Sdílet prostřednictvím

Nastavení testovacího prostředí pro výuku R v Linuxu

  • Článek

Důležité

Služba Azure Lab Services bude vyřazena 28. června 2027. Další informace najdete v průvodci vyřazením.

Poznámka:

Tento článek odkazuje na funkce dostupné v plánech testovacího prostředí, které nahradily účty testovacího prostředí.

R je opensourcový jazyk používaný pro statistické výpočty a grafiku. Používá se ve statistické analýze genetice ke zpracování přirozeného jazyka za účelem analýzy finančních dat. Jazyk R poskytuje interaktivní prostředí příkazového řádku . RStudio je interaktivní vývojové prostředí (IDE) dostupné pro jazyk R. Bezplatná verze poskytuje nástroje pro úpravy kódu, integrované prostředí ladění a vývojové nástroje balíčků.

Tento článek se zaměřuje výhradně na RStudio a R jako stavební blok pro třídu, která vyžaduje použití statistického computingu. Typy tříd Hluboké učení a Python a Jupyter Notebooks nastavují RStudio odlišně. Každý článek popisuje, jak používat image marketplace Datová Věda virtual machine pro Linux (Ubuntu), která obsahuje mnoho nástrojů souvisejících s datovými vědami, včetně RStudio, předinstalované.

Konfigurace testovacího prostředí

K nastavení tohoto testovacího prostředí potřebujete předplatné Azure a plán testovacího prostředí, abyste mohli začít. Pokud ještě nemáte předplatné Azure, vytvořte si napřed bezplatný účet.

Konfigurace externích prostředků

Některé třídy vyžadují externí ukládání souborů, například velkých datových souborů.

Pokud se rozhodnete pro studenty sdílet R Server, měl by být server nastavený před vytvořením testovacího prostředí. Další informace o tom, jak nastavit sdílený server, najdete v tématu vytvoření testovacího prostředí se sdíleným prostředkem ve službě Azure Lab Services. Pokyny k vytvoření RStudio Serveru najdete v tématu Stažení RStudio Serveru pro Debian & Ubuntu a přístup k opensourcovým souborům RStudio Serveru.

Pokud se rozhodnete použít nějaké externí prostředky, musíte se pomocí plánu testovacího prostředí připojit ke své virtuální síti ve službě Azure Lab Services .

Důležité

Při vytváření plánu testovacího prostředí musí být povolené pokročilé sítě . Nejde ho přidat později.

Nastavení plánu testovacího prostředí

Jakmile získáte předplatné Azure, můžete vytvořit nový plán testovacího prostředí ve službě Azure Lab Services. Další informace o vytvoření nového testovacího plánu najdete v kurzu o nastavení plánu testovacího prostředí. Můžete také použít existující plán testovacího prostředí.

Povolte nastavení plánu testovacího prostředí, jak je popsáno v následující tabulce. Další informace o povolení imagí z Azure Marketplace najdete v tématu Určení imagí Azure Marketplace dostupných tvůrcům testovacího prostředí.

Nastavení plánu testovacího prostředí Pokyny
Image z Marketplace Povolte image Ubuntu Serveru 18.04 LTS .

Nastavení testovacího prostředí

Pokyny k vytvoření testovacího prostředí najdete v kurzu : Nastavení testovacího prostředí. Při vytváření testovacího prostředí použijte následující nastavení.

Nastavení testovacího prostředí Hodnota a popis
Velikost virtuálního počítače Small GPU (Compute)
Image virtuálního počítače Ubuntu Server 18.04 LTS
Povolení připojení ke vzdálené ploše Toto nastavení by mělo být povolené, pokud se rozhodnete použít protokol RDP. Toto nastavení není potřeba, pokud zvolíte X2Go pro připojení k testovacím počítačům.

