まずは再現条件をより狭めることを行ってください。
- サーバー A からのコピーではなく操作端末からのコピーの B での貼り付け
- サーバー A からのコピーをいったん操作端末で貼り付け、それをコピーして B で貼り付け
- サーバー A 以外のリモートデスクトップ接続先からのコピーを B で貼り付け
- 接続端末からの操作で B 自身でのコピーと貼り付け
- Excel 以外のアプリケーションから Excel への貼り付け
- Excel から Excel 以外のアプリケーションへの貼り付け
これら(だけでなく他にも考えられるものできるだけ多く)のさまざまなパターンでの動作を確認知れば、発生条件が明確になるでしょう。