プライマリのDNSサフィックスは一つだけです。複数のアダプタにすべて適用されます。ただし、別名としてアダプタごとに接続固有のDNSサフィックスを設定することは可能です。DNS等から割り当てられれば、一つのアダプタでも複数のFQDNを別名として設定することができます。アダプタとFQDNとの対応はDNS次第になっています。
1台のマシンが複数のFQDNを持っていても、ADドメイン上では、プライマリのホスト名とプライマリのドメインで管理されることになります。複数のドメインをまたぐ形でアダプタごとに別のドメインに属することもできますが、プライマリのホスト名とプライマリのドメインは一つしかなく、それ以外は別名として扱われます。