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Guia de Solução de Problemas

  • Artigo

Confira algumas dicas de solução de problemas comuns que podem acontecer ao usar o serviço do MSGEN, o Microsoft Genomics.

Para ver as perguntas frequentes não relacionadas com a solução de problemas, confira Perguntas comuns.

Etapa 1: localize os códigos de erro associados com o fluxo de trabalho

É possível localizar as mensagens de erro associadas ao fluxo de trabalho destas formas:

  1. Usando a linha de comando e digitando msgen status
  2. Examinando o conteúdo de standardoutput.txt.

1. Usando a linha de comando msgen status

msgen status -u URL -k KEY -w ID

Há três argumentos necessários:

  • URL - o URI de base para a API

  • KEY – a chave de acesso à conta do Genomics

    • Para localizar URL e KEY, acesse o portal do Azure e abra a página da conta do Microsoft Genomics. No cabeçalho Gerenciamento, escolha Chaves de acesso. Lá, você encontra a URL de API e suas chaves de acesso.

  • ID - a ID do fluxo de trabalho

    • Para localizar o tipo da ID do fluxo de trabalho, digite o comando msgen list. Se o arquivo de configuração contiver a URL e as chaves de acesso e estiver na mesma localização que msgen exe, o comando será assim:

      msgen list -f "config.txt"

      A saída desse comando será assim:

          Microsoft Genomics command-line client v0.7.4
        Copyright (c) 2018 Microsoft. All rights reserved.

        Workflow List
        -------------
        Total Count  : 1

        Workflow ID     : 10001
        Status          : Completed successfully
        Message         :
        Process         : snapgatk-20180730_1
        Description     :
        Created Date    : Mon, 27 Aug 2018 20:27:24 GMT
        End Date        : Mon, 27 Aug 2018 20:55:12 GMT
        Wall Clock Time : 0h 27m 48s
        Bases Processed : 1,348,613,600 (1 GBase)

    Observação

    Outra opção é incluir o caminho para o arquivo de configuração em vez de inserir a URL e KEY diretamente. Se você incluir esses argumentos na linha de comando junto com o arquivo de configuração, os argumentos da linha de comando terão precedência.

Para o fluxo de trabalho ID 1001 e o arquivo config.txt localizado no mesmo caminho que o executável msgen, o comando será assim:

msgen status -w 1001 -f "config.txt"

2. Examine o conteúdo de standardoutput.txt

Localize o contêiner de saída do fluxo de trabalho em questão. O MSGEN cria uma pasta [workflowfilename].logs.zip após cada execução de fluxo de trabalho. Descompacte a pasta para exibir seu conteúdo:

  • outputFileList.txt - uma lista dos arquivos de saída produzida durante o fluxo de trabalho
  • standarderror.txt - este arquivo está em branco.
  • standardoutput.txt – registra todas as mensagens de status de nível superior, incluindo os erros ocorridos ao executar o fluxo de trabalho.
  • Arquivos de Log GATK - todos os outros arquivos na pasta logs

Para solucionar o problema, examine o conteúdo de standardoutput.txt e observe todas as mensagens de erro exibidas.

Esta seção descreve brevemente os erros comuns gerados pelo serviço do msgen (Microsoft Genomics) e as estratégias que você pode usar para resolvê-los.

O serviço do msgen (Microsoft Genomics) pode gerar dois tipos de erros:

  1. Erros de serviço interno: erros internos do serviço que não podem ser resolvidos corrigindo parâmetros ou arquivos de entrada. Às vezes, enviar novamente o fluxo de trabalho pode corrigir esses erros.
  2. Erros de entrada: erros que podem ser resolvidos usando os argumentos corretos ou corrigindo os formatos dos arquivos.

1. Erros de serviço interno

Um erro de serviço interno não é acionável pelo usuário. Você pode reenviar o fluxo de trabalho, mas se isso não funcionar, entre em contato com o suporte do Microsoft Genomics

Mensagem de erro Etapas de solução de problemas recomendadas
Ocorreu um erro interno. Tente enviar o fluxo de trabalho novamente. Se esse erro ocorrer novamente, entre em contato com o suporte da Microsoft Genomics para obter assistência Envie o fluxo de trabalho novamente. Contate o suporte do Microsoft Genomics para obter assistência se o problema persistir criando um tíquete de suporte.

2. Erros de entrada

Esses erros são acionáveis pelo usuário. Com base no tipo de arquivo e o código de erro, o serviço do Microsoft Genomics gera códigos de erro distintos. Siga as etapas de solução de problemas recomendadas listadas abaixo.

Tipo de arquivo Código do erro Mensagem de erro Etapas de solução de problemas recomendadas
Qualquer 701 A leitura [readId] tem [numberOfBases] bases, mas o limite é [maxReadLength] O motivo mais comum para esse erro é um arquivo corrompido, o que leva à concatenação de duas leituras. Verifique os arquivos de entrada.
BAM 200 Não é possível ler o arquivo "[yourFileName]". Verifique o formato do arquivo BAM. Envie o fluxo de trabalho novamente com um arquivo formatado corretamente.
BAM 201 Não é possível ler o arquivo BAM [File_name]. Verifique o formato do arquivo BAM. Envie o fluxo de trabalho com um arquivo formatado corretamente.
BAM 202 Não é possível ler o arquivo BAM [File_name]. Arquivo muito pequeno e cabeçalho ausente. Verifique o formato do arquivo BAM. Envie o fluxo de trabalho com um arquivo formatado corretamente.
BAM 203 Não é possível ler o arquivo BAM [File_name]. O cabeçalho do arquivo foi corrompido. Verifique o formato do arquivo BAM. Envie o fluxo de trabalho com um arquivo formatado corretamente.
BAM 204 Não é possível ler o arquivo BAM [File_name]. O cabeçalho do arquivo foi corrompido. Verifique o formato do arquivo BAM. Envie o fluxo de trabalho com um arquivo formatado corretamente.
BAM 205 Não é possível ler o arquivo BAM [File_name]. O cabeçalho do arquivo foi corrompido. Verifique o formato do arquivo BAM. Envie o fluxo de trabalho com um arquivo formatado corretamente.
BAM 206 Não é possível ler o arquivo BAM [File_name]. O cabeçalho do arquivo foi corrompido. Verifique o formato do arquivo BAM. Envie o fluxo de trabalho com um arquivo formatado corretamente.
BAM 207 Não é possível ler o arquivo BAM [File_name]. O arquivo truncado próximo ao deslocamento [offset]. Verifique o formato do arquivo BAM. Envie o fluxo de trabalho com um arquivo formatado corretamente.
BAM 208 Arquivo BAM inválido. A ReadID [Read_Id] não tem uma sequência no arquivo [File_name]. Verifique o formato do arquivo BAM. Envie o fluxo de trabalho com um arquivo formatado corretamente.
FASTQ 300 Não é possível ler o arquivo FASTQ. [File_name] não termina com uma nova linha. Corrija o formato do arquivo FASTQ e envie o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 301 Não é possível ler o arquivo FASTQ [File_name]. O registro do FASTQ é maior que o tamanho do buffer no deslocamento: [_offset] Corrija o formato do arquivo FASTQ e envie o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 302 Erro de sintaxe do FASTQ. O arquivo [File_name] tem uma linha em branco. Corrija o formato do arquivo FASTQ e envie o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 303 Erro de sintaxe do FASTQ. O arquivo [File_name] tem um caractere inicial inválido no deslocamento: [_offset], tipo de linha: [line_type], caractere: [_char] Corrija o formato do arquivo FASTQ e envie o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 304 Erro de sintaxe do FASTQ na readID [_ReadID]. Na primeira leitura do lote, a readID não termina em /1 no arquivo [File_name] Corrija o formato do arquivo FASTQ e envie o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 305 Erro de sintaxe do FASTQ na readID [_readID]. Na segunda leitura do lote, a readID não termina em /2 no arquivo [File_name] Corrija o formato do arquivo FASTQ e envie o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 306 Erro de sintaxe do FASTQ na readID [_ReadID]. A primeira leitura do par não tem uma ID que termina em /1 no arquivo [File_name] Corrija o formato do arquivo FASTQ e envie o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 307 Erro de sintaxe do FASTQ na readID [_ReadID]. ReadID não termina em /1 ou /2. O arquivo [File_name] não pode ser usado como par do arquivo FASTQ. Corrija o formato do arquivo FASTQ e envie o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 308 Erro de leitura do FASTQ. As leituras de ambas as extremidades tiveram respostas diferentes. Você escolheu os arquivos FASTQ corretos? Corrija o formato do arquivo FASTQ e envie o fluxo de trabalho novamente.

Etapa 3: entre em contato com o suporte do Microsoft Genomics

Se você continuar a ter falhas de trabalho, ou se você tiver outras dúvidas, contate o suporte do Microsoft Genomics a partir do portal do Azure. Informações adicionais sobre como enviar uma solicitação de suporte podem ser encontradas aqui.

Próximas etapas

Neste artigo, você aprendeu como solucionar problemas e resolver problemas comuns com o serviço Microsoft Genomics. Para obter mais informações e perguntas frequentes mais gerais, consulte Perguntas comuns.