このメッセージはサーバーマネージャーの「役割と機能の追加」から Active Directory Domain Service の役割をインストールして、その後まだサーバーをドメインコントローラーに昇格する作業を行っていない場合に表示されるものです。
そもそもどのような意図・目的でこのサーバーを構成されているのでしょう?
Active Directory Domain ゾーンとして DNS を構成したいのであれば、ドメインコントローラーに昇格させてください。そうでなければ既存のドメインコントローラーの DNS との同期が行われません。
※ちなみに Active Directory Domain の DNS には「プライマリ」「セカンダリ」という考え方はありません。マルチマスターとして動作します。