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使用 Microsoft 基因组学中的 FASTQ 文件输入提交工作流

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本文演示了在输入文件为一对 FASTQ 文件的情况下，如何将工作流提交到 Microsoft 基因组学服务。 本主题假设你已安装并运行 msgen 客户端，且熟悉如何使用 Azure 存储。 如果你已成功使用所提供的示例数据提交工作流，即可开始学习本教程。

设置：将 FASTQ 文件上传到 Azure 存储

假设你有两个文件：reads_1.fq.gz 和 reads_2.fq.gz 并已将其上传到 Azure 中的存储帐户 myaccount，其形式为 https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads_1.fq.gz 和 https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads_2.fq.gz。 你有 API URL 和访问密钥。 你希望将输出置于 https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs 中。

将作业提交到 msgen 客户端

下面是需提供给 msgen 客户端的最小参数集；为清楚起见，添加了换行符：

对于 Windows：

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads_1.fq.gz ^
  --input-blob-name-2 reads_2.fq.gz ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

对于 Unix：

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads_1.fq.gz \
  --input-blob-name-2 reads_2.fq.gz \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

如果愿意使用配置文件，可以参考以下示例，其中包含：

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads_1.fq.gz
input_blob_name_2:                reads_2.fq.gz
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

提交 config.txt 文件时可以使用此调用：msgen submit -f config.txt

后续步骤

本文介绍了如何将一对 FASTQ 文件上传到 Azure 存储中，以及如何通过 msgen Python 客户端将工作流提交到 Microsoft 基因组学服务。 若要详细了解工作流提交以及其他可以与 Microsoft 基因组学服务配合使用的命令，请参阅常见问题解答。