Patientinformation om Utvärderingsmatchning

Artikel
05/08/2024

Trial Matcher använder patientinformation för att matcha relevant patient med ett avsnitt om berättigande till klinisk prövning. Trial Matcher granskar patientens behörighet för varje relevant klinisk prövning. Du kan ange informationen på fyra olika sätt:

Ostrukturerade kliniska anteckningar
FHIR-paket
gradvis matchning (fråga och svar)
JSON-nyckel/värde

Kommentar

Exemplen i den här artikeln baseras på API-versionen: 2023-03-01-preview. Det kan finnas ändringar mellan API-versioner. För en specifik API-version använder du referensen till REST-API:et för att se en fullständig beskrivning.

Ostrukturerad klinisk anmärkning

Patientdata kan tillhandahållas till Trial Matcher som en ostrukturerad klinisk anteckning. Testmatchare utför ett tidigare steg i språktolkningen för att analysera den ostrukturerade texten, hämtar klinisk patientinformation och bygger in patientdata i strukturerade data.

När du tillhandahåller patientdata i kliniska anteckningar använder du note värdet för Patient.PatientDocument.type. För närvarande stöder Trial Matcher endast en klinisk anteckning per patient.

I följande exempel visas hur du tillhandahåller patientinformation som en ostrukturerad klinisk anmärkning:

{
   "configuration":{
      "clinicalTrials":{
         "registryFilters":[
            {
               "conditions":[
                  "Cancer"
               ],
               "sources":[
                  "clinicaltrials.gov"
               ],
               "facilityLocations":[
                  {
                     "state":"IL",
                     "country":"United States"
                  }
               ]
            }
         ]
      },
      "verbose":true,
      "includeEvidence":true
   },
   "patients":[
      {
         "id":"patient_1",
         "info":{
            "gender":"Male",
            "birthDate":"2000-03-17",
            "clinicalInfo":[
               {
                  "system":"http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
                  "code":"C0006826",
                  "name":"MalignantNeoplasms",
                  "value":"true"
               }
            ]
         },
         "data":[
            {
               "type":"Note",
               "clinicalType":"Consultation",
               "id":"12-consult_15",
               "content":{
                  "sourceType":"Inline",
                  "value":"TITLE:  Cardiology Consult\r\n                       DIVISION OF CARDIOLOGY\r\n                   COMPREHENSIVE CONSULTATION NOTE\r\nCHIEF COMPLAINT: Patient is seen in consultation today at the\r\nrequest of Dr. [**Last Name (STitle) 13959**]. We are asked to give consultative advice\r\nregarding evaluation and management of Acute CHF.\r\nHISTORY OF PRESENT ILLNESS:\r\n71 year old man with CAD w\/ diastolic dysfunction, CKD, Renal\r\nCell CA s\/p left nephrectomy, CLL, known lung masses and recent\r\nbrochial artery bleed, s\/p embolization of LLL bronchial artery\r\n[**1-17**], readmitted with hemoptysis on [**2120-2-3**] from [**Hospital 328**] [**Hospital 9250**]\r\ntransferred from BMT floor  following second episode of hypoxic\r\nrespiratory failure, HTN and tachycardia in 3 days. Per report,\r\non the evening of transfer to the [**Hospital Unit Name 1**], patient continued to\r\nremain tachypnic in upper 30s and was receiving IVF NS at\r\n100cc\/hr for concern of hypovolemic hypernatremia. He also had\r\nreceived 1unit PRBCs with temp rise for 98.3 to 100.4, he was\r\ncultured at that time, and transfusion rxn work up was initiated.\r\nAt around 5:30am, he was found to be newly hypertensive with SBP\r\n>200 with a regular tachycardia to 160 with new hypoxia requiring\r\nshovel mask. He received 1mg IV ativan, 1mg morphine, lasix 40mg\r\nIV x1, and lopressor 5mg IV. ABG 7.20\/63\/61 on shovel mask. "
               }
            }
         ]
      }
   ]
}

FHIR-paket

Patientdata kan tillhandahållas till Trial Matcher som ett FHIR-paket. Patientdata i FHIR-paketformat kan antingen hämtas från en FHIR-server eller från ett EMR/EHR-system som tillhandahåller ett FHIR-gränssnitt.

