Delen via

Guide voor probleemoplossing

  • Artikel

Hier volgen enkele tips voor probleemoplossing voor enkele veelvoorkomende problemen die u kunt ondervinden bij het gebruik van de Microsoft Genomics-service, MSGEN.

Zie Veelgestelde vragen voor veelgestelde vragen, niet gerelateerd aan het oplossen van problemen.

Stap 1: Foutcodes zoeken die zijn gekoppeld aan de werkstroom

U kunt de foutberichten vinden die zijn gekoppeld aan de werkstroom door:

  1. De opdrachtregel gebruiken en typen msgen status
  2. De inhoud van standardoutput.txt bekijken.

1. De opdrachtregel gebruiken msgen status

msgen status -u URL -k KEY -w ID

Er zijn drie vereiste argumenten:

  • URL: de basis-URI voor de API

  • KEY : de toegangssleutel voor uw Genomics-account

    • Als u uw URL en SLEUTEL wilt vinden, gaat u naar Azure Portal en opent u de pagina van uw Microsoft Genomics-account. Kies toegangssleutels onder de kop Beheer. Daar vindt u zowel de API-URL als uw toegangssleutels.

  • Id - de werkstroom-id

    • Voer de opdracht in om uw werkstroom-id te msgen list vinden. Ervan uitgaande dat uw configuratiebestand de URL en uw toegangssleutels bevat en zich op dezelfde locatie bevindt als uw msgen exe, ziet de opdracht er als volgt uit:

      msgen list -f "config.txt"

      Uitvoer van deze opdracht ziet er als volgt uit:

          Microsoft Genomics command-line client v0.7.4
        Copyright (c) 2018 Microsoft. All rights reserved.

        Workflow List
        -------------
        Total Count  : 1

        Workflow ID     : 10001
        Status          : Completed successfully
        Message         :
        Process         : snapgatk-20180730_1
        Description     :
        Created Date    : Mon, 27 Aug 2018 20:27:24 GMT
        End Date        : Mon, 27 Aug 2018 20:55:12 GMT
        Wall Clock Time : 0h 27m 48s
        Bases Processed : 1,348,613,600 (1 GBase)

    Notitie

    U kunt ook het pad naar het configuratiebestand opnemen in plaats van de URL en SLEUTEL rechtstreeks in te voeren. Als u deze argumenten opneemt in de opdrachtregel en het configuratiebestand, hebben de opdrachtregelargumenten voorrang.

Voor werkstroom-id 1001 en config.txt bestand dat is geplaatst in hetzelfde pad als het uitvoerbare bestand msgen, ziet de opdracht er als volgt uit:

msgen status -w 1001 -f "config.txt"

2. Bekijk de inhoud van standardoutput.txt

Zoek de uitvoercontainer voor de betreffende werkstroom. MSGEN maakt een map [workflowfilename].logs.zip na elke uitvoering van de werkstroom. Pak de map uit om de inhoud ervan weer te geven:

  • outputFileList.txt - een lijst met de uitvoerbestanden die tijdens de werkstroom worden geproduceerd
  • standarderror.txt : dit bestand is leeg.
  • standardoutput.txt : registreert alle statusberichten op het hoogste niveau, inclusief fouten, die zijn opgetreden tijdens het uitvoeren van de werkstroom.
  • GATK-logboekbestanden - alle andere bestanden in de logs map

Bekijk voor het oplossen van problemen de inhoud van standardoutput.txt en noteer eventuele foutberichten die worden weergegeven.

In deze sectie worden veelvoorkomende fouten van de Microsoft Genomics-service (msgen) en de strategieën beschreven die u kunt gebruiken om deze op te lossen.

De Microsoft Genomics-service (msgen) kan de volgende twee soorten fouten veroorzaken:

  1. Interne servicefouten: fouten die intern zijn voor de service, die mogelijk niet worden opgelost door parameters of invoerbestanden op te lossen. Soms kan het opnieuw indienen van de werkstroom deze fouten oplossen.
  2. Invoerfouten: fouten die kunnen worden opgelost met behulp van de juiste argumenten of het herstellen van bestandsindelingen.

1. Interne servicefouten

Een interne servicefout kan niet door de gebruiker worden uitgevoerd. U kunt de werkstroom opnieuw indienen, maar als dat niet werkt, neemt u contact op met de ondersteuning van Microsoft Genomics

Foutmelding Aanbevolen stappen voor probleemoplossing
Er is een interne fout opgetreden. Probeer de werkstroom opnieuw in te dienen. Als u deze fout opnieuw ziet, neemt u contact op met de ondersteuning van Microsoft Genomics voor hulp Verzend de werkstroom opnieuw. Neem contact op met de ondersteuning van Microsoft Genomics voor hulp als het probleem zich blijft voordoen door een ondersteuningsticket te maken.

2. Invoerfouten

Deze fouten kunnen door de gebruiker worden uitgevoerd. Op basis van het type bestand en foutcode voert de Microsoft Genomics-service afzonderlijke foutcodes uit. Volg de aanbevolen stappen voor probleemoplossing die hieronder worden vermeld.

