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Usar los cuadernos de ejemplo de transformaciones de OMOP en soluciones de datos de atención sanitaria

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Nota

Este contenido se está actualizando actualmente.

En esta sección se muestran dos escenarios de muestra de Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP). Estos escenarios reflejan investigaciones de investigación clínica comunes realizadas por la comunidad de OMOP con respecto a la exposición a medicamentos primarios y secundarios en poblaciones de pacientes. Desde una perspectiva de tiempo de creación de valor, demuestra la rapidez con la que puede visualizar los resultados analíticos dentro de su área de trabajo de Fabric. Puede lograr esta visualización ejecutando los cuadernos de ejemplo después de que las canalizaciones de datos rellenen los datos clínicos de Recursos Rápidos de Interoperabilidad en Salud (FHIR) en los almacenes de lago plata y oro, respectivamente.

Requisitos previos

Antes de ejecutar los cuadernos de ejemplo healthcare#_msft_omop_drug_exposure_era_sample y healthcare#_msft_omop_drug_exposure_insights_sample, asegúrese de que cumple los siguientes requisitos:

Escenario de ejemplo

Los escenarios de ejemplo tienen como objetivo identificar cohortes de pacientes estratificadas por género y edad que están expuestos a un fármaco secundario durante un período determinado mientras toman el mismo fármaco primario. El proceso incluye los siguientes pasos:

  • Estratificar la población de pacientes por género y edad.

  • Identificar el fármaco (por ejemplo, insulina isófona, humana 70 U/mL/insulina regular humana 30 U/mL) que toma la población de pacientes durante un período de un año, al menos una vez.

    Si no hay suficientes datos, considere un período de cinco años en su lugar.

  • Identifique otro fármaco (el segundo) al que esté expuesta la misma población de pacientes durante el mismo período.

  • Trace la distribución de la exposición a fármacos secundarios a través de los estratos de género.

  • Genere los registros y visualice la distribución como un trazado de histograma.

Propina

Los escenarios de ejemplo hacen referencia a los scripts de ejemplo de eras de fármacos de OHDSI y las consultas de exposición a fármacos de OMOP. Puede revisar estos recursos para obtener más información sobre ejemplos similares publicados por la comunidad de OMOP.

Entradas de ejecución de cuaderno de ejemplo

El objetivo principal del diseño de desarrollo es generar los registros de la era de fármacos, representados por la tabla derivada estandarizada de OMOP drug_era. Esta tabla almacena las eras de fármacos calculadas, que contienen información agregada sobre las exposiciones a fármacos agrupadas por persona, ingrediente de fármacos y ventana de persistencia. Representa períodos continuos de supuesta exposición a un ingrediente activo específico, distintos de los registros individuales de exposición a fármacos.

La tabla contiene las siguientes columnas.

  • drug_era_id: Identificador único para cada era de fármacos.

  • person_id: Clave externa que hace referencia a la persona expuesta al fármaco, con detalles demográficos en la tabla Persona.

  • drug_concept_id: Clave externa que se refiere a un identificador de concepto estandarizado para el ingrediente activo.

  • drug_era_start_date: Fecha de inicio de la era de fármacos, derivada de la primera exposición a fármacos.

  • drug_era_end_date: Fecha de finalización de la era de fármacos, basada en la última exposición a fármacos.

  • drug_exposure_count: Número total de exposiciones a fármacos durante la era de fármacos.

  • gap_days: Número de días no cubiertos por los registros de exposición a fármacos que contribuyeron a la era de fármacos.

Para generar los registros de la era de fármacos, utilizamos las siguientes tablas clínicas estandarizadas de OMOP:

  • Exposición a fármacos: Esta tabla contiene los datos de exposición a fármacos, incluyendo drug_exposure_id, person_id, drug_concept_id, drug_exposure_start_date, drug_exposure_end_date y days_supply.

  • Concepto Ancestro: Esta tabla almacena las relaciones jerárquicas entre los conceptos en varios vocabularios, como RxNorm. Incluye el ancestor_concept_id (una referencia a un concepto de nivel superior) y el descendant_concept_id (una referencia a un concepto de nivel inferior), que representan las conexiones de conceptos más amplios a más estrechos.

  • Concepto: Esta tabla contiene los datos de concepto, incluidos concept_id, concept_name, domain_id, vocabulary_id y concept_class_id.

Parámetros de entrada de ejemplo

  • primary_drug = 1596977 - insulin
  • secondary_drug = 1308216 - lisinopril
  • year = 2022

Salidas de cuadernos de ejemplo

Al ejecutar los dos cuadernos de ejemplo, se genera un histograma con una distribución de la exposición a fármacos secundarios en los estratos de género y edad de la población de pacientes identificada durante un período específico a partir de la tabla de OMOP derivada omop.drug_era. En este ejemplo, consideramos un período de un año.

Imagen que muestra un histograma de exposición a fármacos de ejemplo.

Puede utilizar la distribución para analizar los siguientes aspectos:

  • Impacto de la exposición por género y edad.
  • Distribución de la mediana de la población afectada.
  • Estadística descriptiva para describir las características de la población.

Aspectos que debe recordar

  • Para probar sus escenarios personalizados, realice una copia de los cuadernos de ejemplo. No actualice los cuadernos directamente.

  • El cuaderno de visualización utiliza los siguientes parámetros que puede configurar para ejecutar diferentes análisis:

    • primary_drug: El fármaco principal que se analizará.
    • secondary_drug: El fármaco secundario que se analizará.
    • year: El año para el que debe realizarse el análisis.

  • Al ejecutar el cuaderno de la era de la exposición a fármacos varias veces, primero se eliminan todos los registros de drug_era de OMOP existentes y, a continuación, se vuelven a crear los registros en función de los datos más recientes de OMOP.