Utvärderingsmatchare stöder USCore-profiler och mCode-profiler.

När du tillhandahåller patientdata som ett FHIR-paket använder du fhirBundle värdet för Patient.PatientDocument.type. Värdet för fhirBundle ska anges som en referens till innehållet, inklusive referens-URI:n.

I följande exempel visas hur du tillhandahåller patientinformation som ett FHIR-paket:

{
  "configuration": {
    "clinicalTrials": {
      "registryFilters": [
        {
          "conditions": [
            "Cancer"
          ],
          "phases": [
            "phase1"
          ],
          "sources": [
            "clinicaltrials.gov"
          ],
          "facilityLocations": [
            {
              "state": "CA",
              "country": "United States"
            }
          ]
        }
      ]
    },
    "verbose": true,
    "includeEvidence": true
  },
  "patients": [
    {
      "id": "patient_1",
      "info": {
        "gender": "Female",
        "birthDate": "2000-03-17"
      },
      "data": [
        {
          "type": "FhirBundle",
          "clinicalType": "Consultation",
          "id": "Consultation-14-Demo",
          "content": {
            "sourceType": "Inline",
            "value": "{\"resourceType\":\"Bundle\",\"id\":\"1ca45d61-eb04-4c7d-9784-05e31e03e3c6\",\"meta\":{\"profile\":[\"http://hl7.org/fhir/4.0.1/StructureDefinition/Bundle\"]},\"identifier\":{\"system\":\"urn:ietf:rfc:3986\",\"value\":\"urn:uuid:1ca45d61-eb04-4c7d-9784-05e31e03e3c6\"},\"type\":\"document\",\"entry\":[{\"fullUrl\":\"Composition/baff5da4-0b29-4a57-906d-0e23d6d49eea\",\"resource\":{\"resourceType\":\"Composition\",\"id\":\"baff5da4-0b29-4a57-906d-0e23d6d49eea\",\"status\":\"final\",\"type\":{\"coding\":[{\"system\":\"http://loinc.org\",\"code\":\"11488-4\",\"display\":\"Consult note\"}],\"text\":\"Consult note\"},\"subject\":{\"reference\":\"Patient/894a042e-625c-48b3-a710-759e09454897\",\"type\":\"Patient\"},\"encounter\":{\"reference\":\"Encounter/d6535404-17da-4282-82c2-2eb7b9b86a47\",\"type\":\"Encounter\",\"display\":\"unknown\"},\"date\":\"2022-08-16\",\"author\":[{\"reference\":\"Practitioner/082e9fc4-7483-4ef8-b83d-ea0733859cdc\",\"type\":\"Practitioner\",\"display\":\"Unknown\"}],\"title\":\"Consult note\",\"section\":[{\"title\":\"Chief Complaint\",\"code\":{\"coding\":[{\"system\":\"http://loinc.org\",\"code\":\"46239-0\",\"display\":\"Reason for visit and chief complaint\"}],\"text\":\"Chief Complaint\"},\"text\":{\"div\":\"<div>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<h1>Chief Complaint</h1>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<p>\\\"swelling of tongue and difficulty breathing and swallowing\\\"</p>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t</div>\"},\"entry\":[{\"reference\":\"List/a7ba1fc8-7544-4f1a-ac4e-c0430159001f\",\"type\":\"List\",\"display\":\"Chief Complaint\"}]},{\"title\":\"History of Present Illness\",\"code\":{\"coding\":[{\"system\":\"http://loinc.org\",\"code\":\"10164-2\",\"display\":\"History of present illness\"}],\"text\":\"History of Present Illness\"},\"text\":{\"div\":\"<div>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<h1>History of Present Illness</h1>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<p>77 y o woman in NAD with a h/o CAD, DM2, asthma and HTN on altace for 8 years awoke from sleep around 2:30 am this morning of a sore throat and swelling of tongue. She came immediately to the ED b/c she was having difficulty swallowing and some trouble breathing due to obstruction caused by the swelling. She has never had a similar reaction ever before and she did not have any associated SOB, chest pain, itching, or nausea. She has not noticed any rashes, and has been afebrile. She says that she feels like it is swollen down in her esophagus as well. In the ED she was given 25mg benadryl IV, 125 mg solumedrol IV and pepcid 20 mg IV. This has helped the swelling some but her throat still hurts and it hurts to swallow. Nothing else was able to relieve the pain and nothing make it worse though she has not tried to drink any fluids because of trouble swallowing. She denies any recent travel, recent exposure to unusual plants or animals or other allergens. She has not started any new medications, has not used any new lotions or perfumes and has not eaten any unusual foods. Patient has not taken any of her oral medications today.</p>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t</div>\"},\"entry\":[{\"reference\":\"List/c1c10373-6325-4339-b962-c3c114969ccd\",\"type\":\"List\",\"display\":\"History of Present Illness\"}]},{\"title\":\"Surgical History\",\"code\":{\"coding\":[{\"system\":\"http://loinc.org\",\"code\":\"10164-2\",\"display\":\"History of present illness\"}],\"text\":\"Surgical History\"},\"text\":{\"div\":\"<div>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<h1>Surgical History</h1>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<p>s/p Cardiac stent in 1999 \\r\\ns/p hystarectomy in 1970s \\r\\ns/p kidney stone retrieval 1960s</p>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t</div>\"},\"entry\":[{\"reference\":\"List/1d5dcbe4-7206-4a27-b3a8-52e4d30dacfe\",\"type\":\"List\",\"display\":\"Surgical History\"}]},{\"title\":\"Medical History\",\"code\":{\"coding\":[{\"system\":\"http://loinc.org\",\"code\":\"11348-0\",\"display\":\"Past medical 
            ...."
          }
        }
      ]
    }
  ]
}

