Sdílet prostřednictvím

Export dat FHIR

  • Článek

Pomocí hromadné $export operace ve službě FHIR® můžete exportovat data, jak je popsáno ve specifikaci hromadného přístupu k datům HL7 FHIR.

Než se pokusíte použít $export, ujistěte se, že je vaše služba FHIR nakonfigurovaná tak, aby se připojila k účtu Azure Data Lake Storage Gen2. Informace o konfiguraci nastavení exportu a vytvoření účtu Data Lake Storage Gen2 najdete v tématu Konfigurace nastavení pro export.

Volání koncového $export bodu

Po nastavení služby FHIR pro připojení pomocí účtu Data Lake Storage Gen2 můžete volat $export koncový bod a služba FHIR exportuje data do kontejneru Azure Blob Storage uvnitř účtu úložiště. Následující příklad požadavku exportuje všechny prostředky do kontejneru, který je určen názvem ({{containerName}}). Poznámka: Pokud chcete zadat {{containerName}} v požadavku, musíte kontejner vytvořit v účtu Data Lake Storage Gen2.

GET {{fhirurl}}/$export?_container={{containerName}}

Pokud v požadavku nezadáte název kontejneru (například voláním GET {{fhirurl}}/$export), vytvoří se pro exportovaná data nový kontejner s automaticky vygenerovaným názvem.

Obecné informace o specifikaci rozhraní FHIR API najdete v dokumentaci k toku exportu FHIR HL7 FHIR$export.

Služba FHIR podporuje $export následující úrovně:

  • Systém: GET {{fhirurl}}/$export
  • Pacient: GET {{fhirurl}}/Patient/$export
  • Skupina pacientů*: GET {{fhirurl}}/Group/[ID]/$export
    *Služba FHIR exportuje všechny odkazované prostředky, ale neexportuje charakteristiky samotného prostředku skupiny.

Data se exportují ve více souborech. Každý soubor obsahuje prostředky pouze jednoho typu. Počet prostředků v jednotlivých souborech je. Maximální počet prostředků je založený na výkonu systému. V současné době je nastavená na 5 000, ale může se změnit. Výsledkem je, že pro typ prostředku můžete získat více souborů. Názvy souborů se řídí formátem <resourceName>-<number>-<number>.ndjson. Pořadí souborů není zaručeno, že odpovídá žádnému pořadí prostředků v databázi.

Poznámka:

Patient/$export a Group/[ID]/$export může exportovat duplicitní prostředky, pokud je prostředek ve více skupinách nebo v oddílu více prostředků.

Kromě kontroly přítomnosti exportovaných souborů v účtu úložiště můžete stav operace zkontrolovat $export prostřednictvím adresy URL v Content-Location hlavičce, která se vrátí v odpovědi služby FHIR. Další informace najdete v dokumentaci k hromadné žádosti o stav dat z HL7.

Export dat FHIR do Data Lake Storage Gen2

Služba FHIR v současné době podporuje $export účty Data Lake Storage Gen2 s následujícími omezeními:

Pokud chcete exportovat data do účtu úložiště za bránou firewall, přečtěte si téma Konfigurace nastavení pro export.

Nastavení a parametry

Hlavičky

Pro úlohy musí být nastaveny $export dva požadované parametry hlavičky. Hodnoty se nastavují podle aktuální specifikace HL7 $export.

  • Přijmout: application/fhir+json
  • Preferovat: respond-async

Parametry dotazů

Služba FHIR podporuje následující parametry dotazu pro filtrování exportovaných dat. Všechny tyto parametry jsou volitelné.

Parametr dotazu Definuje se specifikace FHIR? Popis
_outputFormat Ano V současné době podporuje tři hodnoty, které odpovídají specifikaci FHIR: application/fhir+ndjson, application/ndjsonnebo jen ndjson. Všechny úlohy exportu vrací .ndjson soubory a předaná hodnota nemá žádný vliv na chování kódu.
_since Ano Umožňuje exportovat pouze prostředky, které byly změněny od zadaného času.
_type Ano Umožňuje určit, které typy prostředků se mají zahrnout. Například _type=Patient by se vrátily pouze prostředky pacientů.
_typeFilter Ano K vyžádání jemně odstupňovaného filtrování můžete použít _typeFilter společně s parametrem _type . Hodnota parametru _typeFilter je čárkami oddělený seznam dotazů FHIR, které dále omezují výsledky.
_container No Určuje název kontejneru v nakonfigurovaném účtu úložiště, ve kterém se mají data exportovat. Pokud je zadaný kontejner, data se exportují do složky v tomto kontejneru. Pokud kontejner není zadaný, data se exportují do nového kontejneru s automaticky vygenerovaným názvem.
_till No Umožňuje exportovat prostředky, které byly upraveny až do zadaného času. Tento parametr je použitelný pouze u exportu na úrovni systému. Pokud se v tomto případě historické verze nezaknuly nebo vyprázdnily, export zaručuje skutečné zobrazení snímků.
includeAssociatedData No Umožňuje exportovat historii a obnovitelné odstraněné prostředky. Tento filtr nefunguje s parametrem dotazu _typeFilter. Zahrňte hodnotu jako _history pro export historie nebo jiných než nejnovějších verzí prostředků. Pokud chcete exportovat obnovitelné odstraněné prostředky, zahrňte hodnotu jako _deleted.

Poznámka:

Jako cíl pro $export operace se můžou zaregistrovat jenom účty úložiště ve stejném předplatném jako služba FHIR.

Odstraňování potíží

Následující informace vám můžou pomoct vyřešit problémy s exportem dat FHIR.

Úlohy zablokované ve špatném stavu

V některých situacích může být úloha zablokovaná ve špatném stavu, zatímco se služba FHIR pokouší exportovat data. K tomu může dojít zejména v případě, že oprávnění účtu Data Lake Storage Gen2 nebyla správně nastavená.

Jedním ze způsobů, jak zkontrolovat stav operace$export, je přejít do prohlížeče úložiště vašeho účtu úložiště a zjistit, jestli se v kontejneru exportu nacházejí nějaké .ndjson soubory. Pokud soubory nejsou k dispozici a nejsou spuštěné žádné jiné $export úlohy, je možné, že aktuální úloha je zablokovaná ve špatném stavu. V takovém případě můžete úlohu zrušit $export odesláním požadavku DELETE na adresu URL uvedenou v hlavičce Content-Location a zrušit požadavek.

Poznámka:

Ve službě FHIR je výchozí doba nečinnosti $export operace ve špatném stavu 10 minut, než služba zastaví operaci a přesune se na novou úlohu.

Další kroky

V tomto článku jste se dozvěděli o exportu prostředků FHIR pomocí $export operace. Informace o tom, jak nastavit a používat další možnosti pro export, najdete tady:

Export deidentifikovaných dat

Kopírování dat ze služby FHIR do Azure Synapse Analytics

Poznámka:

FHIR® je registrovaná ochranná známka HL7 a používá se s povolením HL7.