通过

你当前正在访问 Microsoft Azure Global Edition 技术文档网站。 如果需要访问由世纪互联运营的 Microsoft Azure 中国技术文档网站，请访问 https://docs.azure.cn。

故障排除指南

  • 项目

下面提供了当你使用 Microsoft 基因组学服务 (MSGEN) 时可能会遇到的一些常见问题的故障排除提示。

如需与故障排除无关的常见问题解答，请参阅常见问题。

步骤 1：查找与工作流关联的错误代码

可通过以下方式查找与工作流关联的错误消息：

  1. 使用命令行并键入 msgen status
  2. 检查 standardoutput.txt 的内容。

1. 使用命令行 msgen status

msgen status -u URL -k KEY -w ID

有三个必需参数：

  • URL - API 的基本 URI

  • 密钥 - 基因组学帐户的访问密钥

    • 若要查找 URL 和密钥，请转到 Azure 门户并打开 Microsoft 基因组学帐户页。 在“管理”标题下方，选择“访问密钥”。 可在此处找到 API URL 和访问密钥。

  • ID - 工作流 ID

    • 若要查找工作流 ID，请键入 msgen list 命令。 假设配置文件包含 URL 和访问密钥，并且与 msgen 可执行文件位于同一位置，则命令如下所示：

      msgen list -f "config.txt"

      此命令的输出如下所示：

          Microsoft Genomics command-line client v0.7.4
        Copyright (c) 2018 Microsoft. All rights reserved.

        Workflow List
        -------------
        Total Count  : 1

        Workflow ID     : 10001
        Status          : Completed successfully
        Message         :
        Process         : snapgatk-20180730_1
        Description     :
        Created Date    : Mon, 27 Aug 2018 20:27:24 GMT
        End Date        : Mon, 27 Aug 2018 20:55:12 GMT
        Wall Clock Time : 0h 27m 48s
        Bases Processed : 1,348,613,600 (1 GBase)

    注意

    或者，可在配置文件中包含路径，而不是直接输入 URL 和密钥。 如果在命令行和配置文件中包含这些参数，命令行参数将具有优先权。

如果工作流 ID 为 1001，并且 config.txt 文件与 msgen 可执行文件位于同一路径，则命令如下所示：

msgen status -w 1001 -f "config.txt"

2. 检查 standardoutput.txt 的内容

查找有问题的工作流的输出容器。 每次执行工作流后，MSGEN 会创建一个 [workflowfilename].logs.zip 文件夹。 请解压缩该文件夹以查看其内容：

  • outputFileList.txt - 工作流运行期间生成的输出文件列表
  • standarderror.txt - 此文件为空。
  • standardoutput.txt - 记录运行工作流时发生的所有顶级状态消息，包括错误。
  • GATK 日志文件 - logs 文件夹中的所有其他文件

若要进行故障排除，请检查 standardoutput.txt 的内容，并记下出现的任何错误消息。

本部分简要描述 Microsoft 基因组学服务 (msgen) 输出的常见错误，以及可用于解决这些错误的策略。

Microsoft 基因组学服务 (msgen) 可能引发以下两种类型的错误：

  1. 内部服务错误：服务内部的错误，无法通过修复参数或输入文件来解决。 有时，重新提交工作流可能会解决这些错误。
  2. 输入错误：使用正确的参数或修复文件格式可以解决的错误。

1. 内部服务错误

内部服务错误不可由用户处理。 可以重新提交工作流，但如果这样做也解决不了问题，请联系 Microsoft 基因组学支持人员

错误消息 建议的故障排除步骤
发生内部错误。 请尝试重新提交工作流。 如果再次看到此错误，请联系 Microsoft 基因组学支持人员以获得帮助 重新提交工作流。 如果问题持续出现，请通过创建支持票证来联系 Microsoft 基因组学支持人员，以获得帮助。