Gradvis matchning

Utvärderingsmatchning kan också användas med gradvis matchning. I det här läget kan du skicka begäranden till Utvärderingsmatchare på ett gradvist sätt med hjälp av konversationsinformation eller chattliknande scenarier.

Den gradvisa matchningen använder patientinformation för matchning, inklusive demografi (kön och födelsedatum) och strukturerad klinisk information. När du skickar klinisk information via gradvis matchning skickas den kliniska informationen som en lista över clinicalCodedElements. Var och en uttrycks i ett kliniskt kodningssystem som en kod som utökas med semantisk information och värde.

Differentiering av begrepp

Annan klinisk information härleds från berättigandekriterierna som finns i delmängden av försöken i frågan. Modellen väljer upp till tre mest differentierande begrepp, dvs. det hjälper mest när det gäller att kvalificera patienten. Modellen anger endast begrepp som visas i utvärderingsversioner och inte föreslår insamling av information som inte krävs och som inte hjälper till i kvalificeringen.

När du matchar potentiella berättigade patienter till en klinisk prövning bör samma koncept med nödvändig klinisk information tillhandahållas. I det här fallet väljs de tre mest differentierande begreppen för den tillhandahållna kliniska prövningen. Om mer än en prövning har tillhandahållits väljs tre begrepp för alla kliniska prövningar som tillhandahålls.

Kunder förväntas använda den angivna UMLSConceptsMapping.json filen för att mappa varje valt koncept med den förväntade svarstypen. Kunder kan också använda den föreslagna frågetexten för att generera frågor till användare. Kunden kan också redigera eller lokalisera frågetexten.
När du skickar tillbaka patientinformationen till Utvärderingsmatchare kan du också skicka ett null värde till alla begrepp. Om du skickar ett null värde till ett koncept instrueras Trial Matcher att hoppa över det konceptet, ignorera det i patientkvalifikationen och i stället skicka nästa differentieringskoncept i svaret.

