Een lab instellen om R op Linux te leren

Artikel
08/25/2021

Belangrijk

Azure Lab Services wordt op 28 juni 2027 buiten gebruik gesteld. Zie de handleiding voor buitengebruikstelling voor meer informatie.

Notitie

Dit artikel verwijst naar functies die beschikbaar zijn in labplannen, waardoor labaccounts zijn vervangen.

R is een opensource-taal die wordt gebruikt voor statistische computing en graphics. Het wordt gebruikt in de statistische analyse van genetica voor natuurlijke taalverwerking om financiële gegevens te analyseren. R biedt een interactieve opdrachtregelervaring . RStudio is een interactieve ontwikkelomgeving (IDE) die beschikbaar is voor de R-taal. De gratis versie biedt hulpprogramma's voor het bewerken van code, een geïntegreerde foutopsporingservaring en hulpprogramma's voor pakketontwikkeling.

Dit artikel richt zich alleen op RStudio en R als bouwsteen voor een klasse die het gebruik van statistische computing vereist. De klassetypen Deep Learning en Python en Jupyter Notebooks stellen RStudio anders in. In elk artikel wordt beschreven hoe u de Datawetenschap Virtual Machine for Linux (Ubuntu) Marketplace-installatiekopie gebruikt, met veel data science-gerelateerde hulpprogramma's, waaronder RStudio, vooraf geïnstalleerd.

Labconfiguratie

Als u dit lab wilt instellen, hebt u een Azure-abonnement en labplan nodig om aan de slag te gaan. Als u geen Azure-abonnement hebt, maakt u een gratis account voordat u begint.

Configuratie van externe resources

Voor sommige klassen moeten bestanden, zoals grote gegevensbestanden, extern worden opgeslagen.

Als u ervoor kiest om een gedeelde R-server voor de leerlingen/studenten te hebben, moet de server worden ingesteld voordat het lab wordt gemaakt. Zie hoe u een lab maakt met een gedeelde resource in Azure Lab Services voor meer informatie over het instellen van een gedeelde server. Zie RStudio Server downloaden voor Debian & Ubuntu en toegang tot RStudio Server Open Source voor instructies voor het maken van een RStudio-server.

Als u ervoor kiest om externe resources te gebruiken, moet u verbinding maken met uw virtuele netwerk in Azure Lab Services met uw labplan.

Belangrijk

Geavanceerde netwerken moeten worden ingeschakeld tijdens het maken van uw labplan. Het kan later niet meer worden toegevoegd.

Instellingen voor labplannen

Zodra u een Azure-abonnement hebt, kunt u een nieuw labplan maken in Azure Lab Services. Zie de zelfstudie over het instellen van een labplan voor meer informatie over het maken van een nieuw labplan. U kunt ook een bestaand labplan gebruiken.

Schakel de instellingen voor het labplan in zoals beschreven in de volgende tabel. Zie De Azure Marketplace-installatiekopieën opgeven die beschikbaar zijn voor labmakers voor meer informatie over het inschakelen van Azure Marketplace-installatiekopieën.

Instelling labplan	Instructies
Marketplace-installatiekopieën	Schakel de Ubuntu Server 18.04 LTS-installatiekopie in.

Labinstellingen

Zie Zelfstudie: Een lab instellen voor instructies voor het maken van een lab. Gebruik de volgende instellingen bij het maken van het lab.

Labinstelling	Waarde en beschrijving
Grootte van de virtuele machine	Kleine GPU (compute)
VM-installatiekopieën	Ubuntu Server 18.04 LTS
Verbinding met extern bureaublad inschakelen	Deze instelling moet zijn ingeschakeld als u ervoor kiest om RDP te gebruiken. Deze instelling is niet nodig als u X2Go kiest om verbinding te maken met labcomputers.

Als u ervoor kiest om in plaats daarvan RDP te gebruiken, moet u verbinding maken met de Virtuele Linux-machine met behulp van SSH en de RDP- en GUI-pakketten installeren voordat u het lab publiceert. Vervolgens kunnen leerlingen/studenten verbinding maken met de Virtuele Linux-machine met behulp van RDP later. Zie Grafisch extern bureaublad inschakelen voor Virtuele Linux-machines voor meer informatie.

