チャブーンです。
この件ですが、下手にグループポリシーなど使わず、Intune上から直接対応したほうが、いい結果が出るのではないでしょうか?昔のIntuneはConfigurationが何もできなかったので、レジストリ編集などに頼ってましたが、最近では改善され、そうでもないようです。
グループポリシーで指定された日数の間使用されなかったユーザー プロファイルをシステム再起動時に自動的に削除をやりましたが、ログインしているローカルアカウントのユーザープロファイルまで削除されてしまい
ということですが、Microsoft 365使っていて、本当に問題が出たのであれば、一度サポートに明確に問い合わせることもお奨めします。Microsoft 365管理センターから、サポート問い合わせは可能です。コミュニティに問い合わせるより、正確な情報が得られる可能性が高いから、がその理由です。