Viktigt!

När du använder gradvis matchning innehåller den första begäran till Utvärderingsmatchare vanligtvis en lista över registryFilters baserat på kundkonfiguration och användarsvar (t.ex. villkor och plats). Svaret på den första begäran innehåller en lista över utvärderingsversioner ids. För att förbättra prestanda och minska svarstiden bör utvärderingsversionen ids användas direkt i efterföljande begäranden (med hjälp ids av registryFilter) i stället för det ursprungliga registryFilters som användes.

Kategoribegrepp

Det finns fem olika kategorier som används som begrepp:

UMLS-koncept-ID som representerar ett enda begrepp
UMLS-koncept-ID som representerar flera relaterade begrepp
Textbegrepp
Entitetstyper
Semantiska typer

1. UMLS-koncept-ID som representerar ett enda begrepp

Varje begrepp i den här kategorin representeras med ett unikt UMLS-ID. De förväntade svarstyperna kan vara booleska, numeriska eller från en definierad valuppsättning.

Exempelkoncept från neededClinicalInfo API-svar:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C1512162",
    "name": "Eastern Cooperative Oncology Group"
}

Exempelmappning för ovanstående koncept från UMLSConceptsMapping.json:

"C1512162": {
    "codes": "C1512162;C1520224",
    "name": "ECOG",
    "choices": [ "0", "1", "2", "3", "4" ],
    "question": "What is the patient's ECOG score?",
    "answerType": "Choice"
}

Exempelvärde som skickas till Utvärderingsmatchning för kategorin ovan:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C1512162",
    "name": "Eastern Cooperative Oncology Group",
    "value": "2"
}

Vissa UMLS-koncept-ID:er kan representera flera relaterade begrepp, som vanligtvis visas för användaren som en flervalsfråga, till exempel begrepp relaterade till psykisk hälsa eller TNM-mellanlagring. I den här kategorin förväntas svaren innehålla flera koder och värden, en för varje begrepp som ingår i de relaterade begreppen.

Exempelkoncept från neededClinicalInfo API-svar:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": " C0475284",
    "name": "TNM tumor staging system "
}

Exempelmappning för ovanstående koncept från UMLSConceptsMapping.json:

"C0475284": {
    "codes": "C0475284",
    "name": "TNM tumor staging system",
    "question": "If the patient was diagnosed with cancer, what is the patient's TNM stage?",
    "answerType": "MultiChoice",
    "multiChoice": {
        "C0475455": {
            "codes": "C0475455",
            "name": "T (Tumor)",
            "answerType": "Choice",
            "choices": [ "x", "0", "is", "1", "1a", "1b", "1c", "2", "2a", "2b", "2c", "3", "3a", "3b", "3c", "4", "4a", "4b", "4c" ]
        },
        "C0456532": {
            "codes": "C0456532",
            "name": "N (Lymph nodes)",
            "answerType": "Choice",
            "choices": [ "x", "0", "1", "1a", "1b", "1c", "2", "2a", "2b", "2c", "3", "3a", "3b", "3c" ]
        },
        "C0456533": {
            "codes": "C0456533",
            "name": "M (Metastases)",
            "answerType": "Choice",
            "choices": [ "x", "0", "1", "1a", "1b", "1c" ]
        }
    }
}

Exempelvärden som skickas till Utvärderingsmatchning för kategorin ovan:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C0475455",
    "name": "T (Tumor)",
    "value": "1a"
},
{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C0456532",
    "name": "N (Lymph nodes)",
    "value": "1a"
},
{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C0456533",
    "name": "M (Metastases)",
    "value": "1"
}

3. Textbegrepp

Textbegrepp är begrepp där koden är en sträng i stället för en UMLS-kod. Textbegreppen används vanligtvis för att identifiera sjukdomsmorfologi och beteendeegenskaper.

