Digital patologi med hjälp av DICOM-tjänsten

Artikel
05/21/2024

Digital avbildning i patologi är ett sätt att dela bilder utanför labbet, träna AI/ML-modeller och lagra digitaliserade mikroskopbilder.

För att dessa fördelar ska bli verklighet konverterar många organisationer digitala bilder Vem le Slide Imaging (WSI) till DICOM-standardformat®. När bilderna är i DICOM-format kan du lagra dem i kommersiellt tillgängliga PACS-system där de kan hanteras med vanliga radiologiska verktyg och processer.

DICOM-tjänst för digital patologi

DICOM-tjänsten stöder unika krav på digital patologi som:

Skala och prestanda som krävs för att ladda upp DICOM-instanser med patologi som är flera GB i storlek.
Snabb ramåtkomst så att webbvisaren kan panorera och zooma DICOM-patologibilder smidigt utan fördröjningar eller suddighet.
Ett kostnadseffektivt sätt att lagra bilder på lång sikt efter diagnos för arkivering och forskning.

Digitalisering

Även om DICOM-standarden nu stöder helbildsbilder (WSI) tar många förvärvsskannrar inte bilder i DICOM-format. DICOM-tjänsten stöder endast bilder i DICOM-format, därför krävs en formatkonvertering för WSI i andra format. Det finns flera kommersiella lösningar och lösningar med öppen källkod för att utföra dessa formatkonverteringar.

Här följer några exempel öppen källkod verktyg för att skapa en egen konverterare:

WSIDicomizer

Storage

Varje konverterad WSI resulterar i en DICOM-serie med flera instanser.

Batchuppladdning

Med tanke på den större storleken och antalet instanser som måste laddas upp rekommenderar vi batchuppladdning av varje serie eller en batch med konverterade WSIs med import.

Uppladdning av direktuppspelning

Om du vill ladda upp varje fil när den konverteras använder du stow-begäran för en del i exemplet.

Krav

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

Vi testade att stödja tiotals GBs-uppladdning på några sekunder.

Hämtning

Tittarna hämtar paneler som lagras som ramar i en DICOM-instans. Varje DICOM-instans kan innehålla flera ramar. Vi rekommenderar att du använder en parallell GET-ram för en del för bättre prestanda.

Krav

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

Vi har testat att stödja nedladdning av 60Kb-panelen på cirka 60–70 ms från klienten.

Läsare

Vi rekommenderar att du använder alla WSI Viewer som kan konfigureras med en DICOMWeb-tjänst och OIDC-autentisering.

Exempel på visningsprogram med öppen källkod:

Följ CORS-riktlinjerna om visningsprogrammet interagerar direkt med DICOM-tjänsten.

Hitta en ISV-partner

dicom-support@microsoft.com Kontakta om du vill arbeta med våra partner-ISV:er som tillhandahåller lösningar och support från slutpunkt till slutpunkt.

Nästa steg

Distribuera DICOM-tjänsten i Azure

Använda DICOMweb-API:er med DICOM-tjänsten

Kommentar

DICOM® är ett registrerat varumärke som tillhör National Electrical Manufacturers Association för dess standarder publikationer som rör digital kommunikation av medicinsk information.

Dela via