Azure Databricks 上的 Shiny

项目
10/07/2024

Shiny 是 CRAN 上提供的 R 包，用于生成交互式 R 应用程序和仪表板。可以在 Azure Databricks 集群上托管的 RStudio 服务器中使用 Shiny。也可直接从 Azure Databricks 笔记本开发、托管和共享 Shiny 应用程序。

若要开始使用 Shiny，请参阅 Shiny 教程。可以在 Azure Databricks 笔记本上运行这些教程。

本文介绍如何在 Azure Databricks 上运行 Shiny 应用程序以及如何在 Shiny 应用程序中使用 Apache Spark。

R 笔记本中的 Shiny

开始使用 R 笔记本中的 Shiny

Databricks Runtime 随附了 Shiny 包。可以像在托管的 RStudio 中那样，在 Azure Databricks R 笔记本中以交互方式开发和测试 Shiny 应用程序。

执行以下步骤以便开始：

创建 R 笔记本。
导入 Shiny 包并按以下方式运行示例应用 01_hello：
```
  library(shiny)
  runExample("01_hello")
```
应用准备就绪后，输出将包含可单击链接形式的 Shiny 应用 URL，单击该链接可打开新的选项卡。若要与其他用户共享此应用，请参阅共享 Shiny 应用 URL。

注意

日志消息将显示在命令结果中，类似于示例中显示的默认日志消息 (Listening on http://0.0.0.0:5150)。
若要停止 Shiny 应用程序，请单击“取消”。
Shiny 应用程序使用笔记本 R 进程。如果从群集中分离笔记本或者如果取消正在运行应用程序的单元，则 Shiny 应用程序将会终止。当 Shiny 应用程序正在运行时，无法运行其他单元。

从 Databricks Git 文件夹运行 Shiny 应用

可以运行已签入 Databricks Git 文件夹的 Shiny 应用。

克隆远程 Git 存储库。
运行应用程序。
```
library(shiny)
runApp("006-tabsets")
```

从文件运行 Shiny 应用

如果 Shiny 应用程序代码是由版本控制系统管理的项目的一部分，则你可以在笔记本中运行这些代码。

注意

必须使用绝对路径，或使用 setwd() 设置工作目录。

使用如下所示的代码从存储库签出代码：

  %sh git clone https://github.com/rstudio/shiny-examples.git
  cloning into 'shiny-examples'...

若要运行该应用程序，请在另一个单元中输入如下所示的代码：
```
library(shiny)
runApp("/databricks/driver/shiny-examples/007-widgets/")
```

启动应用时生成的 Shiny 应用 URL 可与其他用户共享。只要应用和群集都在运行，在群集上拥有“可附加到”权限的任何 Azure Databricks 用户都可以查看应用并与之交互。

如果运行该应用的群集已终止，则该应用不再可访问。可以在群集设置中禁用自动终止。

如果你在其他群集上附加并运行托管 Shiny 应用的笔记本，则 Shiny URL 将会更改。此外，如果你在同一群集上重启应用，Shiny 可能会选择其他随机端口。为确保 URL 稳定，可以设置 shiny.port 选项，或者，在同一群集上重启应用时可以指定 port 参数。

托管 RStudio 服务器上的 Shiny

要求

Azure Databricks 上的 RStudio。

重要

使用 RStudio Server Pro 时，必须禁用代理身份验证。确保 /etc/rstudio/rserver.conf 中没有 auth-proxy=1。

开始使用托管的 RStudio Server 上的 Shiny

在 Azure Databricks 上打开 RStudio。
在 RStudio 中，导入 Shiny 包并按以下方式运行示例应用 01_hello：
```
> library(shiny)
> runExample("01_hello")

Listening on http://127.0.0.1:3203
```
将会显示一个新窗口，并显示 Shiny 应用程序。

通过 R 脚本运行 Shiny 应用

若要通过 R 脚本运行 Shiny 应用，请在 RStudio 编辑器中打开 R 脚本，然后点击右上角的“运行应用”按钮。

Shiny 运行应用

在 Shiny 应用内部使用 Apache Spark

可以通过 SparkR 或 sparklyr 在 Shiny 应用程序中使用 Apache Spark。

在笔记本中将 SparkR 与 Shiny 配合使用

library(shiny)
library(SparkR)
sparkR.session()

ui <- fluidPage(
  mainPanel(
    textOutput("value")
  )
)

server <- function(input, output) {
  output$value <- renderText({ nrow(createDataFrame(iris)) })
}

shinyApp(ui = ui, server = server)