2. 输入错误

这些错误可由用户处理。 根据文件类型和错误代码，Microsoft 基因组学服务会输出不同的错误代码。 请遵循下面列出的建议故障排除步骤。

文件类型 错误代码 错误消息 建议的故障排除步骤
任意 701 读取操作 [readId] 具有 [numberOfBases] 个基，但限制为 [maxReadLength] 出现此错误的最常见原因是文件损坏，导致串联了两个读取操作。 请检查输入文件。
BAM 200 无法读取文件“[yourFileName]”。 请检查 BAM 文件的格式。 使用格式正确的文件重新提交工作流。
BAM 201 无法读取 BAM 文件 [File_name]。 请检查 BAM 文件的格式。 使用格式正确的文件提交工作流。
BAM 202 无法读取 BAM 文件 [File_name]。 文件太小，且缺少标头。 请检查 BAM 文件的格式。 使用格式正确的文件提交工作流。
BAM 203 无法读取 BAM 文件 [File_name]。 文件标头已损坏。 请检查 BAM 文件的格式。 使用格式正确的文件提交工作流。
BAM 204 无法读取 BAM 文件 [File_name]。 文件标头已损坏。 请检查 BAM 文件的格式。 使用格式正确的文件提交工作流。
BAM 205 无法读取 BAM 文件 [File_name]。 文件标头已损坏。 请检查 BAM 文件的格式。 使用格式正确的文件提交工作流。
BAM 206 无法读取 BAM 文件 [File_name]。 文件标头已损坏。 请检查 BAM 文件的格式。 使用格式正确的文件提交工作流。
BAM 207 无法读取 BAM 文件 [File_name]。 在偏移量 [offset] 附近截断了文件。 请检查 BAM 文件的格式。 使用格式正确的文件提交工作流。
BAM 208 BAM 文件无效。 ReadID [Read_Id] 在文件 [File_name] 中没有序列。 请检查 BAM 文件的格式。 使用格式正确的文件提交工作流。
FASTQ 300 无法读取 FASTQ 文件。 [File_name] 不是以换行符结尾。 请更正 FASTQ 文件的格式，然后重新提交工作流。
FASTQ 301 无法读取 FASTQ 文件 [File_name]。 FASTQ 记录大于偏移量 [_offset] 处的缓冲区大小 请更正 FASTQ 文件的格式，然后重新提交工作流。
FASTQ 302 FASTQ 语法错误。 文件 [File_name] 包含空白行。 请更正 FASTQ 文件的格式，然后重新提交工作流。
FASTQ 303 FASTQ 语法错误。 文件 [File_name] 在偏移量 [_offset] 处包含无效的起始字符，行类型: [line_type]，字符: [_char] 请更正 FASTQ 文件的格式，然后重新提交工作流。
FASTQ 304 readID [_ReadID] 处存在 FASTQ 语法错误。 在文件 [File_name] 中，第一个批读取不包含以 /1 结尾的 readID 请更正 FASTQ 文件的格式，然后重新提交工作流。
FASTQ 305 readID [_readID] 处存在 FASTQ 语法错误。 在文件 [File_name] 中，第二个批读取不包含以 /2 结尾的 readID 请更正 FASTQ 文件的格式，然后重新提交工作流。
FASTQ 306 readID [_ReadID] 处存在 FASTQ 语法错误。 在文件 [File_name] 中，第一个对读取不包含以 /1 结尾的 ID 请更正 FASTQ 文件的格式，然后重新提交工作流。
FASTQ 307 readID [_ReadID] 处存在 FASTQ 语法错误。 ReadID 不是以 /1 或 /2 结尾。 文件 [File_name] 不可用作配对的 FASTQ 文件。 请更正 FASTQ 文件的格式，然后重新提交工作流。
FASTQ 308 FASTQ 读取错误。 两端的读取以不同的方式做出了响应。 是否选择了正确的 FASTQ 文件? 请更正 FASTQ 文件的格式，然后重新提交工作流。

步骤 3：联系 Microsoft 基因组学支持人员

如果作业继续失败或有任何其他疑问，请通过 Azure 门户与 Microsoft 基因组学支持人员联系。 可从此处找到有关如何提交支持请求的更多信息。

后续步骤

本文介绍了如何排除和解决 Microsoft 基因组学服务的常见问题。 有关详细信息和更多常规常见问题解答，请参阅常见问题。