ライセンスについては契約事項なので、このフォーラムでは「正解」の提供はできません。一般的な情報の提供のみが可能です。
まずは「Azure Virtual Desktop を使用できる適格なライセンス」をよく確認してください。Azure Virtual Desktop はユーザー アカウント(Entra ID アカウント)単位のユーザー ライセンスとなるので、仮想マシンを利用するユーザー アカウントの数だけ的確なライセンスを用意してください。
ちなみに AVD 使用権のためであれば、E3 より Business Premium の方が安いですし、VDA ライセンスで済む場合もあります。これについてはライセンス リセラーで相談されることをお勧めします。
また的確なライセンスがあれば Windows 11 / 10 のどちらも利用可能です。