Type bestand Foutcode Foutmelding Aanbevolen stappen voor probleemoplossing
Alle 701 Read [readId] heeft [numberOfBases] bases, maar de limiet is [maxReadLength] De meest voorkomende reden voor deze fout is bestandsbeschadiging die leidt tot het samenvoegen van twee leesbewerkingen. Controleer uw invoerbestanden.
BAM 200 Kan bestand [yourFileName] niet lezen. Controleer de indeling van het BAM-bestand. Verzend de werkstroom opnieuw met een correct opgemaakt bestand.
BAM 201 KAN BAM-bestand [File_name] niet lezen. Controleer de indeling van het BAM-bestand. Verzend de werkstroom met een correct opgemaakt bestand.
BAM 202 KAN BAM-bestand [File_name] niet lezen. Bestand te klein en ontbrekende header. Controleer de indeling van het BAM-bestand. Verzend de werkstroom met een correct opgemaakt bestand.
BAM 203 KAN BAM-bestand [File_name] niet lezen. De header van het bestand is beschadigd. Controleer de indeling van het BAM-bestand. Verzend de werkstroom met een correct opgemaakt bestand.
BAM 204 KAN BAM-bestand [File_name] niet lezen. De header van het bestand is beschadigd. Controleer de indeling van het BAM-bestand. Verzend de werkstroom met een correct opgemaakt bestand.
BAM 205 KAN BAM-bestand [File_name] niet lezen. De header van het bestand is beschadigd. Controleer de indeling van het BAM-bestand. Verzend de werkstroom met een correct opgemaakt bestand.
BAM 206 KAN BAM-bestand [File_name] niet lezen. De header van het bestand is beschadigd. Controleer de indeling van het BAM-bestand. Verzend de werkstroom met een correct opgemaakt bestand.
BAM 207 KAN BAM-bestand [File_name] niet lezen. Bestand afgekapt bij verschuiving [offset]. Controleer de indeling van het BAM-bestand. Verzend de werkstroom met een correct opgemaakt bestand.
BAM 208 Ongeldig BAM-bestand. De ReadID [Read_Id] heeft geen reeks in het bestand [File_name]. Controleer de indeling van het BAM-bestand. Verzend de werkstroom met een correct opgemaakt bestand.
FASTQ 300 Het FASTQ-bestand kan niet worden gelezen. [File_name] eindigt niet met een nieuwe regel. Corrigeer de indeling van het FASTQ-bestand en verzend de werkstroom opnieuw.
FASTQ 301 KAN FASTQ-bestand niet lezen [File_name]. FASTQ-record is groter dan buffergrootte bij verschuiving: [_offset] Corrigeer de indeling van het FASTQ-bestand en verzend de werkstroom opnieuw.
FASTQ 302 FASTQ-syntaxisfout. Bestand [File_name] heeft een lege regel. Corrigeer de indeling van het FASTQ-bestand en verzend de werkstroom opnieuw.
FASTQ 303 FASTQ-syntaxisfout. File[File_name] heeft een ongeldig beginteken bij verschuiving: [_offset], regeltype: [line_type], teken: [_char] Corrigeer de indeling van het FASTQ-bestand en verzend de werkstroom opnieuw.
FASTQ 304 FASTQ-syntaxisfout bij readID [_ReadID]. Eerste leesbewerking van batch heeft geen lees-id die eindigt op /1 in bestand [File_name] Corrigeer de indeling van het FASTQ-bestand en verzend de werkstroom opnieuw.
FASTQ 305 FASTQ-syntaxisfout bij readID [_readID]. Tweede leesbewerking van batch heeft geen lees-id die eindigt op /2 in bestand [File_name] Corrigeer de indeling van het FASTQ-bestand en verzend de werkstroom opnieuw.
FASTQ 306 FASTQ-syntaxisfout bij readID [_ReadID]. Eerste leesbewerking van paar heeft geen id die eindigt op /1 in bestand [File_name] Corrigeer de indeling van het FASTQ-bestand en verzend de werkstroom opnieuw.
FASTQ 307 FASTQ-syntaxisfout bij readID [_ReadID]. ReadID eindigt niet op /1 of/2. Het bestand [File_name] kan niet worden gebruikt als een gekoppeld FASTQ-bestand. Corrigeer de indeling van het FASTQ-bestand en verzend de werkstroom opnieuw.
FASTQ 308 FASTQ-leesfout. Leesbewerkingen van beide uiteinden hebben anders gereageerd. Hebt u de juiste FASTQ-bestanden gekozen? Corrigeer de indeling van het FASTQ-bestand en verzend de werkstroom opnieuw.

Stap 3: Neem contact op met de ondersteuning van Microsoft Genomics

Als u nog steeds taakfouten hebt of als u andere vragen hebt, neemt u contact op met de ondersteuning van Microsoft Genomics vanuit Azure Portal. Meer informatie over het indienen van een ondersteuningsaanvraag vindt u hier.

Volgende stappen

In dit artikel hebt u geleerd hoe u veelvoorkomende problemen met de Microsoft Genomics-service kunt oplossen en oplossen. Zie Veelgestelde vragen voor meer informatie en meer algemene veelgestelde vragen.