Bojím se, že vysvětlení je jednoduché ale řešení ne.
Vždy když ukládáte v Excelu nějaký soubor, tak se nejprve přejmenuje původní soubor na příponu old a vytvoří se nový soubor s původním jménem. Tento nový soubor (i když se stejně jmenuje) bude mít práva zděděná ze složky kde je vytvořený a práva toho původního souboru na něj neplatí.
To velice pravděpodobně vysvětluje proč vám práva mizí (prostě to není stejný soubor na kterém jste práva upravili).
Jako "řešení" mě napadá vytvořit v této složce podsložku v které bude tento jediný soubor a práva nastavit na tu novou složku nebo pravidelně spuštět nějaký script který by souboru s tímto jménem pravidelně přenastavoval prava aby i po znovu uložení tohoto souboru se k němu ta druhá skupina mohla dostat.