在笔记本中将 sparklyr 与 Shiny 配合使用

library(shiny)
library(sparklyr)

sc <- spark_connect(method = "databricks")

ui <- fluidPage(
  mainPanel(
    textOutput("value")
  )
)

server <- function(input, output) {
  output$value <- renderText({
    df <- sdf_len(sc, 5, repartition = 1) %>%
      spark_apply(function(e) sum(e)) %>%
      collect()
    df$result
  })
}

shinyApp(ui = ui, server = server)

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(shiny)
library(sparklyr)

sc <- spark_connect(method = "databricks")
diamonds_tbl <- spark_read_csv(sc, path = "/databricks-datasets/Rdatasets/data-001/csv/ggplot2/diamonds.csv")

# Define the UI
ui <- fluidPage(
  sliderInput("carat", "Select Carat Range:",
              min = 0, max = 5, value = c(0, 5), step = 0.01),
  plotOutput('plot')
)

# Define the server code
server <- function(input, output) {
  output$plot <- renderPlot({
    # Select diamonds in carat range
    df <- diamonds_tbl %>%
      dplyr::select("carat", "price") %>%
      dplyr::filter(carat >= !!input$carat[[1]], carat <= !!input$carat[[2]])

    # Scatter plot with smoothed means
    ggplot(df, aes(carat, price)) +
      geom_point(alpha = 1/2) +
      geom_smooth() +
      scale_size_area(max_size = 2) +
      ggtitle("Price vs. Carat")
  })
}

# Return a Shiny app object
shinyApp(ui = ui, server = server)

SparkSpark Shiny 应用

常见问题 (FAQ)

为什么我的 Shiny 应用会在一段时间后“灰显”？
为什么我的 Shiny 查看器窗口会在一段时间后消失？
为何长 Spark 作业从不会返回？
如何避免超时？
我的应用启动后立即崩溃，但代码似乎是正确的。这是怎么回事？
在开发过程中，一个 Shiny 应用链接可以接受多少个连接？
可以使用与 Databricks Runtime 中安装的版本不同的 Shiny 包吗？
如何开发可以发布到 Shiny 服务器的 Shiny 应用并访问 Azure Databricks 上的数据？
可以在 Azure Databricks 笔记本中开发 Shiny 应用程序吗？
如何保存在托管的 RStudio Server 上开发的 Shiny 应用程序？

为什么我的 Shiny 应用会在一段时间后“灰显”？

如果没有与 Shiny 应用交互，则大约 4 分钟后将关闭与该应用的连接。

要重新连接，请刷新 Shiny 应用页面。仪表板状态重置。

为什么我的 Shiny 查看器窗口会在一段时间后消失？

如果 Shiny 查看器窗口在空闲几分钟后消失，这是由于与“灰显”场景相同的超时造成的。

为什么长 Spark 作业总是不会返回？

这也是由于空闲超时。运行时间超过前面提到的超时时间的任何 Spark 作业都无法呈现其结果，因为连接将在作业返回之前关闭。

如何避免超时？

Github 上的功能请求：让客户端发送“保持连接”消息，以防止某些负载均衡器上出现 TCP 超时中建议了一种解决方法。该解决方法在应用空闲时发送检测信号以使 WebSocket 连接保持活动状态。但是，如果该应用被长时间运行的计算所阻止，则此解决方法将不起作用。

Shiny 不支持长时间运行的任务。 Shiny 的博客文章建议使用 promise 和 future 来异步运行长任务，并保持不阻止应用。这是一个使用检测信号使 Shiny 应用保持活动状态并在 future 构造中运行长时间运行的 Spark 作业的示例。

# Write an app that uses spark to access data on Databricks
# First, install the following packages:
install.packages(‘future’)
install.packages(‘promises’)

library(shiny)
library(promises)
library(future)
plan(multisession)

HEARTBEAT_INTERVAL_MILLIS = 1000  # 1 second

# Define the long Spark job here
run_spark <- function(x) {
  # Environment setting
  library("SparkR", lib.loc = "/databricks/spark/R/lib")
  sparkR.session()

  irisDF <- createDataFrame(iris)
  collect(irisDF)
  Sys.sleep(3)
  x + 1
}

run_spark_sparklyr <- function(x) {
  # Environment setting
  library(sparklyr)
  library(dplyr)
  library("SparkR", lib.loc = "/databricks/spark/R/lib")
  sparkR.session()
  sc <- spark_connect(method = "databricks")

  iris_tbl <- copy_to(sc, iris, overwrite = TRUE)
  collect(iris_tbl)
  x + 1
}

ui <- fluidPage(
  sidebarLayout(
    # Display heartbeat
    sidebarPanel(textOutput("keep_alive")),

