同期しているドライブが D: だとして、現在のサーバー エンドポイントが D: になっていて AAA と BBB が Azure Files に同期されているという構成でしょうか?
そのような構成の場合、「サーバー エンドポイントを作成する」に書かれているように「ボリューム上でサーバー エンドポイントを確立した後でパスまたはドライブ文字を変更することはサポートされていません」なので、この構成のまま CCC を動機から除外することはできません。
ただし1つの登録済みサーバーに複数のサーバー エンドポイントを作成することは可能なので、AAA と BBB をサーバー エンドポイントに指定するよう構成を変更することで、CCC は同期されない動作を実現できるでしょう。
Azure File Sync サーバー エンドポイントを作成する
ただし、同期グループには常に登録済みサーバーあたり 1 つのサーバー エンドポイントしか含めることができないので、同期グループを複数作成する必要があります。
ほぼ同期の仕組みを作り直すような作業になりますが、最終的には可能な話ですので、検討してください。