Sdílet prostřednictvím

Příručka pro řešení problémů

  • Článek

Tady je několik tipů pro řešení potíží s některými běžnými problémy, se kterými se můžete setkat při používání služby Microsoft Genomics, MSGEN.

Nejčastější dotazy, které nesouvisí s řešením potíží, najdete v nejčastějších dotazech.

Krok 1: Vyhledání kódů chyb přidružených k pracovnímu postupu

Chybové zprávy přidružené k pracovnímu postupu můžete najít pomocí:

  1. Použití příkazového řádku a zadávání textu msgen status
  2. Zkoumání obsahu standardoutput.txt

1. Použití příkazového řádku msgen status

msgen status -u URL -k KEY -w ID

Existují tři povinné argumenty:

  • ADRESA URL – základní identifikátor URI pro rozhraní API

  • KEY – přístupový klíč pro váš účet Genomics

    • Pokud chcete najít adresu URL a klíč, přejděte na web Azure Portal a otevřete stránku účtu Microsoft Genomics. Pod nadpisem Správa zvolte Přístupové klíče. Tady najdete adresu URL rozhraní API i přístupové klíče.

  • ID – ID pracovního postupu

    • Pokud chcete najít typ ID pracovního postupu v msgen list příkazu. Za předpokladu, že konfigurační soubor obsahuje adresu URL a vaše přístupové klíče a nachází se ve stejném umístění jako msgen exe, bude příkaz vypadat takto:

      msgen list -f "config.txt"

      Výstup z tohoto příkazu bude vypadat takto:

          Microsoft Genomics command-line client v0.7.4
        Copyright (c) 2018 Microsoft. All rights reserved.

        Workflow List
        -------------
        Total Count  : 1

        Workflow ID     : 10001
        Status          : Completed successfully
        Message         :
        Process         : snapgatk-20180730_1
        Description     :
        Created Date    : Mon, 27 Aug 2018 20:27:24 GMT
        End Date        : Mon, 27 Aug 2018 20:55:12 GMT
        Wall Clock Time : 0h 27m 48s
        Bases Processed : 1,348,613,600 (1 GBase)

    Poznámka:

    Alternativně můžete místo přímého zadávání adresy URL a KLÍČE zahrnout cestu ke konfiguračnímu souboru. Pokud tyto argumenty zahrnete do příkazového řádku i do konfiguračního souboru, budou mít přednost argumenty příkazového řádku.

Pro ID pracovního postupu 1001 a config.txt soubor umístěný ve stejné cestě jako spustitelný soubor msgen bude vypadat takto:

msgen status -w 1001 -f "config.txt"

2. Prozkoumejte obsah standardoutput.txt

Vyhledejte výstupní kontejner pro příslušný pracovní postup. MSGEN vytvoří [workflowfilename].logs.zip složku po každém spuštění pracovního postupu. Rozbalte složku a zobrazte její obsah:

  • outputFileList.txt – seznam výstupních souborů vytvořených během pracovního postupu
  • standarderror.txt – tento soubor je prázdný.
  • standardoutput.txt – protokoluje všechny stavové zprávy nejvyšší úrovně včetně chyb, ke kterým došlo při spuštění pracovního postupu.
  • Soubory protokolu GATK – všechny ostatní soubory ve logs složce

Při řešení potíží prozkoumejte obsah standardoutput.txt a poznamenejte si všechny chybové zprávy, které se zobrazí.

Tato část stručně popisuje běžné chyby výstupu služby Microsoft Genomics (msgen) a strategií, které můžete použít k jejich řešení.

Služba Microsoft Genomics (msgen) může vyvolat následující dva druhy chyb:

  1. Vnitřní chyby služby: Chyby, které jsou interní pro službu, které nemusí být vyřešeny opravou parametrů nebo vstupních souborů. Někdy může opětovné odeslání pracovního postupu tyto chyby opravit.
  2. Vstupní chyby: Chyby, které lze vyřešit pomocí správných argumentů nebo oprav formátů souborů.

1. Vnitřní chyby služby

Vnitřní chyba služby není použitelná pro uživatele. Pracovní postup můžete znovu odeslat, ale pokud to nepomůže, obraťte se na podporu Microsoft Genomics.

Chybová zpráva Doporučený postup při řešení potíží
Došlo k vnitřní chybě. Zkuste znovu odeslat pracovní postup. Pokud se tato chyba zobrazí znovu, požádejte o pomoc podporu Microsoft Genomics. Znovu odešlete pracovní postup. Pokud problém přetrvává vytvořením lístku podpory, obraťte se na podporu Microsoft Genomics.

2. Chyby vstupu

Tyto chyby jsou použitelné pro uživatele. Na základě typu souboru a kódu chyby služba Microsoft Genomics vypíše jedinečné kódy chyb. Postupujte podle doporučených kroků pro řešení potíží uvedených níže.