Sjabloonconfiguratie

Nadat de sjabloonmachine is gemaakt, start u de machine en maakt u er verbinding mee om R, RStudio Desktop en eventueel X2Go Server te installeren.

Eerst gaan we apt bijwerken en bestaande pakketten op de computer bijwerken.

sudo apt update 
sudo apt upgrade

X2Go-server installeren

Als u ervoor kiest X2Go te gebruiken, installeert u de server. U moet eerst verbinding maken met een Virtuele Linux-testomgeving met behulp van SSH om het serveronderdeel te installeren. Zodra dat is voltooid, kan de rest van de installatie worden voltooid nadat u verbinding hebt gemaakt met de X2Go-client.

De standaardinstallatie van X2Go is niet compatibel met RStudio. Werk het x2goagent options-bestand bij om dit probleem te omzeilen.

Bestand bewerken /etc/x2go/x2goagent.options . Vergeet niet om het bestand als sudo te bewerken.
1. Verwijder de opmerkingen bij de regel met de volgende status: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"
2. Markeer de regel met de volgende tekst: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"
Start de X2Go-server opnieuw op, zodat de nieuwe opties worden gebruikt.
```
sudo systemctl restart x2goserver
```

U kunt ook de vereiste bibliotheken bouwen door instructies te volgen bij GLX-tijdelijke oplossing voor X2Go.

R installeren

Er zijn een aantal manieren om R op de VIRTUELE machine te installeren. U installeert R vanuit de Cran-opslagplaats (Comprehensive R Archive Network). Het biedt de meest recente versies van R. Zodra deze opslagplaats is toegevoegd aan onze computer, kunt u R en vele andere gerelateerde pakketten installeren.

We moeten de CRAN-opslagplaats toevoegen. Opdrachten worden gewijzigd op basis van instructies die beschikbaar zijn op Ubuntu Packages voor R-korte instructies.

#download helper packages
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# download and add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
sudo wget -q "https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc" -O /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
#add repository
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/"

Nu kunnen we R installeren en de volgende opdracht uitvoeren:

sudo apt install r-base

RStudio installeren

Nu R lokaal is geïnstalleerd, kunnen we de RStudio IDE installeren. We installeren de gratis versie van RStudio Desktop. Zie RStudio-downloads voor alle beschikbare versies.

Importeer de ondertekeningssleutel voor de code voor RStudio.

sudo gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com  --recv-keys 3F32EE77E331692F

Download het Debian Linux Package-bestand (.deb) voor R Studio voor Ubuntu. Het bestand heeft de indeling rstudio-{version}-amd64.deb. Voorbeeld:
```
export rstudiover="1.4.1717"
wget --quiet -O rstudio.deb https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-$rstudiover-amd64.deb
```
Gebruik gdebi om RStudio te installeren. Zorg ervoor dat u het bestandspad gebruikt om aan te geven dat apt een lokaal bestand heeft geïnstalleerd.
```
sudo apt install gdebi-core 
echo "y" | gdebi rstudio.deb –quiet
```

CRAN-pakketten

Nu is het tijd om cran-pakketten te installeren die u wilt. Voeg eerst de huidige R 4.0 of hoger 'c2d4u'-opslagplaats toe.

sudo add-apt-repository ppa:c2d4u.team/c2d4u4.0+

Gebruik de install.packages(“package name”) opdracht in een interactieve R-sessie, zoals wordt weergegeven in een snelle lijst met nuttige R-pakketten . U kunt ook hulpprogramma's gebruiken -> Menuopdracht Pakketten installeren in RStudio.

Als u hulp nodig hebt bij het vinden van een pakket, raadpleegt u een lijst met pakketten per taak of alfabetische lijst met pakketten.

Volgende stappen

De sjabloonafbeelding kan nu worden gepubliceerd naar het lab. Zie De sjabloon-VM publiceren voor meer informatie.

Zie de volgende artikelen tijdens het instellen van uw lab:

Delen via