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Usar las transformaciones de OMOP en soluciones de datos de atención sanitaria

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Nota

Este contenido se está actualizando actualmente.

La capacidad de transformaciones de OMOP en las soluciones de datos de atención sanitaria prepara datos para análisis estandarizados a través de los estándares comunitarios abiertos de la Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP). Para obtener más información sobre la capacidad y comprender cómo implementarla y configurarla, consulte:

Las transformaciones de OMOP son una capacidad opcional con soluciones de datos de atención sanitaria en Microsoft Fabric.

Requisitos previos

Antes de ejecutar la canalización de transformaciones de OMOP, asegúrese de completar los siguientes pasos:

Servicio de ingesta de OMOP

Al ejecutar la canalización de datos del servicio de ingesta de OMOP, se crean resultados de la tabla delta que se pueden ver mediante puntos de conexión SQL.

Salidas de tabla delta de CDM de OMOP

En esta sección se describen los resultados de la tabla delta del modelo de datos común (CDM) de OMOP que puede esperar de la ejecución del servicio.

  • El servicio transforma tanto los datos aplanados de Recursos Rápidos de Interoperabilidad en Salud (FHIR) como la extracción de FHIR DocumentReference (notas clínicas no estructuradas) que persistieron en el almacén de lago plata. Los datos transformados se escriben como tablas delta de OMOP en Azure Data Lake.

  • El servicio opcional Text Analytics for Health admite la extracción del resultado del procesamiento del lenguaje natural (NLP) del contenido de DocumentReference para asignarlo a la tabla NOTE_NLP de OMOP. Para obtener más información sobre este servicio, consulte Enriquecimiento de notas clínicas sin estructurar: transformación de OMOP.

  • El servicio transforma los datos de referencia del sistema de códigos FHIR, los códigos y los codeable concepts en conceptos de OMOP que usan las tablas de vocabulario de OMOP.

  • El almacenamiento de datos OMOP en el formato delta abierto mantiene el historial de actualizaciones, permite el viaje en el tiempo y proporciona rendimiento de consultas en el filtrado mediante la recuperación del valor más reciente de last_updated_date en un registro.

Consulta de ejemplo

Puede ejecutar la siguiente consulta de ejemplo para ver todas las actualizaciones realizadas en el person_id seleccionado. La consulta debe recuperar las 10 filas superiores (o menos) de la tabla Person que se actualizó durante un período. Ajuste la consulta según el nombre del omop_database_name oro en su entorno. Recuerde también reemplazar o actualizar el parámetro person.id con un valor válido disponible en el conjunto de datos transformado de plata a oro.

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

Asignación de FHIR a OMOP

Las asignaciones iniciales de FHIR a OMOP se basan en la orientación de HL7 International de la siguiente manera:

Recurso de dominio FHIR OMOP Table Notas
paciente Persona
Organización CARE_SITE
condición CONDITION_OCCURRENCE
Paciente Muerte Si patient.deceased está rellenado
Procedimiento DEVICE_EXPOSURE Si procedure.focaldevice no es nulo
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
dirección Ubicación patient.address y organization.address
Observación Medida Si observation.category es laboratorio
Documentreference NOTA
Documentreference NOTE_NLP La salida de Text Analytics for Health de la nota sin estructurar documentreference
Observación OBSERVATION Si observation.category no es laboratorio
Procedimiento PROCEDURE_OCCURRENCE Si procedure.focaldevice es nulo
Médico Proveedor
Consulta o examen VISIT_OCCURRENCE

Referencias de la comunidad de OMOP