Typ souboru Kód chyby Chybová zpráva Doporučený postup při řešení potíží
Všechny 701 Čtení [readId] má základy [numberOfBases], ale limit je [maxReadLength] Nejběžnějším důvodem této chyby je poškození souboru, které vede ke zřetězení dvou čtení. Zkontrolujte vstupní soubory.
Zvuk nárazu 200 Soubor [název_souboru] nelze přečíst. Zkontrolujte formát souboru BAM. Znovu odešlete pracovní postup se správně formátovaným souborem.
Zvuk nárazu 201 Nelze přečíst soubor BAM [File_name]. Zkontrolujte formát souboru BAM. Odešlete pracovní postup se správně formátovaným souborem.
Zvuk nárazu 202 Nelze přečíst soubor BAM [File_name]. Soubor je příliš malý a chybí záhlaví. Zkontrolujte formát souboru BAM. Odešlete pracovní postup se správně formátovaným souborem.
Zvuk nárazu 203 Nelze přečíst soubor BAM [File_name]. Hlavička souboru byla poškozena. Zkontrolujte formát souboru BAM. Odešlete pracovní postup se správně formátovaným souborem.
Zvuk nárazu 204 Nelze přečíst soubor BAM [File_name]. Hlavička souboru byla poškozena. Zkontrolujte formát souboru BAM. Odešlete pracovní postup se správně formátovaným souborem.
Zvuk nárazu 205 Nelze přečíst soubor BAM [File_name]. Hlavička souboru byla poškozena. Zkontrolujte formát souboru BAM. Odešlete pracovní postup se správně formátovaným souborem.
Zvuk nárazu 206 Nelze přečíst soubor BAM [File_name]. Hlavička souboru byla poškozena. Zkontrolujte formát souboru BAM. Odešlete pracovní postup se správně formátovaným souborem.
Zvuk nárazu 207 Nelze přečíst soubor BAM [File_name]. Soubor zkrácený u posunu [posun]. Zkontrolujte formát souboru BAM. Odešlete pracovní postup se správně formátovaným souborem.
Zvuk nárazu 208 Neplatný soubor BAM. Identifikátor ReadID [Read_Id] nemá v souboru [File_name]. Zkontrolujte formát souboru BAM. Odešlete pracovní postup se správně formátovaným souborem.
FASTQ 300 Nelze přečíst soubor FASTQ. [File_name] nekončí novým řádekem. Opravte formát souboru FASTQ a znovu odešlete pracovní postup.
FASTQ 301 Nelze přečíst soubor FASTQ [File_name]. Záznam FASTQ je větší než velikost vyrovnávací paměti při posunu: [_offset] Opravte formát souboru FASTQ a znovu odešlete pracovní postup.
FASTQ 302 Chyba syntaxe FASTQ Soubor [File_name] má prázdný řádek. Opravte formát souboru FASTQ a znovu odešlete pracovní postup.
FASTQ 303 Chyba syntaxe FASTQ Soubor[File_name] má neplatný počáteční znak odsazení: [_offset], typ řádku: [line_type], znak: [_char] Opravte formát souboru FASTQ a znovu odešlete pracovní postup.
FASTQ 304 Chyba syntaxe FASTQ při readID [_ReadID]. První čtení dávky nemá id čtení končící na /1 v souboru [File_name] Opravte formát souboru FASTQ a znovu odešlete pracovní postup.
FASTQ 305 Chyba syntaxe FASTQ při readID [_readID]. Druhé čtení dávky nemá id čtení končící na /2 v souboru [File_name] Opravte formát souboru FASTQ a znovu odešlete pracovní postup.
FASTQ 306 Chyba syntaxe FASTQ při readID [_ReadID]. První čtení páru nemá ID, které končí na /1 v souboru [File_name] Opravte formát souboru FASTQ a znovu odešlete pracovní postup.
FASTQ 307 Chyba syntaxe FASTQ při readID [_ReadID]. Identifikátor ReadID nekončí parametrem /1 nebo/2. Soubor [File_name] se nedá použít jako spárovaný soubor FASTQ. Opravte formát souboru FASTQ a znovu odešlete pracovní postup.
FASTQ 308 Chyba čtení FASTQ Čtení obou konců odpovědělo odlišně. Zvolili jste správné soubory FASTQ? Opravte formát souboru FASTQ a znovu odešlete pracovní postup.

Krok 3: Kontaktování podpory microsoft Genomics

Pokud máte i nadále selhání úloh nebo pokud máte nějaké další otázky, obraťte se na podporu Microsoft Genomics na webu Azure Portal. Další informace o tom, jak odeslat žádost o podporu, najdete tady.

Další kroky

V tomto článku jste zjistili, jak řešit a řešit běžné problémy se službou Microsoft Genomics. Další informace a obecné nejčastější dotazy najdete v tématu Běžné otázky.