Exempelkoncept från neededClinicalInfo API-svar:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "NONINVASIVE",
    "name": "noninvasive;non invasive"
}

Exempelmappning för ovanstående koncept från UMLSConceptsMapping.json:

"NONINVASIVE": {
    "codes": "noninvasive",
    "name": "noninvasive;non invasive",
    "question": "Was the patient diagnosed with a %p1% disease?",
    "answerType": "Boolean"
}

Exempelvärde som skickas till Utvärderingsmatchning för ovanstående koncept:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "NONINVASIVE",
    "name": "noninvasive;non invasive",
    "value": "true"
}

4. Entitetstyper

Begrepp av entitetstyp är begrepp som är grupperade efter vanliga entitetstyper, till exempel mediciner, genomisk och biomarkörinformation.

När kunder skickade begrepp av entitetstyp till Trial Matcher som en del av patientens kliniska information bör de sammanfoga entitetstypsträngen till värdet, avgränsat med ett semikolon.

Exempelkoncept från neededClinicalInfo API-svar:

{
    "category": "GENEORPROTEIN-VARIANT",
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": " C1414313",
    "name": " EGFR gene ",
    "value": "EntityType:GENEORPROTEIN-VARIANT"
}

Exempelmappning för kategorin ovan från UMLSConceptsMapping.json:

"GENEORPROTEIN-VARIANT": {
    "codes": "GeneOrProtein-Variant;GeneOrProtein-MutationType",
    "question": "Does the patient carry %p1% mutation/abnormality?",
    "name": "GeneOrProtein-Variant",
    "answerType": "Boolean"
}

Exempelvärde som skickas till Utvärderingsmatchning för kategorin ovan:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": " C1414313",
    "name": "EGFR gene",
    "value": "true;GENEORPROTEIN-VARIANT"
}

5. Semantiska typer

Semantiska typbegrepp är en annan kategori av begrepp, grupperade efter den semantiska typen av entiteter. När kunder skickade semantiska typbegrepp till Trial Matcher som en del av patientens kliniska information behöver du inte sammanfoga entiteten eller den semantiska typen av entitet till värdet.

Exempelkoncept från neededClinicalInfo API-svar:

{
    "category": "DIAGNOSIS",
    "semanticType": "T047",
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C0014130",
    "name": "Endocrine System Diseases",
    "value": "EntityType:DIAGNOSIS"
}

Exempelmappning för kategorin ovan från UMLSConceptsMapping.json:

"DIAGNOSIS,T047": {
    "name": "Diagnosis X Disease or Syndrome",
    "question": "Was the patient diagnosed with %p1%?",
    "answerType": "Boolean"
}

Exempelvärde som skickas till Utvärderingsmatchning för kategorin ovan:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C0014130",
    "name": "Endocrine System Diseases",
    "value": "false"
}

Nästa steg

Så här kommer du igång med modellen Utvärderingsmatchning:

Kom igång med modellen Utvärderingsmatchning

Dela via

Patientinformation om Utvärderingsmatchning

Ostrukturerad klinisk anmärkning

FHIR-paket

Gradvis matchning

Differentiering av begrepp

Kategoribegrepp

1. UMLS-koncept-ID som representerar ett enda begrepp

3. Textbegrepp

4. Entitetstyper

5. Semantiska typer

Nästa steg

Feedback

Ytterligare resurser

Dela via

Patientinformation om Utvärderingsmatchning

Ostrukturerad klinisk anmärkning

FHIR-paket

Gradvis matchning

Differentiering av begrepp

Kategoribegrepp

1. UMLS-koncept-ID som representerar ett enda begrepp

2. UMLS-koncept-ID som representerar flera relaterade begrepp

3. Textbegrepp

4. Entitetstyper

5. Semantiska typer

Nästa steg

Feedback

Ytterligare resurser