选择创建,然后按照屏幕上的指南部署解决方案。 请确保您更新以下参数:

    • 资源组区域:选择您的资源组和区域。
    • 语言服务:选择您部署的语言服务作为部署和配置非结构化临床笔记扩充的一部分。
    • FHIR 服务器 URI:在此处输入 FHIR 服务器的 URI 值。 您可以在 Azure 门户中 FHIR 服务的概述页面上找到此值,作为 FHIR 元数据终结点值。 输入 URI 值时删除 /metadata 后缀。
    • 导出开始时间:指定启动从 FHIR 服务到湖的批量数据引入的首选开始时间。
  4. 部署完成后,应该会看到 Azure 环境中预配了以下突出显示的资源:

    备注

    • 下图仅用于表示目的。
    • 资源名称仅供参考。

    显示部署后预配的资源的屏幕截图。

  5. 为 FHIR 服务启用系统分配的托管标识

  6. 更新 FHIR 服务的导出 Azure 存储帐户名称,以指向作为 Azure 市场产品/服务部署的一部分创建的存储帐户。 如果为一个存储帐户禁用了分层命名空间,请选择另一个存储帐户。

  7. 在医疗保健数据解决方案的存储帐户中,将 Azure RBAC 角色存储 blob 数据参与者分配到 FHIR 服务。 此角色使 FHIR 服务能够读取和写入存储帐户。

  8. 在 FHIR 服务中,将 Azure RBAC 角色 FHIR 数据导出者分配给作为 Azure 市场产品/服务部署的一部分创建的导出函数应用。 此角色使函数应用能够执行 FHIR $export API。 更新导出函数应用上的 FHIR 服务 URI导出开始时间应用设置。

部署 Azure Health Data Services - 数据导出

您可以使用医疗保健数据解决方案:部署医疗保健数据基础中所述的设置模块部署该功能。 在设置页面上,提供 Azure Key Vault最大轮循天数的值。

  • Azure Key Vault:输入与您的医疗保健数据解决方案环境关联的 Azure Key Vault 的名称。 此值应引用与 Microsoft Fabric 中的医疗保健数据解决方案的 Azure 市场产品/服务一起部署的密钥保管库服务。

  • 最大轮询天数:定义系统轮询 FHIR 服务器以完成导出的最大天数。 此值可在 1 到 7 天之间配置,用于设置完成数据导出的期限。 此功能可确保及时进行数据集成。

如果未使用设置模块部署该功能,而是希望改用功能磁贴,请按照以下步骤操作:

  1. 转到 Fabric 上的“医疗保健数据解决方案”主页。

  2. 选择“Azure Health Data Services - 数据导出”磁贴。

    显示“功能”磁贴的屏幕截图。

  3. 在“功能”页面上,选择部署到工作区

    显示如何将该功能部署到您的工作区的屏幕截图。

  4. 提供 Azure Key Vault最大轮循天数的值,然后选择部署

  5. 完成部署可能需要几分钟时间。 部署过程中不要关闭选项卡或浏览器。 在等待期间,您可以在另一个选项卡中工作。

    部署完成后,您可以在消息栏上看到一条通知。

  6. 从消息栏中选择管理功能,以转到功能管理页面。

    在这里,您可以查看、配置和管理使用该功能部署的项目。

查看项目

该功能可在您的医疗保健数据解决方案环境中安装笔记本和数据管道。

项目 类型​​ 描述
healthcare#_msft_ahds_fhirservice_export 笔记本 将数据从 Azure Health Data Services FHIR 服务导出到指定的存储帐户容器中。
healthcare#_msft_clinical_ahds_fhirservice_export 数据管道 按顺序运行一系列笔记本,以从 FHIR 服务批量导出数据,并将其转换为银牌湖屋中的平展状态。

创建 OneLake 快捷方式

在铜牌湖屋的 External 文件夹中,创建 OneLake 快捷方式以将 FHIR 数据引入 OneLake,该快捷方式可链接到 Azure Data Lake Storage Gen2 容器。 在以下子文件夹中创建快捷方式:Files\External\Clinical\FHIR-NDJSON\AHDS-FHIR\[BYOSShortcutname]