Поделиться через

Настройка лаборатории для обучения R в Linux

  • Статья

Внимание

Поддержка служб лабораторий Azure прекратится 28 июня 2027 г. Дополнительные сведения см. в руководстве по выходу на пенсию.

Примечание.

Эта статья ссылается на функции, доступные в планах лабораторий, которые заменили учетные записи лаборатории.

R — это открытый язык программирования и свободная программная среда для статистических вычислений и графики. Он используется для статистического анализа генетики, обработки естественного языка и анализа финансовых данных. R предоставляет интерактивный интерфейс командной строки. RStudio — это интерактивная среда разработки (IDE), доступная для языка R. Бесплатная версия предоставляет средства редактирования кода, интегрированный процесс отладки и инструменты разработки пакетов.

Эта статья посвящена исключительно RStudio и R в качестве стандартного блока для класса, требующего использования статистических вычислений. Типы классов глубокого обучения и записных книжек для Python и Jupyter настраивают RStudio по-разному. В каждой статье описывается, как использовать образ marketplace Виртуальная машина для обработки и анализа данных для Linux (Ubuntu), который содержит множество средств для обработки и анализа данных, включая RStudio, предварительно установленный.

Конфигурация лаборатории

Чтобы настроить эту лабораторию, вам потребуется подписка Azure и план лаборатории для начала работы. Если у вас нет подписки Azure, создайте бесплатную учетную запись, прежде чем приступить к работе.

Настройка внешних ресурсов

Для некоторых классов требуется внешнее хранение определенных файлов, например больших файлов данных.

Если вы решили использовать общий сервер R Server для учащихся, то перед созданием лаборатории необходимо настроить сервер. Дополнительные сведения о настройке общего сервера см. в статье Создание лаборатории с общим ресурсом в службе лабораторий Azure. Инструкции по созданию сервера RStudio см. в статьях Скачивание сервера RStudio Server для Debian и Ubuntu и Предоставление доступа к серверу RStudio Server с открытым кодом.

Если вы решили использовать любые внешние ресурсы, необходимо подключиться к виртуальной сети в Службах лабораторий Azure с помощью плана лаборатории.

Внимание

Во время создания плана лаборатории необходимо включить расширенную сеть . Его нельзя добавить позже.

Параметры плана лаборатории

После получения подписки Azure можно создать новый план лаборатории в Службах лабораторий Azure. Дополнительные сведения о создании нового плана лаборатории см. в руководстве по настройке плана лаборатории. Вы также можете использовать существующий план лаборатории.

Включите параметры плана лаборатории, как описано в следующей таблице. Дополнительные сведения о том, как включить образы из Azure Marketplace, см. в статье Выбор образов Marketplace, доступных для создателей лаборатории.

Настройка плана лаборатории Instructions
Образы Marketplace Включите образ Ubuntu Server 18.04 LTS .

Параметры лаборатории

Инструкции по созданию лаборатории см. в руководстве по настройке лаборатории. При создании лаборатории используйте следующие параметры.

Параметр лаборатории Значение и описание
Размер виртуальной машины Малый GPU (вычисления)
Образ виртуальной машины Ubuntu Server 18.04 LTS.
Разрешение подключения к удаленному рабочему столу Этот параметр следует включить, если решено использовать RDP. Он не требуется, если для подключения к компьютерам лаборатории используется X2Go.

Если вы решили использовать RDP, необходимо подключиться к виртуальной машине Linux с помощью SSH и установить пакеты RDP и GUI перед публикацией лаборатории. Затем учащиеся могут подключиться к виртуальной машине Linux с помощью RDP позже. Дополнительные сведения см. в статье Включение удаленного рабочего стола для виртуальных машин Linux в лаборатории в Службах лабораторий Azure.

Конфигурация шаблона

После создания компьютера с шаблоном запустите компьютер и подключитесь к нему, чтобы установить R, RStudio Desktop и (при необходимости) сервер X2Go.

Для начала обновим apt и имеющиеся пакеты на компьютере.

sudo apt update 
sudo apt upgrade

Установка сервера X2Go

Если решено использовать X2Go, установите сервер. Сначала необходимо подключиться к виртуальной машине лаборатории Linux с помощью SSH для установки компонента сервера. Оставшуюся часть настройки можно выполнить после подключения с использованием клиента X2Go.

Стандартная установка X2Go несовместима с RStudio. Чтобы избежать этой проблемы, обновите файл параметров x2goagent.

  1. Измените файл /etc/x2go/x2goagent.options. Не забудьте редактировать файл в режиме sudo.

    1. Раскомментируйте следующую строку: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"
    2. Закомментируйте следующую строку: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"

  2. Перезагрузите сервер X2Go, чтобы новые параметры вступили в силу.

    sudo systemctl restart x2goserver

Кроме того, можно создать необходимые библиотеки, следуя инструкциям в обходной путь GLX для X2Go.

Установка R

Установить R на виртуальной машине можно несколькими способами. Вы устанавливаете R из репозитория комплексной архивной сети R (CRAN). Она предоставляет самые актуальные версии R. После добавления этого репозитория на наш компьютер можно установить R и многие другие связанные пакеты.

Необходимо добавить репозиторий CRAN. Команды меняются в соответствии с краткими инструкциями по пакетам Ubuntu для R.

#download helper packages
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# download and add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
sudo wget -q "https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc" -O /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
#add repository
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/"

Теперь мы можем установить R, выполнив следующую команду:

sudo apt install r-base

Установка RStudio

Теперь, когда выполнена локальная установка R, можно установить интегрированную среду разработки RStudio. Мы устанавливаем бесплатную версию RStudio Desktop. Все доступные версии см. в разделе Загрузки RStudio.

  1. Импортируйте ключ подписывания кода для RStudio.

    sudo gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com  --recv-keys 3F32EE77E331692F

  2. Скачайте файл пакета Debian Linux (.deb) для R Studio для Ubuntu. Файл находится в формате rstudio-{version}-amd64.deb. Например:

    export rstudiover="1.4.1717"
wget --quiet -O rstudio.deb https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-$rstudiover-amd64.deb

  3. Используйте gdebi для установки RStudio. Обязательно используйте путь к файлу, чтобы сообщить apt, что устанавливается локальный файл.

    sudo apt install gdebi-core 
echo "y" | gdebi rstudio.deb –quiet

Пакеты CRAN

Теперь пришло время установить все нужные пакеты CRAN. Сначала добавьте текущий репозиторий c2d4u R 4.0 или более поздней версии.

sudo add-apt-repository ppa:c2d4u.team/c2d4u4.0+

Используйте команду install.packages(“package name”) в интерактивном сеансе языка R, как показано в статье Краткий список полезных пакетов языка R. Кроме того, используйте сервис —> пункт меню "Установить пакеты" в RStudio.

Если вам нужна помощь с поиском пакета, см. список пакетов по задачам или список пакетов по алфавиту.

Следующие шаги

Теперь образ шаблона можно опубликовать в лаборатории. Дополнительные сведения см. в статье "Публикация виртуальной машины шаблона".

Ознакомьтесь со следующими статьями, связанными с настройкой лаборатории: