基本的な確認になりますが、このサーバーは Active Directory ドメインに参加していて、ドメイン コントローラーとなっているということですね。その場合、このドメインはどのような構成(シングルフォレスト/シングルドメインなど)でしょう。
複数台のドメインコントローラーがあるのであれば(それが推奨構成ですが)、他のドメインコントローラーと Active Directory 統合 DNS ゾーンを構成していると思いますが、自分以外のドメインコントローラーをプライマリ DNS に設定することで現象に変化はないでしょうか?
参考:DNS イベント ID 4013 のトラブルシューティング (DNS サーバーが AD 統合 DNS ゾーンを読み込めませんでした)