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使用相同範例中的多個輸入來提交工作流程

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本文示範如何在您的輸入檔案是來自相同範例的多個 FASTQ 或 BAM 檔案時，將工作流程提交至 Microsoft Genomics 服務。 例如，如果您已在排序器上的多個通道中執行相同範例，則排序器可能會為每個通道輸出一組 FASTQ 檔案。 比起在校對和識別變體之前串連 FASTQ 檔案，您可以直接將這些輸入全部提交到 msgen 用戶端。 msgen 用戶端的輸出會是一組檔案，包括 .bam、.bai 和 .vcf 檔案。

不過，請記住，您無法在相同的提交中將 FASTQ 和 BAM 檔案混合。 此外，您無法提交多個個體的 FASTQ 或 BAM 檔案。

本文假設您已安裝並執行 msgen 用戶端，且熟悉如何使用 Azure 儲存體。 如果您已使用提供的範例資料成功地提交工作流程，即準備好繼續進行本文。

多個 BAM 檔案

將您的輸入檔案上傳至 Azure 儲存體

假設您以多個 BAM 檔案作為輸入，reads.bam、additional_reads.bam 和 yet_more_reads.bam，且您已它們上傳至 Azure 中的儲存體帳戶 myaccount。 您具有 API URL 以及存取金鑰。 您需要 https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs 中的輸出。

將作業提交至 msgen 用戶端

您可以提交多個 BAM 檔案，方法是將其所有的名稱都傳遞給 --input-blob-name-1 引數。 請注意，所有檔案都必須來自相同的範例，但其順序並不重要。 下一節會詳細說明在 Windows 中、Unix 中及使用設定檔從命令列執行的範例提交。 為了清楚起見，已新增分行符號：

若為 Windows：

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

若為 Unix

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

如果您偏好使用設定檔，以下是它可能包含的內容：

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

使用這個引動過程來提交 config.txt 檔案：msgen submit -f config.txt

多個配對的 FASTQ 檔案

將您的輸入檔案上傳至 Azure 儲存體

假設您以多個配對的 FASTQ 檔案作為輸入，reads_1.fq.gz 與 reads_2.fq.gz、additional_reads_1.fq.gz 與 additional_reads_2.fq.gz 以及 yet_more_reads_1.fq.gz 與 yet_more_reads_2.fq.gz。 您已將它們上傳至 Azure 中的儲存體帳戶 myaccount，且您有 API URL 和存取金鑰。 您需要 https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs 中的輸出。

將作業提交至 msgen 用戶端

配對的 FASTQ 檔案不只必須來自相同的範例，還需要一起進行處理。 作為引數傳遞至 --input-blob-name-1 和 --input-blob-name-2 時，檔案名稱的順序很重要。

下一節會詳細說明在 Windows 中、Unix 中及使用設定檔從命令列執行的範例提交。 為了清楚起見，已新增分行符號：

若為 Windows：

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads_1.fastq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz ^
  --input-blob-name-2 reads_2.fastq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

若為 Unix：

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads_1.fastq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz \
  --input-blob-name-2 reads_2.fastq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

如果您偏好使用設定檔，以下是它可能包含的內容：

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads_1.fq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz
input_blob_name_2:                reads_2.fq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

使用這個引動過程來提交 config.txt 檔案：msgen submit -f config.txt

下一步

在本文中，您已將多個 BAM 檔案或配對的 FASTQ 檔案上傳到 Azure 儲存體，並已透過 msgen Python 用戶端將工作流程提交至 Microsoft Genomics 服務。 如需有關工作流程提交以及可與 Microsoft Genomics 服務搭配使用之其他命令的詳細資訊，請參閱常見問題集。