Pokud se rozhodnete místo toho použít protokol RDP, musíte se před publikováním testovacího prostředí připojit k virtuálnímu počítači s Linuxem pomocí SSH a nainstalovat balíčky RDP a GUI. Potom se studenti můžou později připojit k virtuálnímu počítači s Linuxem pomocí protokolu RDP. Další informace najdete v tématu Povolení grafické vzdálené plochy pro virtuální počítače s Linuxem.

Konfigurace šablony

Po vytvoření počítače šablony spusťte počítač a připojte se k němu a nainstalujte R, RStudio Desktop a volitelně X2Go Server.

Nejprve aktualizujeme apt a upgradujme existující balíčky na počítači.

sudo apt update 
sudo apt upgrade

Instalace X2Go Serveru

Pokud se rozhodnete použít X2Go, nainstalujte server. Nejdřív se musíte připojit k virtuálnímu počítači s Linuxem pomocí SSH k instalaci součásti serveru. Po dokončení je možné dokončit zbytek instalace po připojení pomocí klienta X2Go.

Výchozí instalace X2Go není kompatibilní s RStudio. Chcete-li tento problém vyřešit, aktualizujte soubor možností x2goagent.

  1. Upravte /etc/x2go/x2goagent.options soubor. Nezapomeňte upravit soubor jako sudo.

    1. Odkomentujte řádek, který uvádí: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"
    2. Okomentujte řádek, který uvádí: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"

  2. Restartujte server X2Go, aby se používaly nové možnosti.

    sudo systemctl restart x2goserver

Případně můžete požadované knihovny sestavit podle pokynů v alternativním řešení GLX pro X2Go.

Instalace R

Na virtuální počítač můžete nainstalovat R několika způsoby. R nainstalujete z úložiště CRAN (Comprehensive R Archive Network). Poskytuje nejaktuálnější verze jazyka R. Po přidání tohoto úložiště do našeho počítače můžete nainstalovat R a mnoho dalších souvisejících balíčků.

Potřebujeme přidat úložiště CRAN. Příkazy jsou upraveny z pokynů dostupných v Ubuntu Packages pro stručné pokyny jazyka R.

#download helper packages
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# download and add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
sudo wget -q "https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc" -O /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
#add repository
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/"

Teď můžeme nainstalovat R a spustit následující příkaz:

sudo apt install r-base

Instalace nástroje RStudio

Teď, když máme R nainstalovaný místně, můžeme nainstalovat integrované vývojové prostředí RStudio. Nainstalujeme bezplatnou verzi RStudio Desktopu. Všechny dostupné verze najdete ve staženém souboru RStudio.

  1. Importujte podpisový klíč kódu pro RStudio.

    sudo gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com  --recv-keys 3F32EE77E331692F

  2. Stáhněte si soubor Debian Linux Package (.deb) pro R Studio pro Ubuntu. Soubor je ve formátu rstudio-{version}-amd64.deb. Příklad:

    export rstudiover="1.4.1717"
wget --quiet -O rstudio.deb https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-$rstudiover-amd64.deb

  3. K instalaci RStudio použijte gdebi. Nezapomeňte použít cestu k souboru k označení apt, že se nainstaloval místní soubor.

    sudo apt install gdebi-core 
echo "y" | gdebi rstudio.deb –quiet

Balíčky CRAN

Teď je čas nainstalovat všechny balíčky CRAN, které chcete. Nejprve přidejte aktuální úložiště R 4.0 nebo novější c2d4u.

sudo add-apt-repository ppa:c2d4u.team/c2d4u4.0+

install.packages(“package name”) Použijte příkaz v interaktivní relaci jazyka R, jak je znázorněno v rychlém seznamu užitečných článků o balíčcích jazyka R. Alternativně použijte nástroje –> Instalace položky nabídky Balíčky v RStudio.

Pokud potřebujete pomoc s vyhledáním balíčku, podívejte se na seznam balíčků podle úkolů nebo abecedního seznamu balíčků.

Další kroky

Image šablony je teď možné publikovat do testovacího prostředí. Další informace najdete v tématu Publikování virtuálního počítače šablony.

Při nastavování testovacího prostředí si projděte následující články: