厳密にいえば、WIndows Server Standard のライセンスは1つの物理マシン上で運用環境のインスタンスを2つまで実行できる権利です。
なので仮想マシンの運用環境2つ(物理マシン側は Hyper-V の管理にのみ利用)でも、物理環境1つ仮想マシン1つでも構いません。
※注意が必要なのは仮想マシンのインスタンスを2つ作った場合で、この場合は仮想化環境のホストとなる物理マシン上のインスタンスは仮想マシンの管理でのみ使用が認められます。このインスタンスで(このインスタン自体の管理のための目的以外の)他のサービスやアプリケーションを実行することは認められていません。