    # Display the Input and Output of the Spark job
    mainPanel(
      numericInput('num', label = 'Input', value = 1),
      actionButton('submit', 'Submit'),
      textOutput('value')
    )
  )
)
server <- function(input, output) {
  #### Heartbeat ####
  # Define reactive variable
  cnt <- reactiveVal(0)
  # Define time dependent trigger
  autoInvalidate <- reactiveTimer(HEARTBEAT_INTERVAL_MILLIS)
  # Time dependent change of variable
  observeEvent(autoInvalidate(), {  cnt(cnt() + 1)  })
  # Render print
  output$keep_alive <- renderPrint(cnt())

  #### Spark job ####
  result <- reactiveVal() # the result of the spark job
  busy <- reactiveVal(0)  # whether the spark job is running
  # Launch a spark job in a future when actionButton is clicked
  observeEvent(input$submit, {
    if (busy() != 0) {
      showNotification("Already running Spark job...")
      return(NULL)
    }
    showNotification("Launching a new Spark job...")
    # input$num must be read outside the future
    input_x <- input$num
    fut <- future({ run_spark(input_x) }) %...>% result()
    # Or: fut <- future({ run_spark_sparklyr(input_x) }) %...>% result()
    busy(1)
    # Catch exceptions and notify the user
    fut <- catch(fut, function(e) {
      result(NULL)
      cat(e$message)
      showNotification(e$message)
    })
    fut <- finally(fut, function() { busy(0) })
    # Return something other than the promise so shiny remains responsive
    NULL
  })
  # When the spark job returns, render the value
  output$value <- renderPrint(result())
}
shinyApp(ui = ui, server = server)

从加载初始页面起，有 12 小时的硬性限制，在此之后，任何连接（即使是活动连接）都将被终止。在这种情况下，必须刷新 Shiny 应用才能重新连接。但是，基础 WebSocket 连接可能随时因各种因素（包括网络不稳定或计算机处于睡眠模式）而关闭。 Databricks 建议重新编写 Shiny 应用，使它们不需要长期连接且不会过度依赖会话状态。

我的应用启动后立即崩溃，但代码似乎是正确的。这是怎么回事？

在 Azure Databricks 上的 Shiny 应用中可以显示的数据总量有 50 MB 的限制。如果应用程序的总数据大小超过此限制，则启动后将立即崩溃。为了避免这种情况，Databricks 建议减小数据大小，例如通过降低显示数据的采样率或降低图像的分辨率。

在开发过程中，一个 Shiny 应用链接可以接受多少个连接？

Databricks 建议最多 20 个。

可以使用与 Databricks Runtime 中安装的版本不同的 Shiny 包吗？

是的。请查阅修正 R 包的版本。

如何开发可以发布到 Shiny 服务器的 Shiny 应用并访问 Azure Databricks 上的数据？

虽然你可以在开发和测试 Azure Databricks期间使用 SparkR 或 sparklyr 自然地访问数据，但是在一个 Shiny 应用程序发布到独立托管服务之后，它不能直接访问 Azure Databricks 上的数据和表。

若要使你的应用程序在 Azure Databricks 外部运行，必须重写访问数据的方式。下面是几个选项：

使用 JDBC / ODBC 将查询提交到 Azure Databricks 群集。
使用 Databricks Connect。
直接访问对象存储上的数据。

Databricks 建议你与 Azure Databricks 解决方案团队合作，为现有数据和分析体系结构找到最佳方法。

可以在 Azure Databricks 笔记本中开发 Shiny 应用程序吗？

是的，可以在 Azure Databricks 笔记本中开发 Shiny 应用程序。

如何保存在托管的 RStudio Server 上开发的 Shiny 应用程序？

你可以将应用程序代码保存在 DBF 上，也可以将代码签入版本控制中。

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常见问题 (FAQ)

为什么我的 Shiny 应用会在一段时间后“灰显”？

为什么我的 Shiny 查看器窗口会在一段时间后消失？

为什么长 Spark 作业总是不会返回？

如何避免超时？

我的应用启动后立即崩溃，但代码似乎是正确的。这是怎么回事？

在开发过程中，一个 Shiny 应用链接可以接受多少个连接？

可以使用与 Databricks Runtime 中安装的版本不同的 Shiny 包吗？

如何开发可以发布到 Shiny 服务器的 Shiny 应用并访问 Azure Databricks 上的数据？

可以在 Azure Databricks 笔记本中开发 Shiny 应用程序吗？

如何保存在托管的 RStudio Server 上开发的 Shiny 应用程序？

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为什么我的 Shiny 应用会在一段时间后“灰显”？

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在开发过程中，一个 Shiny 应用链接可以接受多少个连接？

可以使用与 Databricks Runtime 中安装的版本不同的 Shiny 包吗？

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