Implementar e configurar a transformação de dados DICOM em soluções de dados de cuidados de saúde
A transformação de dados DICOM permite-lhe utilizar o pipeline de ingestão de dados de imagem e integrar os dados do Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM) no OneLake. Pode configurar a capacidade depois de implementar as soluções de dados de cuidados de saúde e a capacidade Infraestruturas de dados de cuidados de saúde na sua área de trabalho do Fabric.
A transformação de dados DICOM é uma capacidade opcional das soluções de dados de cuidados de saúde no Microsoft Fabric. Tem a flexibilidade de decidir se deseja ou não usá-la, dependendo das suas necessidades ou cenários específicos.
Pré-requisitos
Implementar soluções de dados de cuidados de saúde no Microsoft Fabric
Instale os blocos de notas e pipelines fundamentais em Implementar soluções de dados de cuidados de saúde.
Implemente os dados de exemplo de imagens DICOM conforme explicado em Implementar dados de exemplo.
Implante e configure o OMOP pipeline de transformações (opcional). Para obter orientações pormenorizadas, consulte:
Implementar a transformação de dados DICOM
Pode implementar a capacidade os dados de exemplo associados utilizando o módulo de configuração explicado em Soluções de dados de cuidados de saúde: implementar infraestruturas de dados de cuidados de saúde. Em alternativa, também pode implementar os dados de exemplo posteriormente utilizando os passos descritos em Implementar dados de exemplo. Esta capacidade utiliza o conjunto de dados de exemplo 340ImagingStudies.
Se não utilizou o módulo de configuração para implementar a capacidade e pretende utilizar o mosaico da capacidade, siga estes passos:
Aceda à home page das soluções de dados de cuidados de saúde no Fabric.
Selecione o mosaico da transformação de dados DICOM.
Na página da capacidade, selecione Implementar na área de trabalho.
A implementação pode demorar alguns minutos a concluir. Não feche a separador ou o browser enquanto a implementação estiver em curso. Enquanto espera, pode trabalhar noutro separador.
Após a conclusão da implementação, pode ver uma notificação na barra de mensagens.
Selecione Gerir capacidade na barra de mensagens para ir para a página Gestão de capacidades.
Aqui, pode ver, configurar e gerir os artefactos implementados com a capacidade.
Artefactos
A capacidade instala o pipeline de dados e os dois blocos de notas que se seguem no seu ambiente de soluções de dados de cuidados de saúde:
| Artefacto | Type | Descrição |
|---|---|---|
| healthcare#_msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion | Bloco de Notas | Utiliza o módulo MetadataExtractionOrchestrator na biblioteca de soluções de dados de cuidados de saúde para extrair metadados DICOM de ficheiros DCM, Os metadados são então armazenados na tabela delta ImagingDicom no bronze lakehouse. |
| healthcare#_msft_imaging_dicom_fhir_conversion | Bloco de Notas | Utiliza o módulo MetadataToFhirConvertor na biblioteca de soluções de dados de cuidados de saúde para converter os metadados DICOM na tabela delta de bronze. O processo de conversão envolve a transformação de metadados da tabela ImagingDicom no recurso FHIR ImagingStudy no formato FHIR R4.3. Os resultados são guardados como ficheiros NDJSON. |
| healthcare#_msft_imaging_with_clinical_foundation_ingestion | Pipeline de dados | Executa sequencialmente os seguintes blocos de anotações para ingerir dados clínicos FHIR NDJSON e dados DICOM de imagem em tabelas delta no lakehouse bronze e, em seguida, nivelar os dados no lakehouse: • prata msft_raw_process_movement: Orquestra o movimento do arquivo da pasta Ingest para a pasta Process e garante a presença de todos os nomes de arquivo na pasta Process . • msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion: Extrai metadados (tags DICOM) dos arquivos DICOM DCM ingeridos. • msft_imaging_dicom_fhir_conversion: Converte os metadados para a representação FHIR do ImagingStudy no formato NDJSON. • msft_fhir_ndjson_bronze_ingestion: Facilita a ingestão de dados FHIR e ImagingStudy NDJSON em tabelas delta dentro do bronze lakehouse. • msft_bronze_silver_flatten: Transforma e nivela os dados do lakehouse bronze e ingere os dados no lakehouse prateado. |
Os bloco de notas da transformação de dados DICOM são implementados com valores pré-configurados necessários para executar o pipeline de dados associado. Alguns parâmetros de configuração herdam da configuração global. Por predefinição, não é necessário fazer alterações nos ficheiros de configuração do bloco de notas. Se for necessário, pode abrir o bloco de notas e rever a configuração.
Dados de exemplo de imagem
Os dados de exemplo fornecidos com as soluções de dados de cuidados de saúde incluem os conjuntos de dados de exemplo de imagem que pode utilizar para executar o pipeline de transformação de dados DICOM. Também pode explorar a transformação e evolução dos dados através dos lakehouses de bronze, prata e ouro de medalhas. Os dados de exemplo de imagem fornecidos podem não ser clinicamente significativos, mas são tecnicamente completos e abrangentes para demonstrar as capacidades de imagem da solução. Para aceder às pastas de dados de exemplo, certifique-se de que transfere o conjunto de dados de exemplo de imagem 340ImagingStudies , conforme explicado em Implementar dados de exemplo.
Implementar a API DICOM nos Serviços de Dados de Saúde do Azure
Importante
Siga esta secção de implementação apenas se estiver a utilizar o serviço DICOM nos Serviços de Dados de Saúde do Azure.
Os Serviços de Dados de Saúde do Azure são uma solução baseada na nuvem que ajuda a recolher, armazenar e analisar dados de saúde de diferentes origens e formatos. Suporta várias normas de cuidados saúde, como DICOM. O serviço DICOM (que faz parte dos Serviços de Dados de Saúde do Azure) é uma solução baseada na nuvem que permite que as organizações de cuidados de saúde armazenem, façam a gestão e troquem dados de imagens médicas de forma segura e eficiente com qualquer sistema ou aplicação DICOM baseada na Web.
A transformação de dados DICOM em soluções de dados de cuidados de saúde tem uma integração nativa com o serviço DICOM. Se já utiliza o serviço DICOM, também pode utilizar as capacidades analíticas de imagiologia nas soluções de dados de cuidados de saúde. Esta integração nativa elimina a necessidade de integração manual de conjuntos de dados entre os dois serviços. Você não precisa copiar ou mover os arquivos DICOM para as pastas de ingestão do OneLake. Em vez disso, você pode criar um atalho OneLake para Azure Data Lake Storage Gen2 para o serviço DICOM Azure Health Data Services. Para saber mais sobre como configurar a integração do data lake, consulte:
- Gerencie dados de imagens médicas com o serviço DICOM e Azure Data Lake Storage
- Implante o serviço DICOM com Azure Data Lake Storage.
Para obter mais informações sobre esse pipeline de ingestão, vá para a Opção 2: Integração com o serviço DICOM. Como alternativa, você pode ingerir arquivos DICOM armazenados em seu Azure Data Lake Storage armazenamento Gen2 sem usar o serviço Azure Health Data Services DICOM.