Развертывание и настройка преобразования данных DICOM в решениях для данных здравоохранения
Преобразование данных DICOM позволяет использовать конвейер приема данных визуализации и переносить данные цифровой визуализации и коммуникаций в медицине (DICOM) в OneLake. Эту возможность можно настраивать после развертывания решений для данных здравоохранения и возможности механизмов структурирования данных здравоохранения в рабочей области Fabric.
Преобразование данных DICOM является дополнительной возможностью в решениях для данных здравоохранения в Microsoft Fabric. Вы можете решить, использовать его или нет, в зависимости от ваших конкретных потребностей или сценариев.
Предварительные условия
Развертывание решений для данных здравоохранения в Microsoft Fabric
Установите базовые записные книжки и конвейеры в Развертывание механизмов структурирования данных здравоохранения.
Разверните демонстрационные данные визуализации DICOM, как описано в разделе Развертывание демонстрационных данных.
Разверните и настройте OMOP конвейер преобразований (необязательно). Подробные инструкции см. в разделе:
Развертывание преобразования данных DICOM
Вы можете развернуть эту возможность и связанные с ней демонстрационные данные с помощью модуля настройки, описанного в разделе Решения для данных здравоохранения: развертывание механизмов структурирования данных здравоохранения. Кроме того, вы также можете развернуть демонстрационные данные позже, выполнив действия, описанные в разделе Развертывание демонстрационных данных. Эта возможность использует набор демонстрационных данных 340ImagingStudies.
Если вы не использовали модуль установки для развертывания возможности и хотите вместо этого использовать плитку возможностей, выполните следующие действия:
Перейдите на домашнюю страницу решений для данных здравоохранения в Fabric.
Выберите плитку преобразование данных DICOM.
На странице возможности выберите Развернуть в рабочей области.
Процесс развертывания может занять несколько минут. Не закрывайте вкладку или браузер во время развертывания. Пока вы ждете, вы можете работать в другой вкладке.
После завершения развертывания на панели сообщений появится уведомление.
Выберите Управление возможностью на панели сообщений, чтобы перейти на страницу Управление возможностями.
Здесь вы можете просматривать, настраивать и управлять артефактами, развернутыми с этой возможностью.
Артефакты
Эта возможность позволяет установить следующие две записные книжки и конвейер данных в среду решений для данных здравоохранения:
| Артефакт | Тип | Описание |
|---|---|---|
| healthcare#_msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion | Записная книжка | Использует модуль MetadataExtractionOrchestrator в библиотеке решений для данных здравоохранения для извлечения метаданных DICOM из файлов DCM. Метаданные затем сохраняются в дельта-таблице ImagingDicom в бронзовом хранилище и озеро данных. |
| healthcare#_msft_imaging_dicom_fhir_conversion | Записная книжка | Использует модуль MetadataToFhirConvertor в библиотеке решений для данных здравоохранения для преобразования метаданных DICOM в бронзовую разностную таблицу. Процесс преобразования включает преобразование метаданных из таблицы ImagingDicom в ресурс FHIR ImagingStudy в формате FHIR R4.3. Выходные данные сохраняются в виде файлов NDJSON. |
| healthcare#_msft_imaging_with_clinical_foundation_ingestion | Конвейер данных | Последовательно запускает следующие блокноты для загрузки клинических данных FHIR NDJSON и данных визуализации DICOM в дельта-таблицы в бронзовом хранилище и озеро данных, а затем сглаживает данные в серебряном хранилище и озеро данных: • msft_raw_process_movement: организует перемещение файлов из папки Ingest в папку Process и обеспечивает наличие всех имен файлов в папке Process . • msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion: извлекает метаданные (теги DICOM) из загруженных файлов DICOM DCM. • msft_imaging_dicom_fhir_conversion: преобразует метаданные в представление FHIR ImagingStudy в формате NDJSON. • msft_fhir_ndjson_bronze_ingestion: облегчает прием данных FHIR и ImagingStudy NDJSON в дельта-таблицы в бронзовом хранилище и озеро данных. • msft_bronze_silver_flatten: преобразует и выравнивает данные из бронзового хранилище и озеро данных и переносит данные в серебряный хранилище и озеро данных. |
Записные книжки преобразования данных DICOM развертываются с предварительно настроенными значениями, необходимыми для выполнения связанного конвейера данных. Некоторые параметры конфигурации наследуются от глобальной конфигурации. По умолчанию вносить какие-либо изменения в файлы конфигурации записной книжки не требуется. При необходимости можно открыть записную книжку и просмотреть конфигурацию.
Демонстрационные данные визуализации
Демонстрационные данные, поставляемые с решениями для данных здравоохранения, включают демонстрационные данные визуализации, которые можно использовать для запуска конвейера преобразования данных DICOM. Вы также можете исследовать преобразование данных и прогресс с помощью бронзовых, серебряных и золотых хранилищ озера данных. Предоставленные демонстрационные данные визуализации могут не иметь клинического значения, но они являются технически полными и исчерпывающими, чтобы продемонстрировать возможности визуализации решения. Чтобы получить доступ к папкам демонстрационных данных, убедитесь, что вы загрузили набор демонстрационные данные 340ImagingStudies , как описано в разделе Развернуть демонстрационные данные.
Развертывание API DICOM в Службах Azure для работы с медицинскими данными
Важно
Следуйте этому разделу развертывания только в том случае, если вы используете службу DICOM в Службах Azure для работы с медицинскими данными.
Службы Azure для работы с медицинскими данными — это облачное решение, которое помогает собирать, хранить и анализировать данные здравоохранения из разных источников и форматов. Он поддерживает различные медицинские стандарты, такие как DICOM. Служба DICOM (часть Служб Azure для работы с медицинскими данными) — это облачное решение, которое позволяет организациям здравоохранения безопасно и эффективно хранить, управлять и обмениваться данными медицинской визуализации с любыми системами или приложениями с веб-поддержкой DICOM.
Преобразование данных DICOM в решениях для обработки данных здравоохранения имеет встроенную интеграцию со службой DICOM. Если вы уже используете службу DICOM, вы также можете использовать возможности анализа изображений в решениях для данных здравоохранения. Такая встроенная интеграция устраняет необходимость в ручной интеграции наборов данных между двумя службами. Вам не нужно копировать или перемещать файлы DICOM в папки приема OneLake. Вместо этого вы можете создать ярлык OneLake для Azure Data Lake Storage Gen2 для службы DICOM Health Data Services Azure. Дополнительную информацию о настройке интеграции озера данных см. здесь:
- Управляйте данными медицинских изображений с помощью службы DICOM и Azure Data Lake Storage
- Разверните службу DICOM с помощью Azure Data Lake Storage.
Для получения дополнительной информации об этом конвейере приема данных перейдите в раздел Вариант 2: Интеграция со службой DICOM. Кроме того, вы можете загрузить файлы DICOM, хранящиеся в вашем хранилище Azure Data Lake Storage Gen2, без использования службы DICOM служб медицинских данных Azure.