https://jpdsi.github.io/blog/internet-explorer-microsoft-edge/LAN-Settings/
こちらに「平常時はpacを参照し、何らかの理由でpacが参照できなくなった場合に自動的に手動設定のプロキシへフォールバックさせる」動作についての情報があります。
『「LAN にプロキシ サーバーを使用する」も同時に設定されている場合、IE自動構成スクリプトの取得に失敗すると、次に「LAN にプロキシ サーバーを使用する」のプロキシを使用した接続を試みます。』
優先順位としては
- WPAD による自動検出
- 手動で指定した pac ファイル
- 手動構成のプロキシ
となります。