Digitální patologie pomocí služby DICOM

Článek
05/21/2024

Digitální obrázky v patologie poskytují způsob, jak sdílet obrázky mimo laboratoř, trénovat modely AI/ML a ukládat digitalizované snímky mikroskopu.

Aby k těmto výhodám došlo, mnoho organizací převádí digitální snímky KDO le Slide Imaging (WSI) na standardní formát DICOM®. Jakmile jsou image ve formátu DICOM, můžete je uložit do komerčně dostupných systémů PACS, kde je lze spravovat pomocí běžných nástrojů a procesů radiologie.

Služba DICOM pro digitální patologie

Služba DICOM podporuje jedinečné požadavky na digitální patologie, jako jsou:

Škálování a výkon potřebné k nahrání instancí DICOM patologie, které mají velikost více GB.
Rychlý přístup k rámečku, který webovému prohlížeči umožňuje hladce posunout a přiblížit obrázky patologie DICOM bez prodlevy nebo rozmazanosti.
Nákladově efektivní způsob, jak ukládat obrázky dlouhodobě po diagnostice pro archivaci a výzkum použití.

Digitalizace

I když standard DICOM nyní podporuje snímky na celé snímky (WSI), mnoho skenerů pořízení nezachytává obrázky ve formátu DICOM. Služba DICOM podporuje pouze obrázky ve formátu DICOM, takže převod formátu je vyžadován pro WSI v jiných formátech. Pro provedení těchto převodů formátu existuje několik komerčních a opensourcových řešení.

Tady je několik ukázek opensourcových nástrojů pro vytvoření vlastního převaděče:

WSIDicomizer

Úložiště

Výsledkem každého převedeného WSI je řada DICOM s více instancemi.

Nahrání dávky

Vzhledem k větší velikosti a počtu instancí, které je potřeba nahrát, doporučujeme dávkové nahrání každé řady nebo dávky převedených WSI pomocí importu.

Nahrání streamování

Pokud chcete nahrát každý soubor při převodu, použijte v příkladu požadavek na jednu část STOW.

Požadavky

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

Během několika sekund jsme otestovali podporu nahrání desítek GB.

Načtení

Čtenáři načítají dlaždice, které jsou uložené jako rámce v instanci DICOM. Každá instance DICOM může obsahovat více rámců. Pro lepší výkon doporučujeme použít paralelní rámec GET s jednou částí.

Požadavky

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

Otestovali jsme podporu stažení dlaždice o velikosti 60 kB přibližně 60 až 70 m od klienta.

Prohlížející

Doporučujeme použít jakýkoli prohlížeč WSI, který lze nakonfigurovat pomocí služby DICOMWeb a ověřování OIDC.

Ukázkový opensourcový prohlížeč:

Pokud prohlížeč přímo komunikuje se službou DICOM, postupujte podle pokynů CORS.

Vyhledání partnera nezávislých výrobců softwaru

Spojte se dicom-support@microsoft.com s našimi partnerskými výrobci softwaru, kteří poskytují ucelená řešení a podporu.

Další kroky

Nasazení služby DICOM v Azure

Použití rozhraní DICOMweb API se službou DICOM

Poznámka:

DICOM® je registrovaná ochranná známka asociace National Electrical Manufacturers Association pro publikace standardů týkající se digitální komunikace s lékařskými informacemi.

Sdílet prostřednictvím