Przewodnik po rozwiązywaniu problemów
Poniżej przedstawiono kilka wskazówek dotyczących rozwiązywania problemów dotyczących niektórych typowych problemów, które mogą wystąpić podczas korzystania z usługi Microsoft Genomics, MSGEN.
Aby uzyskać często zadawane pytania, niezwiązane z rozwiązywaniem problemów, zobacz Typowe pytania.
Krok 1. Lokalizowanie kodów błędów skojarzonych z przepływem pracy
Komunikaty o błędach skojarzone z przepływem pracy można znaleźć, wykonując następujące czynności:
- Używanie wiersza polecenia i wpisywanie w pliku
msgen status - Badanie zawartości standardoutput.txt.
1. Korzystanie z wiersza polecenia msgen status
msgen status -u URL -k KEY -w ID
Istnieją trzy wymagane argumenty:
URL — podstawowy identyfikator URI interfejsu API
KEY — klucz dostępu dla konta usługi Genomics
- Aby znaleźć swój adres URL i klucz, przejdź do witryny Azure Portal i otwórz stronę konta usługi Microsoft Genomics. W obszarze Zarządzanie wybierz pozycję Klucze dostępu. W tym miejscu znajdziesz zarówno adres URL interfejsu API, jak i klucze dostępu.
ID — identyfikator przepływu pracy
Aby znaleźć identyfikator przepływu pracy, wpisz polecenie
msgen list. Zakładając, że plik konfiguracji zawiera adres URL i klucze dostępu, a znajduje się w tej samej lokalizacji co plik exe msgen, polecenie będzie wyglądać następująco:msgen list -f "config.txt"Dane wyjściowe tego polecenia będą wyglądać następująco:
Microsoft Genomics command-line client v0.7.4 Copyright (c) 2018 Microsoft. All rights reserved. Workflow List ------------- Total Count : 1 Workflow ID : 10001 Status : Completed successfully Message : Process : snapgatk-20180730_1 Description : Created Date : Mon, 27 Aug 2018 20:27:24 GMT End Date : Mon, 27 Aug 2018 20:55:12 GMT Wall Clock Time : 0h 27m 48s Bases Processed : 1,348,613,600 (1 GBase)
Uwaga
Alternatywnie możesz dołączyć ścieżkę do pliku konfiguracji zamiast bezpośrednio wprowadzić adres URL i klucz. Jeśli te argumenty zostaną uwzględnione w wierszu polecenia, a także w pliku konfiguracji, argumenty wiersza polecenia będą miały pierwszeństwo.
W przypadku identyfikatora przepływu pracy 1001 i config.txt pliku umieszczonego w tej samej ścieżce co plik wykonywalny msgen, polecenie będzie wyglądać następująco:
msgen status -w 1001 -f "config.txt"
2. Badanie zawartości standardoutput.txt
Znajdź kontener wyjściowy dla danego przepływu pracy. Program MSGEN tworzy folder , [workflowfilename].logs.zip po każdym wykonaniu przepływu pracy. Rozpakuj folder, aby wyświetlić jego zawartość:
- outputFileList.txt — lista plików wyjściowych utworzonych podczas przepływu pracy
- standarderror.txt — ten plik jest pusty.
- standardoutput.txt — rejestruje wszystkie komunikaty o stanie najwyższego poziomu, w tym błędy, które wystąpiły podczas uruchamiania przepływu pracy.
- Pliki dziennika GATK — wszystkie inne pliki w folderze
logs
Aby rozwiązać problemy, sprawdź zawartość standardoutput.txt i zanotuj wszystkie wyświetlane komunikaty o błędach.
Krok 2. Spróbuj wykonać zalecane kroki w przypadku typowych błędów
W tej sekcji krótko przedstawiono typowe błędy wyjściowe usługi Microsoft Genomics (msgen) i strategie, których można użyć do ich rozwiązania.
Usługa Microsoft Genomics (msgen) może zgłaszać następujące dwa rodzaje błędów:
- Wewnętrzne błędy usługi: błędy wewnętrzne usługi, które mogą nie zostać rozwiązane przez naprawienie parametrów lub plików wejściowych. Czasami ponowne przesłanie przepływu pracy może naprawić te błędy.
- Błędy wejściowe: błędy, które można rozwiązać przy użyciu poprawnych argumentów lub naprawiania formatów plików.
1. Wewnętrzne błędy usługi
Wewnętrzny błąd usługi nie jest możliwy do działania przez użytkownika. Możesz ponownie przesłać przepływ pracy, ale jeśli tak nie działa, skontaktuj się z pomocą techniczną usługi Microsoft Genomics
| Komunikat o błędzie | Zalecane kroki rozwiązywania problemów |
|---|---|
| Wystąpił błąd wewnętrzny. Spróbuj ponownie przesłać przepływ pracy. Jeśli ten błąd zostanie wyświetlony ponownie, skontaktuj się z pomocą techniczną usługi Microsoft Genomics, aby uzyskać pomoc | Prześlij ponownie przepływ pracy. Skontaktuj się z pomocą techniczną usługi Microsoft Genomics, aby uzyskać pomoc, jeśli problem będzie się powtarzać, tworząc bilet pomocy technicznej. |
2. Błędy wejściowe
Te błędy są możliwe do działania przez użytkownika. Na podstawie typu pliku i kodu błędu usługa Microsoft Genomics generuje różne kody błędów. Wykonaj zalecane kroki rozwiązywania problemów wymienione poniżej.
| Typ pliku | Kod błędu | Komunikat o błędzie | Zalecane kroki rozwiązywania problemów |
|---|---|---|---|
| Dowolne | 701 | Read [readId] ma bazy [numberOfBases], ale limit wynosi [maxReadLength] | Najczęstszą przyczyną tego błędu jest uszkodzenie pliku prowadzące do łączenia dwóch odczytów. Sprawdź pliki wejściowe. |
| BAM | 200 | Nie można odczytać pliku "[yourFileName]". | Sprawdź format pliku BAM. Prześlij ponownie przepływ pracy z poprawnie sformatowanym plikiem. |
| BAM | 201 | Nie można odczytać pliku BAM [File_name]. | Sprawdź format pliku BAM. Prześlij przepływ pracy z poprawnie sformatowanym plikiem. |
| BAM | 202 | Nie można odczytać pliku BAM [File_name]. Plik jest za mały i brakuje nagłówka. | Sprawdź format pliku BAM. Prześlij przepływ pracy z poprawnie sformatowanym plikiem. |
| BAM | 203 | Nie można odczytać pliku BAM [File_name]. Nagłówek pliku był uszkodzony. | Sprawdź format pliku BAM. Prześlij przepływ pracy z poprawnie sformatowanym plikiem. |
| BAM | 204 | Nie można odczytać pliku BAM [File_name]. Nagłówek pliku był uszkodzony. | Sprawdź format pliku BAM. Prześlij przepływ pracy z poprawnie sformatowanym plikiem. |
| BAM | 205 | Nie można odczytać pliku BAM [File_name]. Nagłówek pliku był uszkodzony. | Sprawdź format pliku BAM. Prześlij przepływ pracy z poprawnie sformatowanym plikiem. |
| BAM | 206 | Nie można odczytać pliku BAM [File_name]. Nagłówek pliku był uszkodzony. | Sprawdź format pliku BAM. Prześlij przepływ pracy z poprawnie sformatowanym plikiem. |
| BAM | 207 | Nie można odczytać pliku BAM [File_name]. Plik obcięty w pobliżu przesunięcia [przesunięcie]. | Sprawdź format pliku BAM. Prześlij przepływ pracy z poprawnie sformatowanym plikiem. |
| BAM | 208 | Nieprawidłowy plik BAM. Identyfikator ReadID [Read_Id] nie ma sekwencji w pliku [File_name]. | Sprawdź format pliku BAM. Prześlij przepływ pracy z poprawnie sformatowanym plikiem. |
| FASTQ | 300 | Nie można odczytać pliku FASTQ. [File_name] nie kończy się nową linią. | Popraw format pliku FASTQ i ponownie prześlij przepływ pracy. |
| FASTQ | 301 | Nie można odczytać pliku FASTQ [File_name]. Rekord FASTQ jest większy niż rozmiar buforu z przesunięciem: [_offset] | Popraw format pliku FASTQ i ponownie prześlij przepływ pracy. |
| FASTQ | 302 | Błąd składni FASTQ. Plik [File_name] ma pusty wiersz. | Popraw format pliku FASTQ i ponownie prześlij przepływ pracy. |
| FASTQ | 303 | Błąd składni FASTQ. Plik[File_name] ma nieprawidłowy znak początkowy z przesunięciem: [_offset], typ wiersza: [line_type], znak: [_char] | Popraw format pliku FASTQ i ponownie prześlij przepływ pracy. |
| FASTQ | 304 | Błąd składni FASTQ o identyfikatorze readID [_ReadID]. Pierwszy odczyt partii nie ma identyfikatora readID kończącego się na /1 w pliku [File_name] | Popraw format pliku FASTQ i ponownie prześlij przepływ pracy. |
| FASTQ | 305 | Błąd składni FASTQ o identyfikatorze readID [_readID]. Drugi odczyt partii nie zawiera identyfikatora readID kończącego się na /2 w pliku [File_name] | Popraw format pliku FASTQ i ponownie prześlij przepływ pracy. |
| FASTQ | 306 | Błąd składni FASTQ o identyfikatorze readID [_ReadID]. Pierwszy odczyt pary nie ma identyfikatora kończącego się na /1 w pliku [File_name] | Popraw format pliku FASTQ i ponownie prześlij przepływ pracy. |
| FASTQ | 307 | Błąd składni FASTQ o identyfikatorze readID [_ReadID]. Identyfikator ReadID nie kończy się na /1 lub/2. Nie można użyć pliku [File_name] jako sparowanego pliku FASTQ. | Popraw format pliku FASTQ i ponownie prześlij przepływ pracy. |
| FASTQ | 308 | Błąd odczytu FASTQ. Odczyty obu końców odpowiedziały inaczej. Czy wybrano poprawne pliki FASTQ? | Popraw format pliku FASTQ i ponownie prześlij przepływ pracy. |
Krok 3. Skontaktuj się z pomocą techniczną usługi Microsoft Genomics
Jeśli nadal występują błędy zadań lub masz inne pytania, skontaktuj się z pomocą techniczną usługi Microsoft Genomics w witrynie Azure Portal. Dodatkowe informacje na temat przesyłania wniosku o pomoc techniczną można znaleźć tutaj.
Następne kroki
W tym artykule przedstawiono sposób rozwiązywania typowych problemów z usługą Microsoft Genomics. Aby uzyskać więcej informacji i więcej ogólnych często zadawanych pytań, zobacz Typowe pytania.